他一生注書甚多，注有《孝經(jīng)》、《論語》、《詩》、《周易》、《三禮》、《尚書》、《列女傳》、《老子》、《淮南子》、《離騷》等書，皆已散佚，清人編的《玉函山房叢書》、《漢學(xué)堂叢書》都有輯錄。另有賦頌等作品，有集已佚，明人輯有《馬季長集》。

　　馬融俊才善文，曾從京兆（今屬西安市）處士摯恂問學(xué)。漢安帝時(shí)，任校書郎，詣東觀（朝廷藏書處）典校秘書。因得罪當(dāng)權(quán)的外戚鄧氏，滯于東觀，十年不得升官。直到鄧太后死后，才召拜郎中。漢桓帝時(shí)，外任南郡太守，因忤大將軍梁冀，遭誣陷，免官，髡徙朔方。后得赦，復(fù)拜議郎，重在東觀著述，以病辭官，居家教授。他達(dá)生任性，不太注重儒者節(jié)操，常坐高堂，施絳紗帳，前授生徒，后列女樂，開魏、晉清談家破棄禮教的風(fēng)氣。其學(xué)生多達(dá)四百余人，升堂入室者有五十余人，其中鄭玄、盧植是佼佼者。 馬融博通今古文經(jīng)籍，世稱“通儒”。

　　長期在東觀校書著述，為他能綜合各家之學(xué)，遍注古文經(jīng)典，提供了十分有利的條件。他善于吸取前人的學(xué)術(shù)研究成果，他曾想訓(xùn)解《左氏春秋》，及見賈逵、鄭眾的著作，就說：“賈君精而不博，鄭君博而不精。既精即博，吾何加焉！”（《后漢書·馬融列傳》）他綜合了賈、鄭二家的優(yōu)點(diǎn)，撰成《春秋三傳異同說》，是《春秋》學(xué)集大成的一部專著。馬融還與北地太守劉環(huán)討論過《春秋》學(xué)的一些分歧問題。

　　據(jù)考證，馬融注《易》，源于《費(fèi)氏易》，又雜采子夏之說以及孟氏、梁丘氏、京房氏諸家《易》學(xué)。注《尚書》，取鄭氏父子和賈逵之說。注《詩》，除《毛氏詩》外，兼采《韓詩》。此外，馬融注《三禮》、《孝經(jīng)》、《論語》；甚至注《老子》、《淮南子》、《離騷》、《列女傳》（劉向撰）等。他還著賦、頌、碑、誄、書、記、表、奏、七言、琴歌、對(duì)策、遺令，凡二十一篇。 馬融之學(xué)，屬于古文經(jīng)學(xué)中的一種典型。在儒家經(jīng)學(xué)的發(fā)展史上，馬融開始了綜合各家、遍注群經(jīng)這種帶有開創(chuàng)性的工作，他的經(jīng)注成就，使古文經(jīng)學(xué)開始達(dá)到成熟的境地，預(yù)示著漢代經(jīng)學(xué)發(fā)展將步入新的時(shí)期。馬融的經(jīng)學(xué)著作多已佚。清人馬國翰《玉函山房輯佚書》黃 《漢學(xué)堂叢書》有部分輯錄。

　　后漢書 卷六十上

　　馬融字季長，扶風(fēng)茂陵人也，將作大匠嚴(yán)之子。為人美辭貌，有俊才。初，京兆摯恂以儒術(shù)教授，隱于南山，不應(yīng)征聘，名重關(guān)西，融從其游學(xué)，博通經(jīng)籍。恂奇融才，以女妻之。

永初二年，大將軍鄧騭聞融名，召為舍人，非其好也，遂不應(yīng)命，客于涼州武都，漢陽界中。會(huì)羌虜飆起，邊方擾亂，米谷踴貴，自關(guān)以西，道殣相望。融既饑因，乃悔而嘆息，謂其友人曰：「古人有言：’左手據(jù)天下之圖，右手刎其喉，愚夫不為。’所以然者，生貴于天下也。今以曲俗咫尺之羞，滅無貲之軀，殆非老、莊所謂也�！构释鶓�(yīng)騭召。

