1885年分校江南鄉(xiāng)試，調署合肥知縣。時李鴻章弟子之侍從橫行鄉(xiāng)里，以逼債毆人致死，恐縣吏為豪強脅迫，遂親往驗尸。終得致命狀，人謂“包龍圖復出”。后有御史劾其誤致人死罪，詔巡撫陳彝澄清真相，遂免歸。數年后，安徽清丈民田，巡撫福潤調其主事，辭不赴。后歷主山東尚志書院、河南大梁書院。山東巡撫李秉衡上疏陳其學行，賜予五品卿銜。與王懿榮、陳介祺、羅振玉、高鴻裁等人為文字交。其先祖有藏書數萬卷，到葆田時已經散佚過半，任通志局總纂時，搜集了不少古籍，藏于“山淵閣”、“問經精舍”、“山對齋”中。山東藏書家徐坊曾觀看過他的藏書，并贈送古籍《皇甫持正文集》1部。�？逃小秾O明復小集》、《春秋會義》、《孟子注》等，輯有《孫氏山淵閣叢刊》，收書9種。熱心于文化建設，1909年，山東省圖書館初創(chuàng)之際，盡力搜集圖書文物，并撰《山東創(chuàng)建圖書館記》一文，是山東省圖書館建館的最初記載文獻。曾兩度總纂《山東通志》 ， 至1910年成書百余卷。1911年1月30日卒于濰縣。著有《孟子編略》《校經室文集》、《漢儒傳經考》、《歲余偶錄》、《曾南豐年譜》、《孟子編略》、《兩傳經考》、《曾南豐年譜》、《毛尚書奏稿》等幾十種。