又名九條賴(lài)經(jīng)，五攝家之一的九條道家之子，所以被稱(chēng)為攝家將軍、母親為西園寺公經(jīng)之女西園寺綸子。出生于寅年寅日寅刻，幼名“三寅”。

建保7年(1219年)源實(shí)朝被暗殺后、源家絕后，鐮倉(cāng)幕府之執(zhí)權(quán)北條義時(shí)及尼將軍北條政子（源賴(lài)朝的正妻）遂迎立源賴(lài)朝之妹的曾孫九條賴(lài)經(jīng)為征夷大將軍，后鳥(niǎo)羽上皇并不反對(duì)。其時(shí)九條賴(lài)經(jīng)只得兩歲，實(shí)為傀儡。6年后嘉祿元年(1225年)元服改名為賴(lài)經(jīng)，立其時(shí)十五歲的第二代將軍源賴(lài)家之女竹御所為妻。

因父親九條道家及外祖父西園寺公經(jīng)的實(shí)權(quán)，威脅到在關(guān)東的幕府。在西園寺公經(jīng)死去后、北條氏對(duì)九條道家更為反感，深感九條道家會(huì)對(duì)幕政介入。在與執(zhí)權(quán)北條經(jīng)時(shí)關(guān)系險(xiǎn)惡的情況下，在寬元2年(1244年)、突然被逼讓位及其子藤原賴(lài)嗣，但仍逗留在鐮倉(cāng)。其后名越光時(shí)等以藤原賴(lài)經(jīng)為反北條氏勢(shì)力的中心，被北條氏察覺(jué)到后在建長(zhǎng)3年(1251年)送還到京都。

藤原（九條）賴(lài)經(jīng)及藤原（九條）賴(lài)嗣二代被稱(chēng)為攝家將軍。

建保6年(1225年)12月29日元服。

嘉祿元年(1226年)1月27日被封為征夷大將軍。 3月25日、升任從四位上、轉(zhuǎn)任右近衛(wèi)中將。4月8日、升任正四位下、右近衛(wèi)中將如元。

貞永元年(1232年)1月30日備后權(quán)守兼任。2月27日升任從三位、右近衛(wèi)中將備后權(quán)守如元。

天福元年(1233年)1月28日轉(zhuǎn)任權(quán)中納言。

文暦元年(1234年)12月21日升任正三位、權(quán)中納言如元。

嘉禎元年(1235年)10月8日兼任陸奧出羽按察使。11月19日、升任從二位、權(quán)中納言、陸奧出羽按察使如元。

嘉禎2年(1236年)7月20日升任正二位、權(quán)中納言如元。兼任民部卿、除去陸奧出羽按察使之職。

暦仁元年(1238年)2月24日右衛(wèi)門(mén)督兼任。除去民部卿之職。2月25日兼任檢非違使別當(dāng)。3月7日升任權(quán)大納言、檢非違使別當(dāng)?右衛(wèi)門(mén)督如元。4月18日權(quán)大納言檢非違使別當(dāng)?除去右衛(wèi)門(mén)督之職。

寛?jiān)?年(1244年)4月28日辭去征夷大將軍之職。7月5日出家。法號(hào)行賀。