教育及工作經(jīng)歷
09/1994-07/1998 南開(kāi)大學(xué)生物化學(xué)系,理學(xué)學(xué)士
09/1998-07/2001 南開(kāi)大學(xué)生物化學(xué)系,理學(xué)碩士
09/2001-08/2006 Iowa State University,理學(xué)博士
10/2006-12/2011 Harvard Medical School/Massachusetts General Hospital,博士后
01/2012-09/2013 Harvard Medical School/Massachusetts General Hospital,研究助理教授
09/2013-至今 ? 中科院上海逆境生物學(xué)研究中心, 研究員
研究領(lǐng)域
在基礎(chǔ)生物學(xué)研究領(lǐng)域,一個(gè)最重要的和需要解決的問(wèn)題是生物體如何協(xié)調(diào)和傳遞各種大量的內(nèi)源營(yíng)養(yǎng)信號(hào)和外界生物脅迫以及非生物脅迫信號(hào),從而精確控制生物體自身的生長(zhǎng)和發(fā)育。對(duì)一問(wèn)題進(jìn)行分子生物學(xué)和細(xì)胞生物學(xué)的系統(tǒng)闡述和研究會(huì)對(duì)將來(lái)的醫(yī)藥研究以及農(nóng)業(yè)的發(fā)展都帶來(lái)積極的促進(jìn)效果。我的研究組主要研究方向是利用擬南芥作為植物模型,通過(guò)分子遺傳學(xué),系統(tǒng)生物學(xué),基因組學(xué),蛋白組學(xué)和代謝組學(xué)等手段,系統(tǒng)研究各種內(nèi)源營(yíng)養(yǎng)信號(hào)和外源脅迫信號(hào)對(duì)植物生長(zhǎng)發(fā)育的影響和調(diào)控,從分子水平和基因?qū)用娼沂酒鋬?nèi)在規(guī)律,解析其代謝調(diào)控和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)網(wǎng)絡(luò)。
在哈佛醫(yī)學(xué)院和馬薩諸塞州總醫(yī)院工作和學(xué)習(xí)期間,我深入研究了TOR(target of rapamycin)蛋白激酶在植物生長(zhǎng)和發(fā)育當(dāng)中的作用。TOR蛋白激酶高度保守,存在于所有真核生物中。因?yàn)槠淇梢哉细鞣N營(yíng)養(yǎng),能量和脅迫信號(hào)來(lái)調(diào)控細(xì)胞的生長(zhǎng)和分裂,TOR蛋白激酶被認(rèn)為是一個(gè)最重要的生長(zhǎng)和發(fā)育的宏觀調(diào)控者并成為近年來(lái)最大的一個(gè)研究熱點(diǎn)。在動(dòng)物和人類中,TOR激酶主要被認(rèn)為是通過(guò)蛋白翻譯調(diào)控來(lái)對(duì)細(xì)胞的生長(zhǎng),發(fā)育以及對(duì)疾病,例如癌癥,糖尿病,肥胖癥,衰老等進(jìn)行精密的調(diào)節(jié)和控制。在植物中,由于tor突變體導(dǎo)致早期胚胎死亡,以及普遍認(rèn)為的植物對(duì)藥物rapamycin的不敏感性,TOR激酶在植物中的遺傳學(xué),分子學(xué)和功能學(xué)研究基本上還處于空白階段。為了克服這些研究難點(diǎn),我首先建立了一整套全新和有效的系統(tǒng)來(lái)研究植物的TOR激酶,包括TOR激酶蛋白活性檢測(cè)系統(tǒng),可誘導(dǎo)的tor突變體系統(tǒng)和TOR激酶化合物抑制劑系統(tǒng)。通過(guò)這些新的技術(shù)和方法,我揭示了兩個(gè)重大的發(fā)現(xiàn)。(1)推翻了傳統(tǒng)普遍認(rèn)為的植物對(duì)藥物rapamycin耐受性的理論,證明了rapamycin仍然可以有效抑制擬南芥中的TOR激酶活性。我進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)過(guò)量表達(dá)FKBP12蛋白可以極大增強(qiáng)植物對(duì)rapamycin的敏感度,揭示了動(dòng)物和植物中不同的FKBP12蛋白表達(dá)水平可能是造成動(dòng)物和植物對(duì)藥物rapamycin的敏感度不同的主要原因。這個(gè)發(fā)現(xiàn)也為將來(lái)對(duì)改造和提高藥物rapamycin在人類疾病治療的效果提供了可能(Xiong et al., JBC, 2012)。(2)揭示了TOR蛋白激酶能夠接受和傳導(dǎo)葡萄糖的代謝信號(hào)來(lái)促進(jìn)植物的生長(zhǎng)。盡管TOR激酶被認(rèn)為是主要作用于蛋白翻譯的調(diào)節(jié),通過(guò)基因組學(xué)的研究,我們發(fā)現(xiàn)一個(gè)全新的TOR激酶功能:通過(guò)正向調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子E2Fa來(lái)控制基因組表達(dá)變化并激活根尖分生組織的細(xì)胞分裂活性,激活細(xì)胞分裂循環(huán)從而促進(jìn)植物的快速生長(zhǎng)(Xiong et al, Nature,2013)。這些科研成果證明了植物的生長(zhǎng),發(fā)育和抗逆在很大程度上是通過(guò)TOR蛋白激酶偶連在一起的。此激酶在各種真核生物中的作用十分保守。因此,作為一項(xiàng)上游基理研究成果不僅在基礎(chǔ)研究中有很重要的作用,而且對(duì)各種農(nóng)作物,特別是水稻、大豆、玉米等我國(guó)重要的高等農(nóng)業(yè)作物,提供了轉(zhuǎn)基因性狀改良的有效靶點(diǎn),因此有著極為廣泛的發(fā)展和應(yīng)用前景。
