1805年9月27日，慕勒出生在普魯士王國，靠近哈伯斯塔特（Halberstadt）的一個村莊克魯本司戴特（Kroppenstaedt），父親是當(dāng)時國產(chǎn)稅局的一個收稅人。他原本是一行為荒唐的青年，與他后來圣潔的基督徒形象截然相反，他曾是一個慣偷、騙子和賭徒，曾幾次偷過他父親代保管的政府公款。在他14歲時他母親的臨終之夜，他正在和朋友玩牌賭博，然后喝得酩酊大醉。2年后（1821年），他在馬格德堡的教會學(xué)校就讀時，用謊言獲得導(dǎo)師的準(zhǔn)許請假，與一名女子住在不倫瑞克的高級旅館幽會，直到耗盡所有，被旅館告發(fā)，因詐騙罪被送進(jìn)監(jiān)獄幾個月。

慕勒的父親希望供他去接受宗教教育，以使他能在國立的路德會中得到一個有利的神職位置。他在哈勒大學(xué)學(xué)習(xí)神學(xué)。這時慕勒仍舊習(xí)不改，當(dāng)他債臺高筑，津貼不夠償付之時，便造成自己遭遇偷竊的假象，博取同學(xué)們的同情，騙取大家捐款補償他的損失。

就在這時，他遇到一個男同學(xué)培德（Beta），1825年11月中旬一個周六的晚上，培德和他一起參加了一個在魏格納（Wagner，後來加入普利茅斯弟兄會）家中舉行的基督徒聚會。他在那里受到熱誠的歡迎，并開始按時閱讀圣經(jīng)，和參加聚會的其他人討論基督教。他很快戒掉了酗酒和撒謊，并開始希望成為一名傳教士。他開始定期在附近的路德會教堂講道，并繼續(xù)和大學(xué)中那一群增長中的非國教信徒一起聚會。

1827年8月，慕勒開始熱心國外布道事業(yè)，加入了不列顛大陸宣道會（Continental Society of Britain）。1828年，他接受倫敦會（London Missionary Society）的建議，於1828年3月19日抵達(dá)倫敦，進(jìn)入神學(xué)院受訓(xùn)6個月，然後在英國的猶太人中工作。但在1829年5月中旬，慕勒生了一場重病，當(dāng)時他甚至都沒有想到能夠活下來。當(dāng)他痊愈時，他奉獻(xiàn)自己服務(wù)於上帝的旨意。不久他離開了倫敦會，確信神會為他從事基督教工作滿足他的需要。他成為德文郡Ebenezer會堂的牧師，不久和瑪麗·戈洛弗（最早在都柏林開始「奉主名聚會」的A.N.戈洛弗的姐妹）結(jié)婚。在他擔(dān)任這所教堂牧師期間，他拒絕領(lǐng)取固定的薪水，相信那種實行會導(dǎo)致教會成員耗盡他們的責(zé)任，而不是出于自愿。他還廢除了教堂長凳的租金，指責(zé)這給了富人不公平的顯赫。1832年，慕勒遷居到港口城市布里斯托（Bristol），開始和革拉克（Henry Craik）一起，在伯賽大會所（Bethesda chapel）工作。他直到去世，一直在此講道，同時還獻(xiàn)身於其他工作。1834年，他建立了國內(nèi)和海外圣經(jīng)知識協(xié)會（Scripture Knowledge Institution for Home and Abroad），目標(biāo)是援助基督教學(xué)校和傳教士，以及分發(fā)圣經(jīng)。這個組織不接受政府支持，只接受主動送來的饋贈，到慕勒去世時共收到并支付出去150萬英鎊($2,718,844 美元），這些錢主要用來支持孤兒院，并分發(fā)了將近200萬本圣經(jīng)和宗教書籍。這些錢還用來支持全世界的其他傳教士，例如中國內(nèi)地會的創(chuàng)始人戴德生。

1832年2月和1835年11月20日，慕勒兩次讀到法蘭克(August Hermann Francke)的傳記，法蘭克從1696年起在普魯士的哈勒（Halle）創(chuàng)辦「孤兒之家」，并從不向人要求捐款。慕勒也產(chǎn)生了開辦孤兒院的心愿。由於在1835年12月5日，他讀到圣經(jīng)中詩篇81篇10節(jié)——「你要大大張口，我就給你充滿」而大受鼓勵，加上革拉克的贊同，于是在12月9日，經(jīng)過眾人的考慮和禱告，終於做出了決定。會後陸續(xù)有信徒主動奉獻(xiàn)錢財和家具。慕勒夫婦照顧孤兒的工作開始於1836年4月11日，起初是在布里斯托（Bristol）自己的家中做準(zhǔn)備工作，以容納30個女孩。同年11月28日，在同一條街又租房開始了第二間孤兒院。不久，又布置了2所房子，需要照顧的兒童總數(shù)達(dá)到130人。1845年，由於人數(shù)繼續(xù)增長，慕勒決定設(shè)計一所獨立的建筑，以容納300個孩子。1849年6月18日，在Ashley Down 28,000 m2的土地上，建成了這所孤兒院。到1856年5月26日，又興建了第二院，可容納400人。到1870年，總共已建立了5所孤兒院，收容超過2,000名孤兒。最后全部孤兒人數(shù)達(dá)到10,024名。維持孤兒院開支的捐款總數(shù)，超過了150萬英鎊。盡管這5座孤兒院開支浩大，僅建筑花費總數(shù)就超過10萬英鎊，但慕勒的原則是，從不向人要求捐款，從不把任何孤兒院的需要告訴外人，更從不借債，他只做一件事：向神禱告，但每次的幫助總是在最需要的時刻由各方自動送來，沒有一次叫孤兒們挨餓。許多次，他在離給孩子開飯的時間已經(jīng)只有一個小時的時候收到主動送來的食物，進(jìn)一步加強了他對神的信心。每天早晨進(jìn)早餐後是讀圣經(jīng)和禱告的時間，每個孩子在離開孤兒院時會得到一本圣經(jīng)。孩子們的穿著和教育都很好，慕勒甚至雇傭了一名學(xué)校督學(xué)以保持高的水準(zhǔn)。事實上，許多人聲稱附近工廠和礦山無法獲得足夠的工人，因為他為孩子們長大後離開孤兒院提供的職位是保安學(xué)徒、職業(yè)訓(xùn)練和家庭服務(wù)。這所孤兒院還是英國布里斯托城最大的孤兒院。不過在1958年，孤兒院的總部遷離Ashley Down，原址改為一所大學(xué)。孤兒院原址旁的馬路，仍稱作慕勒路（Muller Road），是布里斯托城最長的一條沒有酒吧的街道。

他的第一個妻子在1870年去世，1872年，他與慕姍娜·桑格結(jié)婚。1875年，他70歲,慕勒開始了一次17年之久的傳教旅程。在這段時間，他前往美國、印度、澳大利亞、日本、中國和其他將近40個國家講道。他的旅行里程總計超過20萬英里，這在航空時代來臨以前，是一個不可思議的成就。他的語言能力允許他用英語、法語和德語講道，他的講道詞被翻譯成超過一打其他語言。

1892年，他回到英格蘭，1898年3月10日早晨，送茶給慕勒的人發(fā)現(xiàn)93歲的他已經(jīng)安然離世。此前他一直身體強健，照常工作。