郭佩珊出生于河北定縣，兩個姐妹在抗日戰(zhàn)爭時期犧牲。郭佩珊于1930年考入天津北洋大學(xué)，1933年被選為學(xué)生會常務(wù)干事，因領(lǐng)導(dǎo)學(xué)生救亡運動被校方開除。他于1936年考入武漢大學(xué)機械工程系，次年加入中國共產(chǎn)黨，擔(dān)任中共武漢大學(xué)支部組織委員。空軍是抗日救國的重要力量，黨組織動員有條件的黨員報考空軍學(xué)校，他于1938年考入成都機械學(xué)校高級班，畢業(yè)后分配到四川南川縣的空軍第二飛機制造廠任課員，于此加入了中國航空工程學(xué)會和中國機械學(xué)會。
1939年12月，郭佩珊受中共南方局派遣到昆明展開青年工作，任云南青年工作委員會組織委員，先后負(fù)責(zé)聯(lián)系云大支部、澄江的中山大學(xué)支部、路南的云大附中支部，并取得中山大學(xué)工學(xué)院助教、育僑中學(xué)高中部數(shù)理化主任的合法身份，他把公開活動與秘密斗爭巧妙地結(jié)合起來，利用國民黨派系斗爭，團結(jié)進步力量，孤立反動派，在推動學(xué)生運動蓬勃發(fā)展中發(fā)揮了重要作用。
在國民黨第二次反共高潮前夕，為堅持抗戰(zhàn)中共云南省工會決定派一些黨員打入國民黨政府的要害部門，以利開展針鋒相對的斗爭。郭佩珊以自身的有利條件設(shè)法于1940年12月到空軍第十飛機修理廠工作，歷任修造課課員、白鐵股股長，修造課課長等職務(wù)，直到1948年8月，該廠奉命遷往廣州他才托病離職。在十廠工作的八年中，經(jīng)歷了抗日戰(zhàn)爭和解放戰(zhàn)爭兩個革命時期，他利用高超的技術(shù)立下了不朽的功勛，至今人們還傳頌著他的傳奇故事。
1941年12月8日，美國對日宣戰(zhàn)后，美國空軍陳納德將軍率領(lǐng)的飛虎隊和第十四航空隊先后來華助戰(zhàn)，十廠成為美國空軍103修理基地。1942年4月18日，杜立特率領(lǐng)B52轟炸機轟炸東京、大阪等日本重要城市后返回昆明修整，部分飛機交由十廠修理。郭佩珊當(dāng)時任十廠白鐵股股長（機身機翼車間主任），他針對B52飛機的缺點提出合理化建議為美方采納，并將5架B52飛機交由他改裝。他大膽地作了兩處改良：一是原來的炸彈倉可掛一個一噸重的炸彈或兩個半噸重的炸彈，利于攻堅卻不能大量殺傷敵人。他設(shè)計了蜂窩式炸彈架，將50枚小炸彈掛在小圓筒，投擲靈活方便，可大大增強殺傷力；二是原來上下兩個槍塔裝有12.7毫米口徑機槍12挺，既笨重且不能轉(zhuǎn)動，他設(shè)計改裝活動機槍架，擴大了射出范圍，減輕了飛機重量及飛機阻力，提高飛機時速20哩。這5架改裝后的B52飛機，在打擊由緬甸入侵云南日軍的戰(zhàn)斗中大顯神威，深受美空軍官兵贊譽。這批美軍司令官在回國前，為此向蔣介石致謝，并慎重其事地索要設(shè)計圖紙。一個默默無聞的中國技術(shù)人員竟能改良技術(shù)先進的美國飛機，這在抗日戰(zhàn)爭中別無先例。于是，蔣介石下令嘉獎郭佩珊，發(fā)給獎金1000元，他破格晉升一階三級，升任十廠修造課課長（生產(chǎn)總工程師）。此后，他成為公認(rèn)的技術(shù)權(quán)威，指定為與美軍打交道的主要負(fù)責(zé)人，這就為他長期的地下斗爭創(chuàng)造了更為有利的條件。
日本投降后，云南境內(nèi)機場停飛的美國飛機250余架，美國中央情報局派員監(jiān)督將這些飛機以敲擊、碰撞方式破壞后，按廢料作價賣給國民政府空軍，交由十廠處理。這些飛機雖經(jīng)破壞，但內(nèi)部機械基本完好無損，至少有半數(shù)可以。鑒于蔣介石反共面目暴露無遺，郭佩珊不愿意將這些飛機變成屠殺人民的武器，于是利用修造課課長的職權(quán)，以對飛行安全責(zé)任為由，將這些破壞飛機全部報廢處理。美國中央情報監(jiān)督人員回國后，尚有最后一批包括運輸機、聯(lián)絡(luò)機等17架飛機有待破壞。空軍第五路司令部宴請最后一批回國的美國空軍，請求他們手下留情，終于把17架飛機完整無損地保存下來，并交由十廠檢修。在沒有理由將這批飛機全部報廢情況下，郭佩珊負(fù)責(zé)把一架運輸機改裝刷新成豪華專機，以十廠名義贈給空軍司令晏玉琮。其余16架飛機也以機械老舊、儀表移到專機為由，建議作報廢處理了。他還將所得獎金和節(jié)衣縮食省下來的薪金，選購了不少完好的報廢器材，裝備了輕重機槍、穿甲彈、爆炸彈、燃燒彈等一批槍支彈藥，并從廢料中修復(fù)了一輛吉普車作為交通工具，將槍支彈藥分三次冒險送往游擊區(qū)，支援革命武裝斗爭。在解放戰(zhàn)爭時期，郭佩珊利用技術(shù)權(quán)威身份，千方百計削弱敵人的空軍力量增強我方的軍事實力，發(fā)揮了一個黨員在地下斗爭中的特殊作用。