我的研究組計(jì)劃在模式植物擬南芥中繼續(xù)深入研究TOR蛋白激酶調(diào)控細(xì)胞分裂,抗逆,抗病中的分子機(jī)理,尋找新的TOR信號(hào)通路成員,并把這些研究成果轉(zhuǎn)化和拓展到我國(guó)重要的農(nóng)作物研究中,為我國(guó)的農(nóng)業(yè)建設(shè)作出貢獻(xiàn)。
1. 進(jìn)一步深入研究葡萄糖-TOR蛋白激酶信號(hào)傳導(dǎo)通路調(diào)控細(xì)胞分裂和分生組織激活的分子機(jī)理
植物的分生組織包含干細(xì)胞。植物的生長(zhǎng)與發(fā)育基本是胚體后進(jìn)行并與分生組織的活性緊密相連。我們已經(jīng)揭示了一個(gè)全新的葡萄糖-TOR蛋白激酶-E2Fa轉(zhuǎn)錄因子的信號(hào)通路來(lái)調(diào)控S-phase基因表達(dá),從而控制細(xì)胞分裂和根尖分生組織激活的分子機(jī)制。我們的研究目標(biāo)是進(jìn)一步了解和闡述這一機(jī)制。
2. 研究TOR蛋白的亞細(xì)胞定位與其基因表達(dá)調(diào)控功能的內(nèi)在聯(lián)系
TOR激酶同時(shí)存在于細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核中,但是這些不同亞細(xì)胞定位TOR激酶的分子生物學(xué)功能還有待研究。我們計(jì)劃利用核聚集信號(hào)肽(nuclear localization signal)和核排出信號(hào)肽(nuclear exclusion signal)只在細(xì)胞質(zhì)或細(xì)胞核中表達(dá)TOR蛋白,并構(gòu)建相對(duì)應(yīng)的擬南芥轉(zhuǎn)基因植物來(lái)細(xì)化和區(qū)分細(xì)胞質(zhì)及細(xì)胞核定位的TOR生物學(xué)功能并進(jìn)一步了解TOR蛋白是如何把營(yíng)養(yǎng)、能量、激素、免疫和抗逆等多種信號(hào)通路整合在一起的。
3. 篩選,鑒定和研究新的TOR信號(hào)傳導(dǎo)通路成員
作為一個(gè)蛋白激酶,TOR蛋白的生物學(xué)功能的研究依賴于對(duì)新的TOR激酶底物的鑒定和研究,例如,對(duì)E2Fa這個(gè)TOR下游直接底物的鑒定是我們發(fā)現(xiàn)TOR在轉(zhuǎn)錄水平調(diào)控細(xì)胞分裂這個(gè)全新功能的基礎(chǔ)和前提。到目前為止,僅有數(shù)目有限的TOR信號(hào)傳導(dǎo)通路成員已被發(fā)現(xiàn)。因此,我們擬通過(guò)生物信息學(xué),蛋白組芯片技術(shù),磷酸化蛋白組學(xué),正向遺傳學(xué)篩選鑒定等方法來(lái)篩選,鑒定新的TOR信號(hào)傳導(dǎo)通路成員。對(duì)這些新的TOR信號(hào)傳導(dǎo)通路成員的研究,無(wú)疑將會(huì)幫助我們進(jìn)一步了解和掌握TOR這個(gè)最重要的生長(zhǎng)宏觀調(diào)控者整合各種內(nèi)源的營(yíng)養(yǎng)信號(hào)和外源的脅迫信號(hào)來(lái)調(diào)控植物的生長(zhǎng),發(fā)育以及存活的分子基礎(chǔ),并提供一個(gè)對(duì)TOR激酶全新的研究和認(rèn)知窗口。
4. 在重要的農(nóng)作物中研究TOR信號(hào)傳導(dǎo)通路
在之前對(duì)農(nóng)作物的研究中,人們發(fā)現(xiàn)伴隨著植物生長(zhǎng)能力的提高,植物抗逆和抗病的能力往往卻會(huì)下降,反之亦然。我們的科研成果證明了植物的生長(zhǎng),抗病和抗逆在很大程度上是通過(guò)TOR蛋白激酶偶聯(lián)在一起的。這一發(fā)現(xiàn)提供了一種可以解除植物生長(zhǎng)和抗逆偶聯(lián)的方法,使同時(shí)提高植物產(chǎn)量和增強(qiáng)抗逆成為可能。編碼TOR,以及下游的靶蛋白,例如E2Fa的基因同樣也存在于我國(guó)重要的農(nóng)作物水稻,大豆和玉米中。我們計(jì)劃一方面向農(nóng)作物中轉(zhuǎn)化在擬南芥中的研究成果。另一方面,利用在擬南芥中積累的研究經(jīng)驗(yàn),以水稻作為農(nóng)作物的模式植物,開(kāi)展研究TOR信號(hào)傳導(dǎo)通路在這些農(nóng)作物中的生物學(xué)功能及其調(diào)控機(jī)理。
代表論著
1.Yan Xiong*, Jen Sheen (2013) Moving beyond translation, glucose-TOR signaling in the transcriptional control of cell cycle. Cell Cycle, in press. (*Corresponding author)
2.Yan Xiong*, Matthew McCormack, Lei Li, Qi Hall, Chengbin Xiang, Jen Sheen* (2013) Glucose-TOR signalling orchestrates transcriptome reprogramming and meristem activation. Nature, 496:181-189 (*Corresponding author, elected by Faculty of 1000)
3.Yan Xiong, Jen Sheen (2012) Rapamycin and glucose-target of rapamycin (TOR) signaling in plants. Journal of Biological Chemistry. 287, 2836-2842 (elected by Faculty of 1000)
