萬歷十年（1582）后，又起用為僉事，歷任右僉都御史，巡撫福建。當(dāng)時倭患困擾浙閩地區(qū)，金學(xué)曾通過調(diào)查分析，總結(jié)倭寇出沒規(guī)律，建閘置戍以遏其攻勢。一旦倭至，立即下令阻擊，使其不能聚集合勢。由于指揮得當(dāng)，先后取得了松下、烏丘、語嶼、銅山、澎湖、南澳、甘山等戰(zhàn)役的勝利。

　　在閩期間，有華僑陳振龍僑居呂宋（今菲律賓），攜帶番薯藤種歸來，在福州南臺沙帽池試種成功；萬歷二十二年（1594），福建發(fā)生旱荒，金學(xué)曾大力推廣種植番薯以度饑荒。

　　清時，福州烏石山建有先薯祠，以紀(jì)念引種者陳振龍及推廣者金學(xué)曾等的功德。

　　引進(jìn)紅薯,福州先薯亭是紀(jì)念明朝萬歷年間引種和推廣番薯的華僑陳振龍和福建巡撫金學(xué)曾而建的。

　　郭沫若曾頌揚(yáng)陳振龍“此功勛當(dāng)?shù)帽壬褶r(nóng)”。先薯亭下有一條小路，兩石夾峙于路兩邊，叫“天門”。天門中的一塊夾石極似鯨魚，稱“鯨魚石”。過天門巖壁上有清代畫家廣陵禹隸書“飲嵐”。明朝初年在這里種植“長頸鹿榕”，如今盤石而生，根粗葉茂，酷似長頸鹿翹首南天。

　　阻擊倭寇,由于他對整頓學(xué)校中禁止講學(xué)的做法持異議，認(rèn)為“學(xué)不講，則所崇何業(yè)?”結(jié)果遭到彈劾罷歸。萬歷十年(1582)后，又起用為僉事，歷任右僉都御史，巡撫福建。當(dāng)時倭患困擾浙閩地區(qū)，金學(xué)曾通過調(diào)查分析，總結(jié)倭寇出沒規(guī)律，建閘置戍以遏其攻勢。一旦倭至，立即下令阻擊，使其不能聚集合勢。由于指揮得當(dāng)，先后取得了松下、烏丘、語嶼、銅山、澎湖、南澳、甘山等戰(zhàn)役的勝利。在閩期間，有華僑陳振龍僑居呂宋(今菲律賓)，攜帶番薯藤種歸來，在福州南臺沙帽池試種成功。二十二年，福建發(fā)生旱荒，金學(xué)曾大力推廣種植番薯以度饑荒。清時，福州烏石山建有先薯祠，以紀(jì)念引種者陳振龍及推廣者金學(xué)曾等的功德。

　　明朝時候，人口增加，糧食日益緊張。高產(chǎn)的稻米、小麥?zhǔn)侵饕�食糧。為增加糧食產(chǎn)量，南方大力發(fā)展雙季稻，海南地區(qū)還出現(xiàn)三季稻。16世紀(jì)，福建、廣東等地從國外引進(jìn)原產(chǎn)美洲的玉米、甘薯等高產(chǎn)作物，很快推廣開來。玉米大約在明朝中期，由國外傳入我國，首先在閩浙、云貴等地栽培。到了明末，玉米已經(jīng)傳到了北方。16世紀(jì)后期，甘薯由東南亞傳入我國廣東、福建。16世紀(jì)末，有一次福建的臺風(fēng)災(zāi)害嚴(yán)重，巡撫金學(xué)曾廣泛征求救荒作物。有人獻(xiàn)上從呂宋偷帶回國的甘薯。金學(xué)曾下令在福建推廣，幫助人民度過一次大災(zāi)荒。人民感謝金學(xué)著，稱甘著為金著。17世紀(jì)初，江南發(fā)生災(zāi)荒，經(jīng)科學(xué)家徐光啟倡導(dǎo)，將福建的甘著引種到淞滬一帶，后又逐漸推廣到黃河流域。

　　在玉米、甘薯傳入我國的前后，花生也由福建、廣東商人從南洋一帶引進(jìn)。明朝時只做果品食用，后來推廣到華中、華北地區(qū)。明朝的蔬菜種類大大增加，從國外引進(jìn)了馬鈴薯、番茄、辣椒、洋白菜、四季豆等。

　　陳振龍，原籍福建長樂，早年往呂宋（今菲律賓）經(jīng)商，在當(dāng)?shù)匕l(fā)現(xiàn)一種薯類，清甜可口，可充糧食，就想方設(shè)法將它引回福州，并在巡撫金學(xué)曾的幫助下，試種推廣。當(dāng)時福建正逢饑荒，番薯的試種、推廣，使人們度過了饑荒。

　　金學(xué)曾還在總結(jié)陳振龍父子經(jīng)驗(yàn)的基礎(chǔ)上，寫成中國第一部有關(guān)番薯的專著《金薯傳習(xí)略》；從此，番薯逐漸推廣到全國各地。