1983年大學(xué)畢業(yè)后在內(nèi)蒙古師范大學(xué)歷史學(xué)系任教。1989年調(diào)至北京師范大學(xué)歷史學(xué)系（現(xiàn)稱歷史學(xué)院）。

侯樹棟教授著述甚豐，代表作有：《德意志中古史——政治、經(jīng)濟(jì)社會(huì)及其他》（商務(wù)印書館）、《20世紀(jì)西方史學(xué)對(duì)蘭克史學(xué)的批判與繼承》（《史學(xué)月刊》）、《從兩份u2018陳情書’看 15 世紀(jì)后期南德農(nóng)民的人身依附狀況》”（《世界歷史》 ）、《從古法到神法：中古后期南德農(nóng)民法律意識(shí)的變化》（《歷史研究》）、《唯物史觀的歷史規(guī)律觀再認(rèn)識(shí)》 （《社會(huì)科學(xué)》）、《論 10-11 世紀(jì)德意志的帝國教會(huì)體制》（《史學(xué)月刊》）等。

侯樹棟的譯著主要有：[美] 伊曼紐爾·沃勒斯坦：《現(xiàn)代世界體系》，第2卷（合譯）（高等教育出版社）。美國時(shí)代生活圖書公司編著：《騎士時(shí)代》(山東畫報(bào)出版社和中國建筑工業(yè)出版社)。[法]馬克·布洛赫：《封建社會(huì)》，下卷（合譯）（商務(wù)印書館）。曾主持2006年國家社會(huì)科學(xué)基金項(xiàng)目“中古德意志政治道路研究”。

《德意志中古史——政治、經(jīng)濟(jì)社會(huì)及其他》，商務(wù)印書館，2006年。 “ 20世紀(jì)西方史學(xué)對(duì)蘭克史學(xué)的批判與繼承”，載 《史學(xué)月刊》，1999年2期。 “關(guān)于自然環(huán)境與歷史發(fā)展關(guān)系的兩點(diǎn)思考”， 載 《內(nèi)蒙古師大學(xué)報(bào)》，1999 年第3期。 “從兩份u2018陳情書’看 15 世紀(jì)后期南德農(nóng)民的人身依附狀況”，載《世界歷史》 ，1999年第5期。 “城市與德國農(nóng)民戰(zhàn)爭”，載《安微史學(xué)》，2001年第3期。 “從古法到神法：中古后期南德農(nóng)民法律意識(shí)的變化”，載《歷史研究》，2001 年第5期。 “中古德意志的政治道路”，載 《河南大學(xué)學(xué)報(bào)》， 2002年第2期。 “唯物史觀的歷史規(guī)律觀再認(rèn)識(shí)”，載《社會(huì)科學(xué)》， 2005年第9期。 “論10—11世紀(jì)德意志的帝國教會(huì)體制”，載《史學(xué)月刊》，2005年第6期。 “封建主義與德意志王權(quán)”，載《北京師范大學(xué)學(xué)報(bào)》，2005年第6期。 “ 龐卓恒先生的歷史比較研究理論與實(shí)踐”，載《史學(xué)月刊》，2006年第4期。

譯著

[ 美 ] 伊曼紐爾 · 沃勒斯坦： 《 現(xiàn)代世界體系》，第2卷，合譯，高等教育出版社，1998年。 美國時(shí)代生活圖書公司編著：《騎士時(shí)代》，山東畫報(bào)出版社和中國建筑工業(yè)出版社，2001年。 [ 法 ] 馬克·布洛赫：《封建社會(huì)》，下卷，合譯，商務(wù)印書館， 2004 年。