斐迪南二世為阿拉貢國(guó)王胡安二世之子。1468年他被父親任命為西西里國(guó)王，作為他與卡斯蒂利亞國(guó)王 恩里克四世的異母妹妹和繼承人伊莎貝拉結(jié)婚的準(zhǔn)備。1469年10月19日，斐迪南與伊莎貝拉在奧卡尼亞結(jié)婚。1474年伊莎貝拉繼承卡斯蒂利亞王位后，宣布斐迪南為她的共同在位者。在伊莎貝拉登上王位之時(shí)，卡斯蒂利亞的封建內(nèi)訌如火如荼；他們立刻與支持另一位公主 胡安娜·拉·貝爾特蘭尼哈的貴族展開(kāi)了內(nèi)戰(zhàn)。直到1479年打敗了胡安娜的丈夫、葡萄牙國(guó)王阿方索五世結(jié)束內(nèi)戰(zhàn)后，伊莎貝拉的王位才得以鞏固。當(dāng)1479年斐迪南二世繼承阿拉貢王位，尤其是1492年征服了格拉納達(dá)之后，卡斯蒂利亞、阿拉貢和西班牙其它許多獨(dú)立領(lǐng)地的王冠以家族聯(lián)盟的形式聯(lián)合了起來(lái)。這是自8世紀(jì)以后西班牙第一次出現(xiàn)統(tǒng)一的政治實(shí)體，雖然直到18世紀(jì)有許多地區(qū)還是名義上獨(dú)立的。

斐迪南二世即位后的第一個(gè)成就是征服了伊比利亞半島上的最后一個(gè)伊斯蘭教國(guó)家格拉納達(dá)（1492年），從而結(jié)束了西班牙歷史上的 收復(fù)失地運(yùn)動(dòng)。在同一年，斐迪南二世下令驅(qū)逐卡斯蒂利亞和阿拉貢的猶太人，并派遣哥倫布出海探險(xiǎn)，這次航海最終發(fā)現(xiàn)了美洲大陸。根據(jù)1494年托爾德西利亞斯條約，歐洲以外的世界被卡斯蒂利亞和葡萄牙兩國(guó)延一條穿過(guò)大西洋的不存在的經(jīng)線(xiàn)瓜分。

斐迪南二世統(tǒng)治的西班牙與法國(guó)的關(guān)系很少是和睦的。1493年，他根據(jù)與法國(guó)國(guó)王 查理八世簽訂的巴塞羅那條約吞并了魯西永和塞爾達(dá)涅。此后他一直與查理八世及其繼承人爭(zhēng)奪在意大利的利益，導(dǎo)致一場(chǎng)長(zhǎng)期無(wú)結(jié)果的 意大利戰(zhàn)爭(zhēng)。1494年查理八世入侵意大利并趕走了那不勒斯國(guó)王阿方索二世，后者是斐迪南二世的侄子。斐迪南與主要的意大利城邦及 神圣羅馬帝國(guó)皇帝馬克西米連一世結(jié)盟，于1496年迫使查理八世完全從意大利撤出，并把阿方索二世之子斐迪南二世推上那不勒斯王位。1501年，那不勒斯的斐迪南二世去世，王位由其叔父費(fèi)德里科繼承；然而阿拉貢的斐迪南二世與查理八世的繼承人 路易十二簽訂秘密條約瓜分了那不勒斯。路易十二獲得坎帕尼亞（包括那不勒斯城本身）和阿布魯齊，而斐迪南獲得普里亞和卡拉布里亞。這個(gè)協(xié)定轉(zhuǎn)眼就瓦解了。1504年，斐迪南二世的大將岡薩羅·費(fèi)爾南德斯·德·科爾多瓦從法國(guó)人手中奪取了那不勒斯。

斐迪南和伊莎貝拉的孩子包括瘋女胡安娜和 阿拉貢的凱瑟琳。她們分別與奧地利大公腓力和英格蘭國(guó)王亨利八世結(jié)婚（后者為再婚），前者的婚姻直接導(dǎo)致了斐迪南的外孫、神圣羅馬帝國(guó)皇帝 查理五世的龐大帝國(guó)。

1504年斐迪南二世的妻子伊莎貝拉去世，胡安娜繼承了卡斯蒂利亞的王位。斐迪南二世在胡安娜與丈夫在尼德蘭居住時(shí)一直以攝政形式實(shí)際管理卡斯蒂利亞，現(xiàn)在他準(zhǔn)備利用胡安娜精神失常的機(jī)會(huì)將攝政權(quán)力永久化。但他的圖謀被深深畏懼他的卡斯蒂利亞貴族制止了，他們宣布胡安娜的丈夫?yàn)閲?guó)王 腓力一世，為此幾乎引起內(nèi)戰(zhàn)。然而腓力一世在1506年突然去世，他與胡安娜的兒子奧地利的查理年僅6歲，斐迪南二世的攝政于是合法化了。

1508年戰(zhàn)火再度在意大利燃起，這次斐迪南二世，路易十二，馬克西米連一世以及教皇尤利烏斯二世結(jié)成了反對(duì)威尼斯的康布雷聯(lián)盟。由于利益無(wú)法調(diào)和，以及對(duì)法國(guó)意圖的普遍懷疑，這個(gè)聯(lián)盟很快便瓦解了。一個(gè)包含意大利諸多勢(shì)力的針對(duì)法國(guó)的神圣聯(lián)盟取而代之。

