上世紀30年代， 軍閥割據(jù)，戰(zhàn)亂頻繁。潛伏在湖南一帶、以牙科醫(yī)生為掩護的日本 間諜渡邊四郎早就知道禪師肉身的價值，便乘亂毒死寺內(nèi)的小和尚，將元際禪師肉身移放在 寺廟外，隱藏了起來。不久，該寺廟毀于兵火，世人都以為禪師的肉身也一起遭劫了。

抗日戰(zhàn)爭末期，渡邊見日本侵華軍的大勢已去，便偷偷地將肉身偽裝成貨物，裝船經(jīng)上海偷偷運到日本。

開始，輾轉(zhuǎn)放置在他所在的鄉(xiāng)間，后來移置在東京郊外一座小山的地下倉庫里，秘而不宣。1947年，渡邊病重身死，人們在清理遺物時，從他的日記本中得知這一重大秘密。當(dāng)局立即派人打開倉庫，只見禪師盤腿如坐，雙目有神，儼如活人。專家認為，一般 木乃伊的保存，是人工藥物制的“軀殼”，并不太奇。但暴露于空氣中的肉身千年不朽，實為世界唯一奇跡。經(jīng)檢查，禪師腹內(nèi)無污物，體內(nèi)滲滿了防腐藥物，嘴及 肛門均被封住，這些可能都是肉身不朽的基本原因。至于他臨終前飲用的大量湯藥究竟是什么草藥，已經(jīng)無從考究了。

元際禪師的肉身現(xiàn)存于 橫濱鶴見區(qū)總持寺，并被視為日本“國寶”。