中華民國元年（1912年）4月4日，侯祥麟出生于廣東汕頭。少年時，他同進步師生一道上街游行抗議帝國主義對中國人民的欺壓蹂躪。

中華民囯二十四年（1935年），侯祥麟畢業(yè)于燕京大學化學系。在讀期間，參加到南京政府請愿、為前線將士募捐等活動。大學畢業(yè)后考取中央研究院（上海）化學研究所研究生。

中華民國二十七年（1938年）4月，侯祥麟加入中國共產黨�？谷諔�(zhàn)爭時期，侯祥麟投身抗日救亡活動，按照黨的指示，在西南從事煤和植物油煉制液體燃料的工作。

中華民國三十三年（1944年）12月，侯祥麟受黨組織委派，自費留學美國。留學美國期間，參加、組織愛國留學生的社團活動。

中華民國三十四年（1945年）至中華民國三十七年（1948年），侯祥麟就讀于美國卡乃基理工學院化學工程系，并獲博士學位。

1949年初，侯祥麟任麻省理工學院副研究員。同年，在他和幾名共產黨員的推動下，在波士頓發(fā)起成立了 “留美中國科學工作者協會”，侯祥麟被選為常務干事。

1950年6月，侯祥麟回到北京，任清華大學燃料研究室研究員及化工系教授。參加中國民主同盟，任民盟北京市委副秘書長。

1952年秋，侯祥麟到大連中國科學院工業(yè)化學研究所任研究員、代室主任。

1954年春，侯祥麟調燃料工業(yè)部石油管理總局任主任工程師。

1955年，侯祥麟受聘為中國科學院學部委員（院士）。

1956—1958年，侯祥麟任石油工業(yè)部技術司副司長。

1958年，侯祥麟擔任石油科學研究院副院長。

1972年，侯祥麟再任石油科學研究院副院長。

1977年，侯祥麟任石油化工科學研究院院長、黨委書記。

1978年4月，侯祥麟同志任石油工業(yè)部副部長。

1981年，侯祥麟組織石油化工方面的專家，研究探討如何用好中國自產原油，在中國科協的委托下，主持了100多人參加的論證會，起草了《關于合理利用一億噸原油的若干意見》上報國務院，受到黨中央、國務院的高度重視和采納。

1982年，侯祥麟同志退居二線，繼續(xù)擔任石油工業(yè)部技術委員會主任。

1983年8月，侯祥麟作為世界石油大會中國國家委員會主任，率中國代表團赴英國倫敦出席了第十一屆世界石油大會。這是中華人民共和國的代表第一次參加世界石油大會。侯祥麟還率團參加了第十二屆、十三屆世界石油大會。在侯祥麟和其他同志的共同努力下，中國申辦第十五屆世界石油大會獲得成功。

1988年，侯祥麟作為第七屆全國政協科技委員會副主任，他組織開展了科研體制改革的調研，完成了《進一步完善和深化科技體制改革》、《加快科技成果轉化為生產力的步伐》等報告，提出改進措施。侯祥麟和5位科學家聯名給黨中央和國務院寫報告，建議成立中國工程院。

1994年，中國工程院正式成立，侯祥麟當選為中國工程院院士。侯祥麟還發(fā)起成立了中國科技館基金會，并擔任會長。

1998年6月，國務院決定在中國科學院和中國工程院設立資深院士制度。侯祥麟同時成為中國科學院資深院士和中國工程院資深院士。

2003年5月，受國務院總理溫家寶的委托，91歲高齡的侯祥麟同志以課題組組長的身份，主持啟動了“中國可持續(xù)發(fā)展油氣資源戰(zhàn)略研究”。

2008年12月8日20時36分，侯祥麟因病在北京逝世，享年96歲。14日，侯祥麟遺體在北京八寶山革命公墓火化。侯祥麟病重期間及逝世后，黨和國家領導人胡錦濤、吳邦國、溫家寶、賈慶林、李長春、習近平、李克強、賀國強、周永康、王剛、王樂泉、王兆國、王岐山、劉淇、劉云山、劉延東、李源潮、汪洋、張高麗、張德江、薄熙來、李鵬、朱镕基、曾慶紅、吳官正、何勇、路甬祥、韓啟德、華建敏、陳至立、蔣樹聲、馬凱、張梅穎和吳儀、曾培炎、雷潔瓊、周光召、成思危、盛華仁、宋健、錢正英、陳錦華、徐匡迪等以不同方式表示慰問和哀悼。

