入仕
阮潢意欲脫離鄭檢的鉗制，視橫山以南為立足的新天地。阮潢透過姐姐玉寶向姐夫鄭檢請求，允許自己出鎮(zhèn)順化。當時，順化、廣南一帶剛剛經歷戰(zhàn)火，形勢并不明朗，鄭檢的勢力鞭長莫及，許多當地人甚至越海北奔莫朝。此時，正好將這一燙手山芋拋給阮潢。鄭檢向黎帝英宗進言：順化非得由良將鎮(zhèn)守不可，宜用阮潢鎮(zhèn)守順化，與廣南互為犄角。英宗允其所請。
1558年，阮潢出鎮(zhèn)順化，駐屯于愛子社（今廣治省登昌縣）。1567年，鄭檢召回廣南總兵，命阮潢兼領廣南，每年上繳銀400斤、帛500匹作為貢賦。鄭檢放虎歸山，使阮潢得以遠離南北朝戰(zhàn)亂的最前線。阮潢依靠北方移民及犯人開發(fā)廣南、順化，短短十數年間，順廣一帶就成為“市無二價，人不為盜，諸國商舶湊集”之地。
雖然北朝莫氏曾于1571年攻擊順化，而且順廣各地也不時有匪寇出沒，但是阮潢都將敵手成功擊敗，使南部地區(qū)成為相對安定的大后方。而反觀北方，瘟疫與戰(zhàn)爭不斷，北方的難民不斷涌入南方，阮潢獨立割據的資本正在不斷充實。
阮潢在鄭氏收復升龍后也出兵幫助平定各地的莫氏余黨。1600年戰(zhàn)事緩和，飽受鄭松排擠的阮潢黯然離開北方，他將女兒嫁與鄭松之子為妻，此后在順廣一帶積蓄力量，再也不肯北上。鄭氏明知阮潢存心割據南方，但是也奈何不得。1613年，阮潢臨終之前，阮潢將親族郎黨召至榻前諄諄囑咐：“順廣北有橫山靈江之險，南有海云碑山之固，山產金鐵，海出魚鹽，實英雄用武之地。若能馴民厲兵與鄭氏抗衡，足建萬世之業(yè)�！�
去世
1613年，阮潢去世，壽八十八歲，謚號勤義公，又稱仙王。以后曾改謚為勤堇達理顯應昭佑兆嘉裕王或肇基垂統(tǒng)欽明恭勤義達理顯應昭佑兆靈嘉太王，廟號烈祖。阮潢死后，其子阮福源繼位。南阮北鄭兩家的明爭暗斗，日漸白熱化。
追封
1803年，他的后代阮福映建立阮朝，追崇上他廟號太祖，謚號肇基垂統(tǒng)欽明恭勤義達理顯應昭佑兆靈嘉裕皇帝，葬長基陵。