1928年秋他考入上海圣約翰大學(xué)附屬高中念書，幻想著用科學(xué)救國。他原來很喜歡物理，后來聽化學(xué)老師講原子能有極大威力，幻想掌握這能力可打敗帝國主義。因誤以為原子能是屬于化學(xué)范疇，所以高中畢業(yè)后考大學(xué)的化學(xué)系。

　　1931年秋到北平燕京大學(xué)化學(xué)系就讀。剛到北平不久就發(fā)生"九·一八"事變，他跟著同學(xué)們到南京請?jiān)福�要求政府出兵抗日。蔣介石出來見學(xué)生，答應(yīng)"即日率師北上抗日"，但沒有實(shí)現(xiàn)諾言，這使侯祥麟心中埋下了蔣介石不可信的看法。在燕京念書期間，在一些中外刊物和同學(xué)的影響下，對中國紅軍和革命道理有了一些理解。

　　1935年秋侯祥麟考入上海中央研究院化學(xué)研究所當(dāng)研究生，參加從明礬石提取氧化鋁和硫酸鉀的研究工作。取得結(jié)果后原準(zhǔn)，備進(jìn)行半工業(yè)化試驗(yàn)，因日寇入侵上海未果。在上海期間，他參加了龔普生組織的讀書會，還讀了英文版的《資本論》等經(jīng)典著作。

　　上海淪陷后，他想?yún)⒓涌箲?zhàn)工作，沒有回汕頭，而是和幾個(gè)同事于1937年底乘船經(jīng)香港去長沙，參加文化界抗日后援會的一些抗戰(zhàn)宣傳活動。1938年4月他加入中國共產(chǎn)黨后，到國民黨的一個(gè)特種部隊(duì)當(dāng)教官，1939年隨部隊(duì)入四川。1940年底他離開部隊(duì)到重慶，在西南運(yùn)輸處的煉油廠工作。當(dāng)時(shí)國內(nèi)沒有石油資源，汽油柴油等液體燃料靠國外從滇緬公路運(yùn)進(jìn)來，市面奇缺，他決心要參加解決中國的液體燃料的工作。1941年秋到云南搞煤煉油工作，1943年底又回重慶，在兵工署的煉油廠工作。

　　侯祥麟通過自費(fèi)留學(xué)考試，于1945年到美國，在匹茲堡的卡乃基理工學(xué)院(現(xiàn)卡乃基梅隆大學(xué))化工系念書，在其煤炭研究室做研究。1948年11月完成博士論文答辯后，和麻省理工學(xué)院化工系聯(lián)系，到其燃料研究室當(dāng)副研究員，做渦流床煤的氣化研究。為了教育、動員自然科學(xué)方面的留美同學(xué)回國參加新中國建設(shè)，他參加、組織留美學(xué)生活動。在他和有關(guān)同志推動下，1949年6月在匹茲堡成立了留美中國科學(xué)工作者協(xié)會(簡稱留美科協(xié))，選出侯祥麟、杜慶華、陳能寬等5人為干事，呂保維、嚴(yán)嗚臬、黃葆同等3人為候補(bǔ)干事，侯祥麟任常務(wù)干事，主持日常工作。他們成立地區(qū)性區(qū)會，出版《留美科協(xié)》，報(bào)道總會、區(qū)會情況及國內(nèi)消息、來信、文件資料等。理監(jiān)事會由全體會員通訊選舉，選出華羅庚、侯樣麟、洪朝生、張文裕、丁儆、宗國瓊等9人為理事，候補(bǔ)理事3人，徐光熾、顏嗚桌等3人為監(jiān)事，唐敖慶、潘紹舟等3人為候補(bǔ)干事。11月下旬召開理監(jiān)事聯(lián)席會，決定擴(kuò)大會員人數(shù)。1950年5月1日已有區(qū)會32個(gè)，在美國會員715人。1950年留美科協(xié)號召會員回國，雖然美國施加阻撓，仍有近一半會員回國，9月宣布停止活動。 1949年底侯祥麟準(zhǔn)備回國，由于美國的多方阻撓，到1950年5月才乘上一艘挪威貨船離開洛杉肌，6月26日朝鮮戰(zhàn)爭爆發(fā)時(shí)到青島，轉(zhuǎn)赴北京。

　　他在卡乃基理工學(xué)院寫的兩篇論文，由其導(dǎo)師整理后分別發(fā)表于《美國化工學(xué)會會志》和英國《燃料》雜志。回國不久，侯祥麟回汕頭和他大哥為在1949年去世的父親出殯，住了幾天就回北京。1956年秋，他應(yīng)清華大學(xué)化工系主任曹本烹(1983年去世)之邀，到清華大學(xué)任化工系教授、燃料研究室研究員。燃料研究室是燃料工業(yè)部和清華大學(xué)合辦的研究液體燃料的機(jī)構(gòu)。燃料工業(yè)部和中國科學(xué)院商定，將中科院在大連的工業(yè)化學(xué)研究所改為石油研究所，燃料研究室的專職研究人員全部調(diào)往大連。同年12月侯祥麟到大連，任石油研究所研究員，代理高級汽油研究室主任。

　　在清華期間，侯祥麟?yún)⒓恿酥袊�民主同盟，任清華區(qū)分部主任委員，后任北京市民盟副秘書長，市人大代表。在教授中發(fā)展了一些盟員。在高級汽油研究室工作期間，組織領(lǐng)導(dǎo)開展一些煉油新技術(shù)的研究，后被開發(fā)應(yīng)用于生產(chǎn)。1954年春，侯祥麟被調(diào)到燃料工業(yè)部石油管理局煉油處，任主任工程師，管煉油的技術(shù)工作。1955年任中國科學(xué)院技術(shù)科學(xué)部委員，1979年改任化學(xué)部委員。

