足利義澄是初代堀越公方足利政知（第6代將軍足利義教之四子）之子文明12年12月15日（1481年1月15日）出生。義澄出生之時，足利政知已將義澄的同父異母兄茶茶丸立為嫡子，當作堀越公方的繼承人。根據(jù)在職的幕府將軍足利義政的安排，他被送到京都天龍寺的香嚴院出家，并于文明十九年（1487年）六月到達香嚴院，法號清晃。

長享三年（1489年）3月，擔任幕府將軍的從弟足利義尚死去，義政失去了后繼者。翌年 足利義政也死去，室町幕府將軍之位空虛。清晃被幕府選為義政的猶子，并成為將軍候選人之一。清晃雖有管領 細川政元的支持，但 足利義視的兒子義材卻在義政的遺孀 日野富子的推舉下成為第10代將軍。延德2年（1490年）4月27日，日野富子決定將自己曾經(jīng)居住過的小川御所讓給了清晃居住。足利義視認為日野富子準備將清晃立為將軍的繼承人，因此在翌月拆毀了小川御所。這導致了足利義材與日野富子的關系惡化。

1493年（明應2年），管領 細川政元聯(lián)合日野富子、伊勢貞宗等人發(fā)動明應之變，廢去將軍足利義材，幽禁其于龍安寺；隨后讓清晃元服并擁立其為第11代將軍，改名足利義遐，不久改名義高。但足利義高沒有實權，實權掌握在日野富子、伊勢貞宗等人手里。而且前將軍足利義材也逃出了幽禁地，號召各地支持者反對幕府。

1502年（文龜2年），日野富子死去，足利義高改名義澄，試圖親政，因此與被時人稱為“半將軍”的管領細川政元發(fā)生了對立。細川政元辭去了管領一職前往丹波，足利義澄親自率部前往慰留，包圍政元于巖倉的金龍寺（妙善院）。為了重任管領一職，細川政元與伊勢貞宗達成協(xié)議，派人殺害了留在京都的義材的弟弟實相院義忠。

義忠是政元所矚意的將軍繼承人，殺害義忠使細川政元廢黜義澄一事成為了泡影，此后細川政元與足利義澄一直試圖維持著關系。

1507年（永正4年）細川政元被暗殺，細川氏（京兆家）陷入了爭奪家督之位的內(nèi)訌中（永正錯亂）。翌年四月，周防守護大內(nèi)義興得知此事后，擁戴前將軍足利義尹（即足利義材）進軍京都。足利義澄在近江守護六角高賴的擁護下逃奔朽木谷，后逃往蒲生郡水莖岡山城。七月，足利義澄被廢黜，足利義尹改名義稙并再次成為將軍。

足利義澄恢復自己的勢力之后試圖復辟，派遣細川澄元、三好之長、三好長秀等進攻京都，但為細川高國、大內(nèi)義興、畠山尚順等人所敗。隨后義澄派人暗殺義稙的陰謀宣告流產(chǎn)。1510年（永正7年），足利義稙派遣細川高國、大內(nèi)義興攻打近江，被近江國人眾擊退。此后足利義澄又向豐后國的大友親治、播磨國的赤松義村發(fā)出御內(nèi)書，尋求復辟的支持。翌年八月十四日（1511年9月6日）義澄同足利義稙、細川高國、大內(nèi)義興對峙時在近江國水莖岡山城（滋賀縣近江八幡市）死去，享年32歲（滿30歲），法名法住院殿旭山道晃。

足利義澄死后的第九天，義澄派和義稙派在船岡山爆發(fā)決戰(zhàn)，最終義稙派勝利，足利義稙將軍之位得到了確定。隨后雙方陣營達成和解，足利義澄的兒子足利義晴和足利義維，分別被被托付給了義澄派的赤松義村和義稙派的細川之持（義稙派細川澄元的兄長）照顧。