四年，拜為校書郎中，詣東觀典校秘書。是時(shí)鄧太后監(jiān)朝，騭兄弟輔政。而俗儒世士，以為文德可興，武功宜廢，遂寢蒐狩之禮，息戰(zhàn)陳之法，故猾賊從橫，乘此無備。融乃感激，以為文武之道，圣賢不墜，五才之用，無或可廢。元初二年，上《廣成頌》以諷諫。其辭曰：

　　臣聞孔子曰：「奢則不遜，儉則固�！股輧�之中，以禮為界。是以《蟋蟀》、《山樞》之人，并刺國君，諷以太康馳驅(qū)之節(jié)。夫樂而不荒，憂而不困，先王所以平和府藏，頤養(yǎng)精神，致之無疆。故戛擊鳴球，載于《虞謨》；吉日車攻，序于《周詩》。圣主賢君，以增盛美，豈徒為奢淫而已哉！伏見元年已來，遭值厄運(yùn)，陛下戒懼災(zāi)異，躬自菲薄，荒棄禁苑，廢B12D樂懸，勤憂潛思，十有余年，以過禮數(shù)。重以皇太后體唐堯親九族篤睦之德，陛下履有虞烝烝之孝，外舍諸家，每有憂疾，圣恩普勞，遣使交錯(cuò)，稀有曠絕。時(shí)時(shí)寧息，又無以自娛樂，殆非所以逢迎太和，裨助萬福也。臣愚以為雖尚頗有蝗蟲，今年五月以來，雨露時(shí)澍，祥應(yīng)將至。方涉冬節(jié)，農(nóng)事間隙，宜幸廣成，覽原隰，觀宿麥，勸收藏，因講武校獵，使寮庶百姓，復(fù)睹羽旄之美，聞鐘鼓之音，歡嬉喜樂，鼓舞疆畔，以迎和氣，招致休慶。小臣螻蟻，不勝區(qū)區(qū)。職在書籍，謹(jǐn)依舊文，重述蒐狩之義，作頌一篇，并封上。淺陋鄙薄，不足觀省。

……

　　頌奏，忤鄧氏，滯于東觀，十年不得調(diào)。因兄子喪自劾歸。太后聞之怒，謂融羞薄詔除，欲仕州郡，遂令禁錮之。

太后崩，安帝親政，召還郎署，復(fù)在講部。出為河間王廄長史。時(shí)車駕東巡岱宗，融上《東巡頌》帝奇其文，召拜郎中。及北鄉(xiāng)侯即位，融移病去，為郡功曹。

　　陽嘉二年，詔舉敦樸，城門校尉岑起舉融，征詣公車，對(duì)策，拜議郎。大將軍梁商表為從事中郎，轉(zhuǎn)武都太守。時(shí)西羌反叛，征西將軍馬賢與護(hù)羌校尉胡疇征之，而稽久不進(jìn)。融知其將敗，上疏乞自效，曰：

　　今雜種諸羌轉(zhuǎn)相抄盜，宜及其未并，亟遣深入，破其支黨，而馬賢等處處留滯。羌胡百里望塵，千里聽聲，今逃匿避回，漏出其后，則必侵寇三輔，為民大害。臣愿請賢所不可用關(guān)東兵五千，裁假部隊(duì)之號(hào)，盡力率厲，埋根行首，以先吏士，三旬之中，必克破之。臣少習(xí)學(xué)藝，不更武職，猥陳此言，必受誣罔之辜。昔毛遂廝養(yǎng)，為眾所蚩，終以一言，克定從要。臣懼賢等專守一城，言攻于西而羌出于東，且其將士必有高克潰叛之變。

　　朝廷不能用。又陳：「星孛參、畢，參西方之宿，畢為邊兵，至于分野，并州是也。西戎北狄，殆將起乎！宜備二方�！箤ざ�隴西羌反，烏桓寇上郡，皆卒如融言。

　　三遷，桓帝時(shí)為南郡太守。先是融有事忤大將軍梁冀旨，冀諷有司奏融在郡貪濁，免官，髡徙朔方。自刺不殊，得赦還，復(fù)拜議郎，重在東觀著述，以病去官。

　　融才高博洽，為世通儒，教養(yǎng)諸生，常有千數(shù)。涿郡盧植，北海鄭玄，皆其徒也。善鼓琴，好吹笛，達(dá)生任性，不拘儒者之節(jié)。居字器服，多存侈飾。嘗坐高堂，施絳紗帳，前授生徒，后列女樂，弟子以次相傳，鮮有入其室者。嘗欲訓(xùn)《左氏春秋》，及見賈逵、鄭眾注，乃曰：「賈君精而不博，鄭君博而不精。既精既博，吾何加焉！」但著《三傳異同說》。注《孝經(jīng)》、《論語》、《詩》、《易》、《三禮》、《尚書》、《列女傳》、《老子》、《淮南子》、《離騷》，所著賦、頌、碑、誄、書、記、表、奏、七言、琴歌、對(duì)策、遺令，凡二十一篇。

