馮氏7歲時即喪父，家道貧寒，生性好學(xué)，加之體弱多病，于是遵循母命，13歲開始學(xué)醫(yī)，從師訪道十余年，曾六上京師，研究醫(yī)學(xué)，精于醫(yī)術(shù)，后游醫(yī)于天下，行醫(yī)于兩浙，尤精兒科。馮氏醫(yī)術(shù)精湛，全活頗多。長又寄燕京二十余年，名聲鵲起，譽滿燕地，不僅平民百姓，且“名譽極甚公卿間”，可謂“行萬里路，讀萬卷書”。其子干元，繼其業(yè)。

馮氏經(jīng)三十余載之探索，于康熙四十一年（公元1702年），著《馮氏錦囊秘錄》50卷，充分反映其學(xué)術(shù)思想和臨證經(jīng)驗，書中涉及內(nèi)、外、婦、兒各科，于脈診、藥性等方面，亦多有論述，實為《內(nèi)經(jīng)纂要》《雜證大小合參》《脈證纂要》《女科精要》《外科精要》《治療方論》《痘疹全集》《雜癥痘疹藥性主治合參》8種醫(yī)書之合稱。 此書后來曾傳入越南，為越南醫(yī)家所珍視。其中《雜證痘疹藥性主治合參 》共收五百五十余種藥物 , 從藥物學(xué)角度分別對其行了詳盡的論述 , 尤其對藥物在雜證和痘疹中的應(yīng)用進行了合參。該書為古今所未有，議論頗為獨特，除對前人的成就進行總結(jié)外，馮氏在按語中 結(jié)合臨證經(jīng)驗介紹對某些藥物的運用體會，這方面尤其值得重視。

馮氏之學(xué)，崇尚溫補，尤其贊賞趙氏《醫(yī)貫》的“命門”說，對張景岳的善補陰陽，注重“大寶”等論，亦有同感。他總結(jié)治病診察之要領(lǐng)，歸納為：三法、四因、五治、六淫、八要。并非常強調(diào)醫(yī)德，指出“醫(yī)家應(yīng)有濟人之心，必需具有救人之術(shù)”。

他提出的辨證施治、標本兼顧，論述的診脈之法、正常脈象、各種病脈的體象及診斷意義，在總結(jié)前人之說的同時，亦有自己獨到的見解。

《馮氏錦囊秘錄》全書內(nèi)含：《內(nèi)經(jīng)纂要》一卷，《雜證大小合參》十四卷，《脈訣纂要》一卷，《女科精要》一卷，《藥按》一卷，《痘疹全集》十五卷，《雜癥、痘疹藥性主治合參》十二卷。