斐迪南二世高度關(guān)注奧斯曼帝國(guó)在地中海的擴(kuò)張。1509年，他派遣卡斯蒂利亞軍隊(duì)侵入北非，企圖削弱當(dāng)?shù)氐哪滤沽终��?quán)。

1511年11月斐迪南二世與女婿英格蘭國(guó)王亨利八世簽署威斯敏斯特條約，許諾兩國(guó)將在與法國(guó)的斗爭(zhēng)中盡一切力量互相援助。1512年，斐迪南二世強(qiáng)行將 納瓦拉的南部并入西班牙，盡管這個(gè)王國(guó)已經(jīng)由法國(guó)封建主統(tǒng)治了幾個(gè)世紀(jì)。在意大利斐迪南的事業(yè)也一帆風(fēng)順。1513年，神圣聯(lián)盟的軍隊(duì)將法國(guó)力量逐出米蘭，把這個(gè)城市重新交給殘暴的斯福爾扎家族統(tǒng)治。不過(guò)兩年后法國(guó)人又再次征服了米蘭。

1516年斐迪南二世去世，留下一個(gè)堪稱(chēng)歐洲第一強(qiáng)國(guó)的西班牙。他被安葬于格拉納達(dá)的皇家禮拜堂。

斐迪南二世是西班牙專(zhuān)制制度的創(chuàng)始人。他最大限度地削弱貴族和城市的力量，從而將國(guó)家的權(quán)力集中在國(guó)王一人手中。貴族被禁止私自鑄幣和參與議會(huì)表決，而議會(huì)本身就蛻變成國(guó)王的傀儡，并且不再定期召開(kāi)。斐迪南二世自己兼任西班牙有勢(shì)力的卡拉特拉瓦騎士團(tuán)大團(tuán)長(zhǎng)，該組織與教會(huì)有密切關(guān)系。1486年，斐迪南頒布瓜達(dá)盧普敕令，該敕令禁止了加泰羅尼亞地區(qū)的農(nóng)奴制，并將領(lǐng)主的司法權(quán)收歸國(guó)王。

斐迪南二世是真正熱情的天主教徒，他不遺余力地推行親天主教的政策。1480年，斐迪南夫婦在卡斯蒂利亞建立了審判異端的宗教裁判所，成為持續(xù)幾個(gè)世紀(jì)的宗教迫害的開(kāi)端。1492年頒布的驅(qū)逐猶太居民的命令及其后對(duì)猶太教信徒和伊斯蘭教信徒（摩爾人）的歧視、迫害政策對(duì)后來(lái)西班牙的經(jīng)濟(jì)文化發(fā)展造成了損害。

由于斐迪南二世將法軍逐出那不勒斯的功績(jī)，教皇亞歷山大六世于1496年12月2日宣布他和伊莎貝拉為“天主教國(guó)王”。此后他便以“天主教徒斐迪南”的稱(chēng)號(hào)著稱(chēng)于世。

1492年西班牙國(guó)王斐迪南二世延續(xù)收復(fù)失地運(yùn)動(dòng)以來(lái)的宗教迫害政策，下令驅(qū)逐境內(nèi)的所有猶太人、摩爾人和吉普賽人，要求他們限期離境，并限制他們帶走財(cái)產(chǎn)。在此次迫害行動(dòng)中，西班牙猶太人遭到國(guó)家軍隊(duì)和全國(guó)天主教徒有組織地攻擊和劫掠，歷經(jīng)重重關(guān)卡的盤(pán)查劫掠最終在限期前離境，也有部分猶太人被迫改宗天主教。奧斯曼帝國(guó)蘇丹 巴耶塞特二世立刻派遣奧斯曼海軍到西班牙，把那些被西班牙驅(qū)逐的猶太人安全地送到奧斯曼帝國(guó)。巴耶塞特二世把猶太人安置在帝國(guó)各個(gè)省內(nèi)，并向帝國(guó)各個(gè)省下達(dá)命令，帝國(guó)各個(gè)省要友好對(duì)待猶太人，禁止反猶，否則將處以死刑。其后，奧斯曼帝國(guó)蘇丹巴耶塞特二世寫(xiě)信給西班牙國(guó)王斐迪南二世的信中說(shuō)道“西班牙國(guó)王斐迪南二世是個(gè)偉大的統(tǒng)治者，寧愿自己貧窮也要把財(cái)富贈(zèng)送給別人，我實(shí)在是太需要這些人才了。”后來(lái)的歷史發(fā)展也證明了，巴耶塞特二世想法的正確，這些被西班牙驅(qū)逐的猶太人，把新的思想，新的技術(shù)帶進(jìn)奧斯曼帝國(guó)，增強(qiáng)了奧斯曼帝國(guó)的國(guó)力，1493年 西班牙裔猶太人在伊斯坦布爾建立了奧斯曼帝國(guó)的第一臺(tái)印刷機(jī)及建立印刷機(jī)構(gòu)，并相繼出現(xiàn)了著名的猶太學(xué)者 如：Mordecai Comtino、Solomon ben Elijah Sharbiṭ ha-Zahab、Shabbethai ben Malkiel Cohen和Menahem Tamar等名人

對(duì)斐迪南二世的同時(shí)代評(píng)論主要來(lái)自馬基亞維里，他認(rèn)為斐迪南二世是背信棄義的君主的典型。但某些研究者卻認(rèn)為最符合馬基亞維里主義的“典范君主”正是斐迪南二世，而不是契薩雷·博爾賈。

（馬基雅維里的看法可參看君王論第21章《君王怎樣做才能受人尊敬》。）