至咸豐三年（公元1853年），一家搬遷至江蘇泰州居住，開始自制膏藥為人治病。由于吳氏之外治法具有較好的療效，故而受到當(dāng)?shù)貜V大患者的歡迎。吳氏不僅醫(yī)術(shù)高超，而且醫(yī)德高尚。他強(qiáng)調(diào)，醫(yī)者應(yīng)盡其心。對(duì)于各類患者，不論是貧苦之人，還是富貴之家，應(yīng)當(dāng)一視同仁。對(duì)于自制之膏藥，雖無人所見，亦應(yīng)當(dāng)如實(shí)配伍，不可自失其真而摻有假品，更不可乘人之危，挾貨居奇，貽誤病機(jī)。對(duì)于貧苦之人，更應(yīng)當(dāng)十分同情，盡力周濟(jì)， 如此等等。著有《 理瀹駢文》。

吳師機(jī)在前人經(jīng)驗(yàn)的啟示下，通過大量的臨床實(shí)踐驗(yàn)證，積累了豐富的個(gè)人經(jīng)驗(yàn)，充分肯定了外治法的可靠療效。他不僅運(yùn)用膏藥以外治，還運(yùn)用敷、熨、熏、浸洗、擦、坐、嚏、縛、刮痧、火罐、推拿、按摩等—二十種方法，可以說是對(duì)中醫(yī)外治的一次總結(jié)。吳師機(jī)通過外治法的應(yīng)用，提出“外治之理，即內(nèi)治之理。外治之藥，亦內(nèi)治之藥，所異者法耳�！币饧粗嗅t(yī)治病，要掌握病因、病機(jī)，強(qiáng)調(diào)辨證，要根據(jù)臟腑的陰陽寒熱虛實(shí)表里加以分析，然后才給予恰當(dāng)?shù)闹委�。�?nèi)治法是如此，外治法同樣如此。并非僅僅是頭痛醫(yī)頭，腳痛醫(yī)腳，將外治法僅僅看作是局部用藥，應(yīng)當(dāng)將其與內(nèi)治法同等看待，外治法同樣在用藥遣方上要有中醫(yī)理論和藥性理論作指導(dǎo)。應(yīng)當(dāng)把外治法與內(nèi)治法僅僅看作是給藥方法與途徑不同而已。他十分強(qiáng)調(diào)經(jīng)絡(luò)的作用，認(rèn)為外治法是通過在人體體表的經(jīng)絡(luò)而透達(dá)到人體體內(nèi)的。

吳氏認(rèn)為，外治之膏藥，其運(yùn)用于臨床，完全應(yīng)當(dāng)依據(jù)內(nèi)治的理論而應(yīng)用。膏與藥有區(qū)別，膏是一種劑型，藥則可摻膏內(nèi)，也可外治配合貼膏之用。膏的應(yīng)用亦應(yīng)以內(nèi)治之理為基礎(chǔ)，當(dāng)分三焦、臟腑與八綱。這樣，吳師機(jī)將膏藥的應(yīng)用奠立在中醫(yī)理論基礎(chǔ)之上，是對(duì)中醫(yī)學(xué)的一個(gè)重要貢獻(xiàn)。至于外治法的膏方，即配制膏的藥方，吳氏亦強(qiáng)調(diào)其取法于內(nèi)治法的湯丸劑型之方，其藥物組成亦以君臣佐使等方劑配伍理論為指導(dǎo)，以辨證論治為宗旨�？梢哉f效用是一致的，只不過劑型不同而巳。他提出，凡湯丸之有效者，皆可熬膏。因此，香蘇飲、神術(shù)散、黃連解毒湯、木香導(dǎo)滯丸、竹瀝化痰丸等，以及理中丸、平胃散、六君子湯、六味地黃丸、養(yǎng)心湯、歸脾湯、補(bǔ)中益氣湯等內(nèi)服湯丸，均可作為膏方使用。