1946年3月，年僅34歲的郭佩珊應(yīng)熊慶來校長之聘兼任云南大學(xué)航空工程系副教授，取得了雙重合法身份，1948年秋脫離空軍后專職任教，直至1950年3月才辭去云大職務(wù)。郭佩珊將廣博的知識和豐富的經(jīng)驗運用于教學(xué)，深受學(xué)生們歡迎，他為人師表的言傳身教更為廣大師生所敬仰，在云大任教的幾年中年年提級。1949年春，他提交的專著《飛機構(gòu)造學(xué)》，經(jīng)專家學(xué)者審查評價甚高，雖無出國留學(xué)資歷卻被破格晉升為教授，躋身于諸多名教授之列。他在脫離空軍之前，給云大航空系配置了飛機發(fā)動機一臺和許多航空器材，其中一臺轟炸機瞄準(zhǔn)器當(dāng)時還屬于絕密技術(shù)，他還親身到南京活動，經(jīng)批準(zhǔn)給云大航空系調(diào)撥了兩架直升飛機。因此，云大航空系成為云大教學(xué)設(shè)備最為完善的一個系，為培養(yǎng)航空人才奠定了堅實的基礎(chǔ)。1949年7月，云大工學(xué)院組成實習(xí)工廠委員會，他被選為委員兼任實習(xí)工廠主任，具體負(fù)責(zé)業(yè)務(wù)工作，為培養(yǎng)工科人才發(fā)揮了積極作用。在云大任教期間，他從不暴露黨員身份，但并不隱瞞自己的觀點，常和師生們交流對時局的看法，在群眾中威信頗高。他被推選為云大教授會代表，教授會與講師助教會、職員聯(lián)合會、學(xué)生會、工警聯(lián)合會組成云南大學(xué)“五聯(lián)會”一致推選他擔(dān)任“五聯(lián)會”主席，領(lǐng)導(dǎo)云大“反饑餓、反迫害”運動，并與其他院校聯(lián)合行動，把昆明的“雙反運動”推向高潮，有力地沖擊著國民黨搖搖欲墜的反動統(tǒng)治。1948年底，郭佩珊任中共云南省工委領(lǐng)導(dǎo)的統(tǒng)戰(zhàn)小組組長，負(fù)責(zé)聯(lián)系新聞界，通過《平民日報》總編嚴(yán)達(dá)夫、《正義報》主編何錫科，避過國民黨嚴(yán)密的新聞檢查，在地方報紙上透露人民解放軍勝利消息，傳遞黨的政策和聲音，批評國民黨的倒行逆施，支持人民爭取民主的反饑餓、反迫害運動，開展了有理、有利、有節(jié)的正義斗爭。1949年9月，國民黨特務(wù)誘捕了嚴(yán)達(dá)夫、何錫科，他也被列入黑名單上第一人，險些落入特務(wù)的魔爪，按照黨組織指示從昆明轉(zhuǎn)移到滇東北游擊區(qū)，任滇東北地委統(tǒng)戰(zhàn)部部長，參加武裝斗爭。1949年2月9日盧漢宣布起義后，他才于當(dāng)月13日返回云大。中共云南省委決定成立中共昆明市委員會，由他擔(dān)任宣傳部部長，運用輿論媒體宣傳黨的方針政策，提高群眾的政治思想覺悟。盧漢委派張有谷于12月12日在巫家壩機場宣布云南空軍起義，組成機場司令部，登記境內(nèi)空軍人員2023人（其中空勤人員僅數(shù)十人）郭佩珊被任命為副司令，協(xié)助司令張有谷主要抓昆明空軍工作。他取得黨組織支持，由云大助教徐文宣、楊朝梁、師院學(xué)生劉程業(yè)、太華麗、畢雅琴及一些中學(xué)生組成17人的學(xué)聯(lián)工作組，做空軍起義人員的思想工作。當(dāng)國民黨特務(wù)控制的第八軍和第二十六軍占領(lǐng)一些機場、反撲至昆明近郊時，機場司令部團結(jié)起義空軍，擔(dān)負(fù)起義軍調(diào)兵遣將的空運任務(wù)，又以運輸機代替轟炸機出動20架次，轟炸機場跑道，粉碎了國民黨空中支援的計劃，為保衛(wèi)昆明、保護空軍倉庫器材物資竭盡了全力。
昆明解放后，郭佩珊辭去云大職務(wù)，被任命為昆明機場司令部軍事代表，結(jié)束了多年地下革命生活。其后歷任云南軍區(qū)航空站站長、西南軍區(qū)空軍工程部部長兼成都411廠廠長、軍委空軍修理局副局長、科學(xué)出版社副社長和編輯、中國科學(xué)院物理研究所副所長和黨委書記，北京航空聯(lián)誼會顧問等職務(wù)。1985年10月9日郭佩珊在北京逝世，享年73歲。