　　1956年國務(wù)院決定制訂1956－1967年科學(xué)發(fā)展遠(yuǎn)景規(guī)劃。集中學(xué)部委員和其他科技專家等幾百人，從2月至，6月集中搞規(guī)劃，還請了若干前蘇聯(lián)專家進(jìn)行指導(dǎo)。侯祥麟和石油研究所所長張大烴、北京大學(xué)教授傅鷹共同負(fù)責(zé)第18項(xiàng)任務(wù)：《擴(kuò)大燃料和潤滑劑來源》的起草工作。侯祥麟任石油煉制專業(yè)組和可燃礦物組合利用專業(yè)組的副組長。

　　1956年侯祥麟任石油工業(yè)部技術(shù)司副司長，除歸口管理科技工作外，主要抓發(fā)展人造石油的規(guī)劃和籌建科研機(jī)構(gòu)。1958年石油部調(diào)整機(jī)構(gòu)，成立石油科學(xué)研究院，侯祥麟任副院長，負(fù)責(zé)煉油一路。他于1958年10月到研究院上任。

　　侯祥麟到石油科學(xué)研究院后，1959一1966年這8年里組織和領(lǐng)導(dǎo)解決了航空煤油的燒蝕問題；研制、生產(chǎn)、供應(yīng)發(fā)展尖端武器所需的幾十種特殊潤滑材料；研究成功流化催化裂化、鉑重整、延遲焦化、尿素脫蠟等幾項(xiàng)煉油技術(shù)，并配合設(shè)計(jì)、基建、生產(chǎn)單位應(yīng)用于生產(chǎn)。

　　1965年任石油科學(xué)研究院院長。組織研究成功幾項(xiàng)煉油新技術(shù)和特殊潤滑材料，"文化大革命"開始，這些工作都不能進(jìn)行。1967年他被奪權(quán)、批斗，后住牛棚審查，1969年送湖北潛江的"五七”干校勞動，1971年8月才被"解放"回京。

　　1970年煤炭、化工、石油3部合并為燃化部。1972年康世恩任部長，成立了石油化工研究院，侯祥麟任第一副院長，1977年任代院長。

　　燃化部在1975和1978年兩次解體，最后煤炭、化工、石油又各成立部。原石油化工研究院撤銷，其綜合研究所改為石油部的石油化工科學(xué)研究院，侯祥麟任院長至1980年。 1978年4月侯祥麟任石油工業(yè)部副部長，主管科技，也兼顧煉油生產(chǎn)工作。1982年4月被免去副部長職務(wù)，仍任科技委員會主任(1986年改當(dāng)常務(wù)副主任)。在中國科協(xié)領(lǐng)導(dǎo)下，他主持了有17個(gè)學(xué)會、22個(gè)部委參加的會議；提出了《關(guān)于合理利用一億噸石油的若干建議》，由科協(xié)上報(bào)國務(wù)院、黨中央。方案上報(bào)國務(wù)院后，1983年12月國務(wù)院下文成立中國石化總公司將原隸屬石油、化工、紡織工業(yè)部的煉油、石油化工、化纖企業(yè)劃歸該公司。

　　1983一1993年侯祥麟歷任中國石化總公司技術(shù)經(jīng)濟(jì)顧問委員會首席顧問和常務(wù)副主任。1993年顧問委員會撤銷后，任總公司的高級顧問。 1978-1993年侯祥麟任第五、六、七屆全國政協(xié)常委、第七屆科技委員會副主任。他多次呼吁支持重點(diǎn)科研單位、阻止人才外流和人才斷層的擴(kuò)大、創(chuàng)造勇于創(chuàng)新的環(huán)境等。他還帶領(lǐng)專題組，深入調(diào)查研究，寫出了專題報(bào)告如：《進(jìn)一步完善和深化體制改革》、《加速科技成果轉(zhuǎn)化為生產(chǎn)力的步伐》等，都由全國政協(xié)上報(bào)國務(wù)院、黨中央。1981年侯祥麟被選為學(xué)部主席團(tuán)成員。1985一1989年他先后獲得中科院授予的獎狀和獎?wù)隆?/p>

　　1978年侯祥麟等發(fā)起成立中國石油學(xué)會，他被選為理事長，1989年被聘為名譽(yù)理事長。1978年被選為中國化工學(xué)會副理事長。1979年起任世界石油大會中國國家委員會主席31983年起任世界石油大會常務(wù)理事。 1979年任國家科委發(fā)明評選委員會委員兼化學(xué)化工評議組組長，1987年改名國家發(fā)明獎勵評審委員會，任副主任至1993年。1980一1987年任國務(wù)院學(xué)位委員會委員兼化工評議組組長。

　　1984年起任中國大百科全書總編輯委員會委員。1986年起任國家自然科學(xué)基金委員會委員。1990年起任第二、三屆全國自然科學(xué)名詞審定委員會委員。

　　1989一1992年被聘為汕頭經(jīng)濟(jì)特區(qū)顧問，曾幾次去汕頭了解情況，對廣澳特區(qū)的發(fā)展等問題提出過建議。1993年北京潮人海外聯(lián)誼會成立，被聘為顧問。侯祥麟在報(bào)刊上曾發(fā)表過各方面的文章多篇。他主編出版的有：《中國頁巖油工業(yè)》(1984年)；《中國煉油技術(shù)》(1991年)；《英漢石油大辭典》(共10分冊)(1991-1995年)；《自然科學(xué)名詞·石油》(1994年)。他任《中國大百科全書·化工》(1987年)的編委會副主任�！吨袊鵁捰图夹g(shù)》獲第七屆全國優(yōu)秀科技圖書一等獎。