1957年至1965年期間，侯祥麟同志作為中國煉油技術的奠基人，解決了國產噴氣燃料對鎳鉻合金火焰筒燒蝕的關鍵問題，國產航空煤油于1965年獲國家新產品成果一等獎。侯祥麟領導研制出多種特殊潤滑材料，滿足了中國發(fā)展原子彈、導彈、衛(wèi)星和新型噴氣飛機的需要。侯祥麟還領導了流化催化裂化、催化重整、延遲焦化、尿素脫蠟及有關的催化劑、添加劑等“五朵金花”煉油新技術的成功開發(fā)，使中國煉油技術在60年代前期很快接近了當時的世界水平，結束了中國人使用“洋油”的歷史，成功地突破了中國以外的封鎖，推動和促進了中國煉油技術的成長和發(fā)展。侯祥麟大力支持石科院研制新型催化劑，最終形成減壓餾分油催化裂解新工藝，并推動該技術的中國工業(yè)化進程，實現了技術出口。曾獲得全國科學大會獎、國家自然科學獎等獎勵。

20世紀70年代初，侯祥麟排除干擾狠抓科研管理，組織領導了多金屬重整、提升管催化裂化、渣油催化裂化、減黏、溶劑脫瀝青、維生素二步發(fā)酵、順丁橡膠、高檔潤滑油等新工藝、新技術、新產品的研究開發(fā)，取得了多項成果。

2003年5月，侯祥麟主持中國可持續(xù)發(fā)展油氣資源戰(zhàn)略研究，歷經一年多調查研究，從前瞻性、戰(zhàn)略性的高度，科學分析了中國和世界油氣資源的現狀及供需發(fā)展趨勢，提出了中國油氣資源可持續(xù)發(fā)展的總體戰(zhàn)略、指導原則、戰(zhàn)略措施和政策建議，成為指導中國“十一五”發(fā)展規(guī)劃和實現全面建設小康社會奮斗目標中能源行業(yè)戰(zhàn)略決策的一項重要依據。

20世紀80年代以來，侯祥麟同志主編和參加編輯了《中國煉油技術》、《中國頁巖油工業(yè)》、《中國煉油技術新進展》（英文版）、《英漢石油大辭典》、《中國大百科全書·化工卷》等多部大型專著。

1999年，侯祥麟在《石油煉制與化工》上發(fā)表論文《發(fā)展中的中國石化工業(yè)》，概述了中國石化工業(yè)發(fā)展的現狀、取得的技術進步及作用、存在的差距及市場競爭的挑戰(zhàn)。展望了2000年及2010年生產發(fā)展的目標，提出實現這一目標的4方面任務，以及在完成任務中技術進步應起的作用。

1998年5月，第一屆侯祥麟基金獎頒獎大會在石油化工科學研究院舉行，侯祥麟親自向獲獎者頒發(fā)了獲獎榮譽證書和每人20000元人民幣獎金。

截至2015年9月，侯祥麟基金共頒發(fā)7次，共獎勵227人，其中本科生118人、碩士65人、博士25人、博士后6人、青年科技人員13人。

1980年，被聘為國務院學位委員會委員。

1986年后，受聘為汕頭經濟特區(qū)顧問。

侯祥麟曾任中國石油學會理事長，中國化工學會副理事長，中國石油化工總公司首席顧問、技術經濟顧問委員會副主任，中國石油天然氣總公司技術委員會副主任、高級顧問，世界石油大會中國國家委員會主任，全國政協第五、六、七屆常委，國家科委發(fā)明評選委員會副主任，國家自然科學基金委員會委員，中國科學技術發(fā)展基金會副理事長等職務；是中共十二大代表。

侯祥麟1955年任中國科學院學部委員，按規(guī)定每月可領取百元交通補助費，他堅持不去領取，經再三催促，他才領來，但并不花用，攢在一起都交了黨費，一次就交了8000元。"文革"期間，他曾被扣發(fā)工資，落實政策后，他將補發(fā)6000元工資，全部交了黨費。

80年代初，侯祥麟家鄉(xiāng)政府為侯氏家庭落實政策，準備歸還其祖上在廣東揭陽留下的祖屋、花園等房產。老家的侄輩、侄孫輩來京，請求侯祥麟這位大家長簽字，以期收回后，分一部分歸他們使用。但侯祥麟卻說服他們，把這些房產全部捐給地方政府，不留尾巴。他說現在國家辦教育事業(yè)困難很大，家鄉(xiāng)學校的條件也較差，咱們把這些房產捐了用于辦學校，為教育事業(yè)出把力吧。

侯老是個“趕時髦”的人，他對走在時代前端的新鮮事物總是很敏感。1997、1998年，侯祥麟就開始學習電腦，那時電腦還不是很普及。后來網絡興起，侯老又學會了上網，發(fā)E-MAIL。電腦上的字太小看不清，他就拿放大鏡對著屏幕看。幾乎每天都要看國外的科技論文、期刊。

