1967年，原菏澤地區(qū)革命委員會決定在菏澤城東關(guān)外路北城墻以東、原地區(qū)印刷廠路南建設(shè)“菏澤地區(qū)毛澤東思想勝利萬歲展覽館”，三層，建筑面積1800平方米。1969年竣工，1971年原菏澤地區(qū)革命委員會決定將大樓改為菏澤賓館，1972年更名為菏澤地區(qū)展覽館。1980年6月，菏澤地區(qū)展覽館與菏澤地區(qū)文物管理站合并成立菏澤地區(qū)文展館，1985年1月，菏澤地區(qū)文展館更名為菏澤地區(qū)博物館。1991年12月菏澤地區(qū)博物館選址建設(shè)新館，1996年4月正式開館。2000年菏澤地區(qū)撤地改市，菏澤地區(qū)博物館遂更名為菏澤市博物館。

菏澤市博物館的基本陳列為《菏澤市館藏文物精品展》，陳列面積296平方米，共分為陶器、瓷器、青銅器、玉器、雜項等五部分，共展出藏品近百件。其中較為重要的展品有宰甫卣（晚商）、鎏金佛像（北齊）等。晚商青銅酒器宰甫卣，蘑菇形鈕蓋，蓋頂、器腹飾獸面紋，蓋沿、圈足飾夔紋、獸面紋，提梁飾勾連紋，兩端飾牛首。器蓋和器底內(nèi)壁對銘三行23字 ，大意是，殷王自豆麓狩獵歸來宴饗時，賞給宰甫五串貝，宰甫因作此器以志其事。其他長期專題陳列主要有《菏澤市木版年畫展》，陳列面積296平方米、《菏澤市博物館館藏書畫展》，陳列面積296平方米。

菏澤市博物館現(xiàn)有藏品總數(shù)為8763件，其來源有征集、收購、考古發(fā)掘品移交、社會捐贈等渠道，分為陶器、瓷器、金屬器、書畫、玉器、古籍善本、雜項等七大類。

1999年9月29日至10月20日舉辦的《輝煌的歷程——菏澤地區(qū)50年建設(shè)成就回顧展》獲山東省文化廳頒發(fā)的慶祝建國50周年“一館一展”評比活動優(yōu)秀獎和菏澤地委、行署頒發(fā)的“慶祝建國50周年活動組織獎”。2002年8月，來自德國、意大利、羅馬尼亞、奧地利、土耳其等國家的畫家、雕塑家及來自北京、濟南等地國內(nèi)部分知名畫家，在菏澤市博物館舉辦了《中外藝術(shù)家迎奧運綠色行動菏澤行畫展》。自2003年舉辦首屆起，至2008年菏澤市博物館已成功承辦了6屆“牡丹杯”全國書畫名家作品展。