瑪麗亞一上臺就聽到了針對彭巴爾侯爵的批評和指責。正好她自己也對這個專權(quán)的老頭兒沒什么好感，于是罷了他的官，讓他回家種紅薯去了——沒砍了他算是給了他面子。這樣一個人物能在改朝換代的時候得了個善終也實屬不易。隨后女王釋放了所有在押的政治犯。這便意味著彭巴爾時代到頭了。至今葡萄牙人還旗幟鮮明地分成兩派，不是特別支持彭巴爾侯爵，說他為葡萄牙的進步做出了貢獻，就是特別反對他，說他是個殺人不眨眼的專制暴君。不管怎么說他的時代已經(jīng)過去，瑪麗亞女王將要施行的是一種更加寬容、更加靈活、更加務實的治國方針。

她繼續(xù)推行重商主義政策，推行現(xiàn)代化的種植方式并推廣新的農(nóng)作物；與俄羅斯簽訂了貿(mào)易協(xié)定；修建道路，鼓勵開礦。文化方面，她開辦了一系列的新學校，比如皇家海軍學校、皇家陸軍學校、皇家科學學院等等，還開辦了里斯本公共圖書館。

葡萄牙與羅馬教廷修復了彭巴爾侯爵所造成的關(guān)系裂痕；在大臣皮納·馬尼克（Pina Manique）的建議下，她創(chuàng)立了里斯本保育院（Casa Pia de Lisboa），專門收留無家可歸的孤兒，并且在共給他們衣食之外還負責對他們進行基礎教育。

這一機構(gòu)被迅速推廣到全國，成為了慈善堂（參見曼努埃爾一世詞條）的有效的補充。由于女王的這種對宗教和慈善事業(yè)的熱情，她獲得了“虔誠的女人”（a Piedosa）的雅號。

在她的任內(nèi)還建立了完善的、脫離于軍隊的警察組織；1790年還在里斯本修建了夜間照明系統(tǒng)，當時用的路燈的燃料是橄欖油。

葡萄牙在女王的治理下暫時進入了一個相對和平和穩(wěn)定的時期。但是好景不長，1789年法國大革命，巴黎市民攻占巴士底獄的隆隆炮聲也傳到了女王的耳朵里。由于害怕自己也遭到路易十六一般的命運，女王開始神經(jīng)緊張，惶惶不可終日，在1791年開始出現(xiàn)嚴重的精神疾患的癥狀，漸漸的不能料理國事了。雖然這個女人直到1816年才在巴西去世，但是她的政治生涯卻只能到這里截止。1799年，其子若奧王子（若奧六世）開始攝政。