1955年畢業(yè)于南京大學(xué)地質(zhì)系后分配到地質(zhì)部中南地質(zhì)局實(shí)習(xí)，一年后入職地質(zhì)部河南省地質(zhì)局，先后任技術(shù)員、普查組長、大隊(duì)技術(shù)負(fù)責(zé)人、局地礦處主任工程師、河南省地質(zhì)勘探公司技術(shù)總負(fù)責(zé)人、局副總工程師、副局長。1982年10月調(diào)任地礦部科技司司長，1986年8月任地礦部副部長、黨組成員。1988年7月任國家地震局局長，1990年1月兼任中共國家地震局黨組書記。1992年3月起任中國人民政治協(xié)商會議第八屆、第九屆全國委員會委員。并先后兼任中國地質(zhì)學(xué)會副理事長、中國國際減災(zāi)十年委員會常務(wù)副主任、中國地震學(xué)會會長、中國地質(zhì)災(zāi)害學(xué)會副理事長。1995年9月從國家地震局局長、黨組書記職務(wù)退下后，繼續(xù)在全國政協(xié)委員的崗位上工作至2004年10月退休。方樟順是中國人民政治協(xié)商會議第八屆、第九屆全國委員會委員。

方樟順同志于2007年9月5日因病醫(yī)治無效在北京不幸逝世，享年72歲。