曾任太醫(yī)院正文，認為《黃帝內經》應分為《素問》9卷，《靈樞經》9卷，同時他認為《靈樞經》前無注釋，文字玄奧，閱讀起來較困難，所以他在太醫(yī)院職期間，對《素問》和《靈樞經》重新分卷并加以注釋。由于他擅長針灸，因而對《靈樞經》的注釋遠較《素問》注釋較高，成為歷史上第一部《靈樞》的全注本。

       汪昂在其《內經約注》里曾評價說：“《靈樞》從前無注，其文字古奧，名數繁多，觀者皺眉，作為醫(yī)者又棄之不讀，至明始有馬玄臺之注，其疏經絡穴道，頗為鮮明。”

　   著有《黃帝內經素問注證發(fā)微》、《黃帝內經靈樞注證發(fā)微》二書。前書刊于神宗萬歷十四年（１５８６），收《素問》８１篇，合為９卷，于原文詞義、醫(yī)理逐篇逐段加以注解，在闡發(fā)經文精微、補苴唐人王冰注釋罅漏諸方面，貢獻頗大，是繼王冰以后第二注家，為《素問》主要注本之一。后者９卷，補遺１卷，為《靈樞》第一個注本，頗有獨到見解。清雍正《浙江通志》稱之為“醫(yī)學津梁”�！� 

       黃帝內經靈樞注證發(fā)微是《靈樞》的注本，《靈樞》與《素問》二者共成一部《黃帝內經》。《靈樞》最早的注本，宋元之前不可考，直到明代末年，才出現了真正意義上的第一個注本，即馬蒔的《黃帝內經靈樞注證發(fā)微》，從而開《靈樞》注本之先河。

《黃帝內經素問注證發(fā)微》講述了《黃帝內經》原文是深奧的，成書于秦漢時期的《黃帝內經》，是中國傳統(tǒng)醫(yī)學的淵源，幾千年來它在防病治病、保健養(yǎng)生方面，為中華民族的繁衍昌盛，做出了卓越的貢獻。換言之，揭示《黃帝內經》深奧的內部機理，將其中言而未發(fā)，發(fā)而未盡之義和盤托出，古人比今人講的更多，說的更難，今人之著作于此則多有所失，古代諸家之注釋，正可以彌補這一不足，從而指導我們對其進行認真的、細致的、深入的、系統(tǒng)的、全面的研究。

        馬蒔注釋《內經》，不是因循守舊，沿襲前說，而是從臨床實際出發(fā)，結合原文本意進行闡釋。馬蒔善于針灸經脈，富于針灸理論和臨床經驗，因而他在針灸經絡方面的注釋水平較高。馬蒔能充分利用他素嫻針灸經脈理論和實踐之長，對四時取穴的機理能予以較為深刻的注釋。總之，馬蒔以針灸見長，所以對經脈、腧穴和針灸方面的內容之注明顯的深刻，因而從總體來看，《靈樞經》之注優(yōu)于《素問》之注。大膽質疑辨惑。