4.Jianfeng Li, Jenifer Bush, Yan Xiong, Lei Li, Matthew McCormack (2011) Large-scale protein-protein interaction analysis in Arabidopsis mesophyll protoplasts by split firefly luciferase complementation. PLoS ONE 6(11): e27364 (elected by Faculty of 1000)
5.Yimo Liu*, Yan Xiong*, Diane C. Bassham (2009) Autophagy is required for plant tolerance of drought and salt stress. Autophagy, 5:954-963. (*Equal contribution)
6.Sang-Dong Yoo, Young-Hee Cho, Guillaume Tena, Yan Xiong, Jen Sheen (2008) Dual control of nuclear EIN3 by bifurcate MAPK cascades in C2H4 signalling. Nature, 451:789-795
7.Jen Sheen, Ping He, Libo Shan, Yan Xiong, Guillaume Tena, Sangdong Yoo, Younghee Cho, Marie Boudsocq, Horim Lee (2008) Signaling specificity and complexity of MAPK cascades in plant innate immunity. Biology of Molecular Plant-Microbe Interactions, Chapter 86
8.Jen Sheen, Younghee Cho, Elena Baena-Gonzalez, Hall Qi, Filip Rolland, Yan Xiong, Sangdong Yoo (2007) Sugar and energy sensing and signalling networks in plants. Photosynthesis Research, 91:134
9.Yan Xiong, Anthony L. Contento, Diane C. Bassham (2007) Disruption of autophagy results in constitutive oxidative stress in Arabidopsis. Autophagy, 3: 257-258.
10.Yan Xiong, Anthony L. Contento, Phan Quang Nguyen, Diane C. Bassham (2007) Degradation of oxidized proteins by autophagy during oxidative stress in Arabidopsis. Plant Physiology. 143: 291-299
11.Yan Xiong, Anthony L. Contento, Diane C. Bassham. (2005) AtATG18a is required for the formation of autophagosomes during nutrient stress and senescence in Arabidopsis thaliana. Plant Journal. 42: 535-546
12.Anthony L. Contento*, Yan Xiong*, Diane C. Bassham. (2005) Visualization of autophagy in Arabidopsis using the fluorescent dye monodansylcadaverine and a GFP-AtATG8e fusion protein. Plant Journal. 42:598-608. (*Equal contribution)
13.Wei-min Li, Qing-dai Liu, Yan Xiong, Shu-Fang Wang, Ning-ning Wang, Yong Wang (2003) Significant role of cytokinins in maintaining the life of fronds in Spirodela polyrrhiza. Journal of Plant Physiology and Molecular Biology. 29 (3): 215-220
14.Yan Xiong, Cuimin Liu, Shufang Wang, Ningning Wang, Yong Wang (2002) Chloroplast Genome and the Regulation of Chloroplast-encoded Gene Expression. Plant Physiology Communications 38 (3):264-270
15.Cuimin Liu, Yan Xiong, Shufang Wang, Ningning Wang, Yong Wang (2002) cDNA Cloning and Expression of rbcS Gene in Spirodela polyrrhiza. Plant Physiology Communications 38(3): 221-225