吳氏認(rèn)為，病在人體之中，無非在上、在中、在下。而外治法應(yīng)用于人體，亦不過治上、治中、治下。因此，吳氏依據(jù)三焦的三部分，給予不同的外治方法，以治療各種疾病，形成了三焦分治的用藥法則。對(duì)于“上焦之病”，“以藥研細(xì)末，搐鼻取嚏發(fā)散為第一捷法”。他認(rèn)為取嚏之法具有同汗吐一樣的功效。除此之外，上焦外治之法還包括涂頂、覆額、涂眉心、點(diǎn)眼藥、塞耳法、擦頸項(xiàng)與肩法、扎指法、握掌法、敷手腕、涂臂法等。對(duì)于“中焦之病”，“以藥切粗末炒香，布包縛臍上為第一捷法”。病在中焦，脾與胃也。用藥敷臍上，藥物通過臍中作用體內(nèi)以達(dá)到調(diào)中的目的。對(duì)于“下焦之病”，“以藥或研或炒，或隨癥而制，布包坐于身下為第一捷法。”病在下焦，肝腎之部，包括膀胱、胞宮、大小腸諸臟腑，坐法通過藥物的作用，可就近到達(dá)下焦諸臟腑，從而達(dá)到治療目的。

吳氏強(qiáng)調(diào)膏藥的使用，應(yīng)根據(jù)病變的不同，而選用不同的膏藥。即一要辨陰陽，二要辨四時(shí)五行，三要審求病機(jī)，四要度病情，五要辨別病形。吳氏運(yùn)用膏藥，強(qiáng)調(diào)此五法，其中心含義為運(yùn)用外治法時(shí)，既要分別陰陽，又要注重病因、病機(jī)的分析，審癥求因，才能藥證合拍，取得療效。對(duì)于膏藥的用法，吳氏強(qiáng)調(diào)其貼法不專主一穴，應(yīng)根據(jù)病情不同而各異。如治太陽經(jīng)外感，初起宜貼太陽、風(fēng)池、風(fēng)門、膻中穴，更用藥敷天庭，熏頭面腿彎，擦前胸后背及兩手心足心，分殺其勢(shì)。其他諸經(jīng)，均可依此原則以推廣施用。若病在臟腑，則根據(jù)病情之所在，上貼心口，中貼臍眼，下貼丹田，或兼貼心俞與心口對(duì)應(yīng)，命門與臍眼對(duì)應(yīng)，足心與丹田對(duì)應(yīng)。如屬重癥，酌情摻用藥末，以提高療效。如屬外科病，用一膏藥貼患處外，還應(yīng)用一膏藥貼心口以護(hù)其心，或用開胃膏以進(jìn)飲食，以助藥力。這樣可以代替內(nèi)托之法，不必另外服藥。

一般而言，膏藥之作用，熱者易效，涼者次之，蓋熱性急而涼性緩的緣故。攻者易效，補(bǔ)者次之，蓋攻藥之力峻而補(bǔ)藥之力緩。但臨癥涼藥與補(bǔ)藥并非不用，大熱之癥，則非涼藥無以取勝。極虛之本，非補(bǔ)藥則不能使氣盛神安。除此之外，臨癥用膏藥也可用從治之法。比如，熱癥而用熱藥者，是藥力可因熱得行的緣故，而熱藥又可引邪外出，故用之可以取效。虛證而可用攻藥者，是有病當(dāng)先去其病，不可以養(yǎng)癰為患，同時(shí)亦俱有同氣相感的效用，故虛人之體也能勝任。另有寒熱并用、消補(bǔ)兼施諸法，于膏藥中亦可以運(yùn)用。溫性膏藥可與涼性膏藥并用，補(bǔ)性之膏亦可與攻邪之膏同用等。

吳師機(jī)認(rèn)為，“外治之理，即內(nèi)治之理，外治之藥，亦即內(nèi)治之藥，所異者，法耳”。外治法與內(nèi)治法只是給藥的途徑和給藥的方法不同而已，治病的原理并無二致，內(nèi)服藥經(jīng)口腔進(jìn)入體內(nèi)，通過臟腑經(jīng)絡(luò)布于周身，外治法“雖在外，無殊治在內(nèi)也”。二者治病實(shí)有“殊途同歸”之妙。外治法必須遵循的原則是，明陰陽，察四時(shí)，分五行，求病機(jī)，度病情，辨病形。而人體臟腑深藏于內(nèi)雖不可見，但可通過經(jīng)絡(luò)與體表相連，由于臟腑俞穴皆分布與背部，故外治背部俞穴即能達(dá)到條理內(nèi)臟的效果。