托勒密六世在其父去世時(shí)尚是一個(gè)孩子。在前176年之前，埃及的實(shí)際統(tǒng)治者是托勒密六世的母親克利奧帕特拉一世。前176年克利奧帕特拉一世去世后，托勒密六世與自己的妹妹克利奧帕特拉二世結(jié)婚，他們共同統(tǒng)治埃及。

托勒密六世與其前任一樣，深深卷入與塞琉古王朝為爭(zhēng)奪地盤(pán)而進(jìn)行的無(wú)休止的爭(zhēng)斗，盡管此時(shí)的塞琉古王朝已是日薄西山。

前170年，塞琉古國(guó)王安條克四世對(duì)埃及發(fā)動(dòng)了第六次敘利亞戰(zhàn)爭(zhēng)。至前168年，安條克四世一度占領(lǐng)了托勒密王朝的首都亞歷山大，托勒密六世不得不向羅馬求援。在羅馬干預(yù)下，安條克四世被迫退出埃及。

從前169年開(kāi)始，埃及實(shí)際上由托勒密六世、其妻克利奧帕特拉二世和其弟托勒密八世（克利奧帕特拉一世的幼子）共同統(tǒng)治。三頭政體并不成功：前165年，亞歷山大的埃及士兵在狄?jiàn)W尼修斯領(lǐng)導(dǎo)下發(fā)動(dòng)叛亂。前164年，托勒密八世趕走托勒密六世企圖獨(dú)自統(tǒng)治，但后者在羅馬援助之下很快又奪回了政權(quán)。

前150年，塞琉古國(guó)王德米特里一世被殺，一個(gè)出身模糊的人亞歷山大·巴拉斯奪取了王位。托勒密六世侵入敘利亞，支持德米特里一世之子德米特里二世為合法的國(guó)王。前145年，托勒密六世在與亞歷山大·巴拉斯的戰(zhàn)斗中陣亡。