鴉片戰(zhàn)爭以后，英，法，美，德，日等這些帝國主義國家相繼侵入中國，他們用洋槍火炮打敗了腐朽的清政府，迫使簽訂了一個個喪權(quán)辱國的不平等條約，使中國迅速淪為半殖民地的國家。特別是在1896年前后，外國列強在我國神圣國土上任意劃分勢力范圍，對中國加緊進行軍事，政治侵略和經(jīng)濟掠奪。清政府逆來順受，屈膝求和。在仇視外強的條件下，陰差陽錯地與中國傳教士發(fā)生誤會，至此釀成巨野慘案。
過程
1897年11月1日夜，陰云密布。十多個手拿匕首，短刀的人，闖進磨盤張莊教堂，殺死了德國神甫能方濟和韓理迦略。能、韓二人原本分別在陽谷和鄆城一帶傳教，因去兗州天主教總堂參加"諸圣瞻禮"，路此天晚而宿。張莊教堂神甫薛田資，主讓客先，安頓能，韓二人成了替死鬼。薛田資聽到動靜后發(fā)現(xiàn)情況不妙，倉惶逃往濟寧，電告德國駐華大使并轉(zhuǎn)德國政府。
1897年11月13日，即教案發(fā)生后的第12天，德政府派軍艦多艘，強行占領(lǐng)膠州灣，迫使清政府簽訂了喪權(quán)辱國的中德《膠澳租界條約》。懲辦了山東巡撫李秉衡、兗沂曹濟道錫良、曹州鎮(zhèn)臺萬德力、巨野知縣許廷瑞等近十名地方官；賠銀20萬兩，并在巨野、濟寧、曹州等地建造教堂及傳教士防護住所。從此山東成了德國的勢力范圍，正如當時日本《外交時報》所稱：華政府于山東一舉一動，皆受德人指使，似滿洲之實權(quán)歸俄人掌握。彼山東之實權(quán)，亦將歸諸德人矣。
意義
巨野教案已成為歷史長卷中的一頁，它記載著中國人民反帝反封建斗爭的光輝史跡。也飽含著外來侵略的欺凌和恥辱，這一切將被中華民族后世子孫永遠銘記在心。
巨野教案遺址位于山東省菏澤市巨野縣城西北5公里的麒麟鎮(zhèn)磨盤張莊（現(xiàn)為北張莊）村內(nèi)，為省級重點文物保護單位�？上У氖�，磨盤張莊教堂于1967年被拆除，唯甫用的椅子，大床，教堂門窗幸存，為縣文物管理所收藏，原教學遺址公存當年水井一眼。1977年，巨野教案遺址被公布為省級重點文物保護單位。
補遺
光緒十六年(1890)，德國奪得法國在山東傳教的護教權(quán)后，開始在山東積極進行傳教活動。巨野縣磨盤張家莊教堂德國天主教神父薛田資(1869―1928)，在當?shù)匕l(fā)展教會勢力，唆使教徒欺壓平民，激起公憤。
二十三年十月初七(1897年11月1日)下午，分別在陽谷和曹州鄆城一帶傳教的德國天主教神父能方濟(1859―1897)和韓·理加略，來到張家莊，參加天主教紀念“諸圣”的例會“諸圣瞻禮”。薛田資因能方濟和韓·理加略是來客，就把自己的寢室讓給兩人住，自己住于門房里。當天晚上，天下小雨，約11時，巨野縣大刀會組織會員和民眾惠二啞巴、雷協(xié)身、蕭盛業(yè)、姜三綠、張允等二、三十人手持刀、紅纓槍進入教堂院子里。他們見堂內(nèi)已經(jīng)熄燈，就砸開西邊窗戶，殺死能、韓兩人。躲在門房里的薛田資則僥幸逃命。
早在光緒二十一、二十二、二十三年曾幾次向清政府要求租借東南沿海港灣的德國政府，即以此為借口，于二十三年十月二十日出兵強占膠州灣，并強迫清政府簽訂《膠澳租界條約》，允許德國租借膠州灣、在山東享有修筑膠濟鐵路和開采鐵路沿線礦產(chǎn)等特權(quán)。
在強占膠澳之后，德國天主教會以軍事力量做后盾，迫使清政府在談判方面作出如下決定:
一、山東巡撫李秉衡(1830―1900)革職，永不敘用；
二、在濟寧、曹州及巨野張家莊3處各建天主教堂1所，并于巨野、菏澤、鄆城、單縣、成武、曹縣、魚臺7處各建教士住房1所，中國償付上述建筑費白銀2.4萬兩。
三、降諭保護德國傳教士，并保證今后不發(fā)生類似事件。
四、惠二啞巴、雷協(xié)身斬首，蕭盛業(yè)、姜三綠、張允監(jiān)禁5年。
巨野教案發(fā)生后，天主教會由于有本國軍事勢力做后盾和清政府地方官吏的悉心庇護，對中國人民的壓迫、敲詐更加殘酷，為所欲為，飛揚跋扈。張家莊常有教民指控某某為大刀會員，某某參加過殺教士事件，唆使清廷捕殺。有的教民還公開搶劫大刀會家屬的財產(chǎn)，強迫他們?yōu)榻虝隹喙�。正是在這種情況下，反教會侵略斗爭的怒火又燃燒起來。巨野教案和翌年爆發(fā)的“大足教案”、“冠縣教案”，堪稱19世紀末揭開義和團運動序幕的三大教案。