入仕
阮潢意欲脫離鄭檢的鉗制，視橫山以南為立足的新天地。阮潢透過(guò)姐姐玉寶向姐夫鄭檢請(qǐng)求，允許自己出鎮(zhèn)順化。當(dāng)時(shí)，順化、廣南一帶剛剛經(jīng)歷戰(zhàn)火，形勢(shì)并不明朗，鄭檢的勢(shì)力鞭長(zhǎng)莫及，許多當(dāng)?shù)厝松踔猎胶１北寄�。此時(shí)，正好將這一燙手山芋拋給阮潢。鄭檢向黎帝英宗進(jìn)言：順化非得由良將鎮(zhèn)守不可，宜用阮潢鎮(zhèn)守順化，與廣南互為犄角。英宗允其所請(qǐng)。
1558年，阮潢出鎮(zhèn)順化，駐屯于愛(ài)子社（今廣治省登昌縣）。1567年，鄭檢召回廣南總兵，命阮潢兼領(lǐng)廣南，每年上繳銀400斤、帛500匹作為貢賦。鄭檢放虎歸山，使阮潢得以遠(yuǎn)離南北朝戰(zhàn)亂的最前線。阮潢依靠北方移民及犯人開(kāi)發(fā)廣南、順化，短短十?dāng)?shù)年間，順廣一帶就成為“市無(wú)二價(jià)，人不為盜，諸國(guó)商舶湊集”之地。
雖然北朝莫氏曾于1571年攻擊順化，而且順廣各地也不時(shí)有匪寇出沒(méi)，但是阮潢都將敵手成功擊敗，使南部地區(qū)成為相對(duì)安定的大后方。而反觀北方，瘟疫與戰(zhàn)爭(zhēng)不斷，北方的難民不斷涌入南方，阮潢獨(dú)立割據(jù)的資本正在不斷充實(shí)。
阮潢在鄭氏收復(fù)升龍后也出兵幫助平定各地的莫氏余黨。1600年戰(zhàn)事緩和，飽受鄭松排擠的阮潢黯然離開(kāi)北方，他將女兒嫁與鄭松之子為妻，此后在順廣一帶積蓄力量，再也不肯北上。鄭氏明知阮潢存心割據(jù)南方，但是也奈何不得。1613年，阮潢臨終之前，阮潢將親族郎黨召至榻前諄諄囑咐：“順廣北有橫山靈江之險(xiǎn)，南有海云碑山之固，山產(chǎn)金鐵，海出魚(yú)鹽，實(shí)英雄用武之地。若能馴民厲兵與鄭氏抗衡，足建萬(wàn)世之業(yè)�！�
去世
1613年，阮潢去世，壽八十八歲，謚號(hào)勤義公，又稱(chēng)仙王。以后曾改謚為勤堇達(dá)理顯應(yīng)昭佑兆嘉裕王或肇基垂統(tǒng)欽明恭勤義達(dá)理顯應(yīng)昭佑兆靈嘉太王，廟號(hào)烈祖。阮潢死后，其子阮福源繼位。南阮北鄭兩家的明爭(zhēng)暗斗，日漸白熱化。
追封
1803年，他的后代阮福映建立阮朝，追崇上他廟號(hào)太祖，謚號(hào)肇基垂統(tǒng)欽明恭勤義達(dá)理顯應(yīng)昭佑兆靈嘉裕皇帝，葬長(zhǎng)基陵。