余巖篤于舊學(xué)，追慕西學(xué)，曾于1901年入浙西新式學(xué)堂“南潯潯溪公學(xué)”求學(xué)，他除了學(xué)堂功課，還出于自學(xué)之需，購(gòu)置了好幾種數(shù)理化類書(shū)籍。兩年后，他在上海寧波幫澄衷學(xué)堂任教。1904年返鄉(xiāng)，在鎮(zhèn)海籍翰林劉崇照創(chuàng)辦的貴駟寶善學(xué)堂任堂長(zhǎng)。隨后在1905年赴日本留學(xué)，先入體育會(huì)肄業(yè)，再入東京物理學(xué)校，后入大阪醫(yī)大。

余巖思想比較激進(jìn)，傾力支持辛亥革命，曾跟隨留日醫(yī)學(xué)生“赤十字社”回國(guó)參加軍事救護(hù)，足跡遍布上海等地。1913年再赴日本大阪醫(yī)大繼續(xù)學(xué)醫(yī)，直到1916年7月畢業(yè)回國(guó)，任公立上海醫(yī)院醫(yī)務(wù)長(zhǎng)。這其間，他大力譯介西方醫(yī)學(xué)，所著廣為流傳。

1917年初，余巖的力作《靈素商兌》發(fā)表，它詳細(xì)地分析了中西醫(yī)科學(xué)與不科學(xué)的概念，使讀者得以了解病理與藥理的關(guān)系，社會(huì)反響很大。雖然他只是一介“為糊口生計(jì)”的開(kāi)業(yè)西醫(yī)，但其視野卻投注到整個(gè)中國(guó)的“醫(yī)學(xué)革命”。他批判中醫(yī)理論，力證陰陽(yáng)、五行、六氣、臟腑、經(jīng)脈等種種“謬誤”，批判脈法的“不科學(xué)”，并且指出中醫(yī)不能預(yù)防疫癘的流行。他還認(rèn)為中醫(yī)的病原學(xué)說(shuō)阻礙其科學(xué)化，斷言只有通過(guò)廢除中醫(yī)，才能使中國(guó)醫(yī)學(xué)走上正規(guī)，中國(guó)才能民強(qiáng)國(guó)富。

余巖的學(xué)術(shù)觀點(diǎn)來(lái)自學(xué)習(xí)西方醫(yī)學(xué)，但也受到晚清大學(xué)者 俞樾和 章太炎的影響。俞樾擅長(zhǎng)考據(jù)，且是我國(guó)“廢醫(yī)存藥”說(shuō)的第一人，曾竭力否定中醫(yī)。但俞樾晚年因自身病弱，對(duì)中醫(yī)的態(tài)度有很大的轉(zhuǎn)變，他曾為此自嘲說(shuō)：“不能堅(jiān)執(zhí)廢醫(yī)論，反自營(yíng)求卻疾方”，對(duì)古代醫(yī)藥學(xué)文獻(xiàn)作了深邃的研究，肯定不少古代流傳下來(lái)的丸、散、丹、膏具有治病療效。他為此親自配制成藥，除自服外，還推薦給親友。章太炎否定中醫(yī)理論五行學(xué)說(shuō)，但對(duì)中醫(yī)實(shí)際療效卻表示認(rèn)可，還常參與中醫(yī)改革的活動(dòng)。

余巖在日本期間受到章太炎的教誨，回國(guó)后仍多有接觸，且屢與章師母作詩(shī)唱和；而在研讀古典醫(yī)學(xué)名著方面，也大多遵循俞樾規(guī)矩�？吹贸鏊�在師承關(guān)系方面的脈絡(luò)，但在廢中醫(yī)方面，他比兩位前輩走得更遠(yuǎn)。