道光二十九年(1849)，赴黔查辦鹽務(wù)，適值鹽民^造**，當(dāng)局派他處理。經(jīng)多方請(qǐng)教協(xié)商，將運(yùn)、賣(mài)捐稅合并，鹽民滿意。當(dāng)?shù)禺屪遴l(xiāng)民為一山場(chǎng)爭(zhēng)訟多年，經(jīng)17任縣官審理無(wú)法結(jié)案，案卷積壓尺余。經(jīng)細(xì)閱案卷，深入察訪，最后公斷，鄉(xiāng)民欣然。又一民婦自謂觀音附身，欺騙鄉(xiāng)民，擾亂春耕，他得知后，派人將民婦捕押，并在臉上涂出記號(hào)，燒掉神堂，鄉(xiāng)民稱快。

何毓藻年老卸任后，久病不起，于咸豐二年(1852)臘月初一去世，次年，子女將其遺體運(yùn)回寶雞，安葬故里。