2004年，侯祥麟的夫人李秀珍已身患不治之癥，病情惡化。但6月28日上午，侯祥麟準時出席國務院辦公會議，向溫家寶總理等國務院領導作了《可持續(xù)發(fā)展油氣資源戰(zhàn)略研究》的匯報，當天下午，當他趕到醫(yī)院時，夫人已與世長辭。

1960年到1982年的22年間，侯祥麟這位石油科技界泰斗只發(fā)表了一篇論文。其實，侯祥麟也指導過很多人寫論文，但沒一篇署他的名。“他不讓署。”石科院燃料研究室原主任劉濟瀛感慨，“他把很多發(fā)表研究成果的機會讓給了年輕人，自己甘居幕后�！�

侯祥麟同志是世界著名的石油化工科學家，是我國石油化工技術的開拓者之一，我國煉油技術的奠基人。侯祥麟同志把自己畢生的精力和心血貢獻給了祖國的科技進步事業(yè)，把自己全部的聰明才智獻給了我國石油石化工業(yè)，是我國廣大干部群眾尤其是科技工作者學習的楷模。（2005年8月中共中國工程院黨組、中共中國科學院黨組、中共中國石油天然氣集團公司黨組、中共中國石油化工集團公司黨組評）

侯老最常講的兩個字是平凡，但是在平凡中有不平凡的事跡。（2005年9月，在侯祥麟同志先進事跡報告會上，時任中華人民共和國國務院總理溫家寶同志評）

一個世界著名的科學家，幾十年來，癡心報國，矢志創(chuàng)造，不懈奮斗，為我國科技事業(yè)特別是石油石化事業(yè)的發(fā)展，做出了杰出的貢獻，功勛卓著。侯祥麟豐滿厚重的人生經歷，不僅留下了一串閃光的科研碩果，也給我們留下了一筆寶貴的精神財富。（2005年9月人民日報評）

侯祥麟不僅在石油石化科技進步與發(fā)展方面組織和領導了大量獨創(chuàng)性、關鍵性的研究和工作，更在我國自然資源開發(fā)、利用等方面的政策形成上起了重要作用。（2005年9月光明日報評）

侯祥麟院士本身就是一部歷史，是老一輩中國科學家的典型代表。他們那種對黨和人民矢志不移的堅定信念、自主創(chuàng)新的奮斗精神、嚴謹務實的科學態(tài)度、高瞻遠矚的戰(zhàn)略胸懷、無私奉獻的崇高品格永遠是我們民族的寶貴財富�。�2005年9月中央人民廣播電臺評）

他在我的心目中不僅僅是一位化學、化工的高級專家，還是一位能從艱深的古英文讀通《資本論》、《反杜林論》，并義無反顧地走上革命道路的知識界先輩！是中國工程科技工作者永遠學習的榜樣！（2012年4月，第十屆全國政協副主席、中國工程院主席團名譽主席徐匡迪評）

老領導的信任讓我感動。侯老的一句話：“每天工作8小時，當不了科學家”，始終激勵我奮發(fā)圖強。（2012年4月，兩院院士閔恩澤評）

侯老是石油行業(yè)全體干部職工學習的榜樣，也是海洋石油人的楷模。（2012年4月，時任中國海洋石油總公司總經理楊華評）

他一生艱苦奮斗、襟懷坦蕩，從不追求奢華享樂，從不計較個人得失。他始終操守廉潔、克己奉公，多次捐出所得獎金和家產財物，支持國家教育事業(yè)和培養(yǎng)石油石化高技術人才。（2012年4月，時任中國石油天然氣集團公司總經理周吉平評）

2005年7月，中國工程院、中國科學院、中國石油天然氣集團公司和中國石油化工集團公司聯合下發(fā)了《關于向侯祥麟同志學習的決定》，中紀委、中組部、中宣部、中央先進性教育領導小組也聯合將侯祥麟同志作為“時代先鋒”推出。

2007年11月，人物傳記電影《戰(zhàn)略科學家——侯祥麟》在全國政協禮堂首映，該片講述了一位90多歲的老科技工作者、老共產黨員的青春和愛情。該影片是一部反映時代主旋律的佳作，被國家廣電總局列為2007年度重點影片，獲得第12屆中國電影華表獎優(yōu)秀紀錄片獎提名。

侯祥麟基金獎：1997年，侯祥麟用所獲得的何梁何利獎金和中國石化總公司、中國石油天然氣總公司以及石油化工科學研究院的捐贈成立了侯祥麟基金，該獎獎每年頒發(fā)一次。