　　初，融懲于鄧氏，不敢復(fù)違忤勢家，遂為梁冀草奏李固，又作大將軍《西第頌》，以此頗為正直所羞。年八十八，延熹九年卒于家。遺令薄葬。族孫日磾，獻(xiàn)帝時(shí)位至太傅。

　　論曰：馬融辭命鄧氏，逡巡隴、漢之間，將有意于居貞乎？既而羞曲士之節(jié)，惜不貲之軀，終以奢樂恣性，黨附成譏，固知識(shí)能匡欲者鮮矣。夫事苦，則矜全之情�。簧�厚，故安存之慮深。登高不懼者，胥靡之人也；坐不垂堂者，千金之子也。原其大略，歸于所安而已矣。物我異觀，亦更相笑也。

　　東漢時(shí)，扶風(fēng)有個(gè)馬融，跟著當(dāng)時(shí)很有聲望的摯恂學(xué)習(xí)。摯恂有個(gè)女兒，名叫碧玉。她看見馬融自恃少年聰明，不肯刻苦學(xué)習(xí)，心想挫挫他那股傲勁，便提出要和馬融比比學(xué)問。馬融那里把碧玉放在眼里，兩人便一起來到摯恂面前，要求出題比試。

　　摯恂明白女兒的心思，在地上寫了句“一牛生兩尾”的字謎叫馬融和碧玉猜。馬融搔頭撓耳好半天，想不出謎底。碧玉卻不假思索地在地上寫了個(gè)“失”字。馬融心里不服氣，要求再出一謎。摯恂又在地上寫了“牛嫌天熱不出頭”。馬融苦思冥想后搶著說：“是u2018伏u2019字”摯恂搖搖頭。接著碧玉不慌不忙在地上寫了個(gè)“午”字，摯恂贊許。馬融心里很不是滋味，強(qiáng)辯說：“學(xué)生平月推理周易，未習(xí)字謎，還是再考一次吧�！睋粹�笑了笑，又出了個(gè)題：昔時(shí)有一個(gè)婦女，兵荒馬亂與丈夫孩子失散，寄宿在庵堂里。一天晚上，做了一個(gè)夢，夢見庵內(nèi)尼姑，命她推磨磨麥子。婦女累得渾身無力，越想越傷心，就撲河尋死了。滿塘荷花也覺傷情，花瓣全部落下。這個(gè)夢該怎樣解釋?

　　馬融如墜五里霧中，好半天才硬著頭皮說：“恐怕是婦女思念丈夫、孩子心切，精神有了毛病了吧�！睋粹�很生氣，嚴(yán)厲地瞪了馬融一眼，轉(zhuǎn)身叫女兒回答。碧玉想了想， “磨麥，可見夫面，蓮花落瓣，則可見子，婦女此夢，當(dāng)和丈夫，孩子重逢�！�

　　三個(gè)題目，馬融都沒有回答對(duì)，一氣之下，獨(dú)自一人來到仙游寺旁，劈石筑室，發(fā)奮讀書。幾易寒暑，研究了譜子百家經(jīng)典，對(duì)許多名篇倒背如流。從此，才思更加敏捷，寫起文章妙筆生花，成了名噪一時(shí)的通儒，他在絳帳設(shè)立學(xué)館，跟他學(xué)習(xí)的達(dá)千余人。著名經(jīng)學(xué)大師鄭玄，就是他的學(xué)生。摯恂見馬融才華出眾，便把碧玉嫁給了他。

　　從此，不少少游客紛紛來這個(gè)石室參觀，蘇東坡還寫了首《馬融石室詩》： 未應(yīng)將軍聘，初從季直游。 絳紗生不識(shí)，蒼石尚能留。 豈害依梁冀，何須困李侯。 吾詩慎勿刻，猿鶴為君羞。