出身

父親是三好長秀這個說法普遍。不過，作為異說也有說是之長的孩子。但也有因為長秀很早戰(zhàn)死，于是之長令元長成為長秀繼子的說法�！霸�長”之名，據(jù)其自稱，是侍奉晴元時得到的偏諱。

奪取政權(quán)

永正15年（1518年），室町幕府將軍足利義稙的聯(lián)合政權(quán)的兩大支柱之一大內(nèi)義興以領(lǐng)內(nèi)有事為由，辭去管領(lǐng)代之職歸國，此后義稙與管領(lǐng)代細川高國的對立日益加深。永正17年（1520年)，細川澄元軍入京之際，澄元復(fù)被義稙任命為家督。不久，澄元受高國反擊，戰(zhàn)敗。三好氏總帥之長輸給細川高國后被處刑，其世子長秀在之前戰(zhàn)死。由于這個緣故，是之長直系的元長雖然成為了三好氏新的總帥，但是不能采取對高國的反擊，并且在阿波與細川澄元（澄元回到阿波后不久失意死去）遺孤六郎(后來的晴元)一起淪落著。而高國也得到了近江的六角定賴的支持，奪回京都，將義稙追放，迎立由赤松家撫養(yǎng)大的足利義晴為將軍。

大永6年（1526年）高國在細川尹賢的讒言下殺害了有力部將香西元盛，導(dǎo)致元盛的兄弟波多野稙通、柳本賢治在丹波造反。高國的政權(quán)難以鎮(zhèn)壓軍事力量的弱點暴露了。

元長捕捉了這個良機，同年10月在阿波舉兵，于大永7年（1527年）幫助主公六郎登陸本州過年，擁立足利義維（義晴之弟），并與波多野軍會合。經(jīng)過桂川原合戰(zhàn)，高國大勢已去，不得不攜將軍義晴則從京都出逃，前往近江。

元長又為建立接替因核心人物逃脫而喪失政治機能的高國政權(quán)的堺公方（堺大樹）作出了貢獻。同年11月19日，元長又得到近江的六角定賴和越前的朝倉宗滴的支援，將高國軍從桂川周邊的泉乘寺?lián)敉�。元長為六郎新的畿內(nèi)支配體制的確立盡了大力。

退隱、復(fù)出

大永8年（1528年）7月，元長被任命為山城守護代。次年因與新同僚柳本賢治不和，回到自己的領(lǐng)地阿波。趁著元長的離去，著落于浦上村宗處的細川高國開始了反擊。

被派遣向播磨迎擊的柳本賢治于享祿3年（1530年）6月猝死，村宗高國聯(lián)合軍進軍攝津。元長缺席的堺公方派，形勢日趨嚴峻，終于在藥師寺國盛一樣的投降者的出現(xiàn)下，陷入了絕境。

享祿4年（1531年）2月，元長在主公六郎的懇求下復(fù)出。此后戰(zhàn)爭逐漸陷入膠著化狀態(tài)。高國軍警戒的放松和赤松政祐的背叛，引發(fā)了“大物崩”，高國逃回大物城但因密告被元長俘虜，切腹自盡；村宗也被命令自殺。

君臣的對立

堺公方派打成了消滅仇敵高國的目標，但圍繞這之后的方針產(chǎn)生了不和諧聲音�，F(xiàn)任將軍義晴沒有實權(quán)，扶立義維為新將軍似乎是理所應(yīng)當?shù)�，但是支持將軍義晴的觀點卻占了上風。

放棄好不容易建立起來的堺公方差不多算是六郎的決斷，但元長和畠山義堯（六郎的義兄弟）一起堅決反對。他們的意見沒有被采納，卻導(dǎo)致六郎和元長的君臣關(guān)系產(chǎn)生了巨大的裂痕。六郎的一些屬下期盼得到有前途的地位，瞄準了主君的寵臣木澤長政，祈求元長的下臺。加之元長一族的從叔三好政長（宗三）等人恨元長專權(quán)，積極活動詆毀元長。君臣之間的裂痕進一步加深了。

另外，元長自己也失策了。享祿5年（1532年）1月22日元長率領(lǐng)阿波軍討滅擁有京都三條城籠的柳本甚次郎（曾經(jīng)對立的賢治的孩子），使六郎大為憤怒。元長見六郎怒不可遏，遂削發(fā)出家為僧，號海云。阿波守護細川持�。�六郎的表弟）修復(fù)六郎、元長君臣關(guān)系的努力也沒有成功，主從關(guān)系進一步惡化。

不久，木澤長政的存在使元長的立場變壞了。長政的下克上行為警戒了畠山義堯（長政的主君），促使義堯和元長合謀。義堯因上意討伐元長加以支援。同年長政的居城飯盛山城被包圍了。

討滅高國后僅2個月，長政試圖擁護六郎，發(fā)出了撤兵請求。第一次包圍軍撤退了。但是，長政的野心使得畠山義堯深為不安。次年（1532年）5月，飯盛山城重新被包圍，元長遲到，但也加入了包圍軍。這時候主君六郎盡管得到長政的擁護態(tài)度，也不在乎飯盛山城的包圍態(tài)勢了。所以，長政的命運似乎是要盡了。

元長的最后時刻

討滅木澤長政只是時間的問題了，享祿5年6月15日（1532年7月17日）形勢大變，包圍軍陷入了窘境。數(shù)萬一向一揆軍突然出現(xiàn)，從背后襲擊包圍軍。包圍軍瞬間被打散。元長總算逃到了堺的顯本寺（法華宗）。一向一揆軍追擊之手不松開的觀念，使得6月17日畠山義堯自盡。

歷來的一向宗和法華宗的宗教對立利用。對這個時候的一揆軍來說，與驅(qū)散飯盛山城的包圍軍的事情相比，一向宗完成了復(fù)仇目的。即一向宗敵對法華宗庇護者元長滅亡了。畠山義堯可以說是牽連者。

6月20日顯本寺被包圍的時候一向一揆軍更加膨脹（有說全體10萬）。放走義維的努力。主公被大家遺棄，而且本來很穩(wěn)的勝仗一轉(zhuǎn)為大失敗，遭到蔑視的元長走向自殺的盡頭。年僅32歲。他自殺的樣子，是自己的腹部拇指的養(yǎng)只不結(jié)束，從腹部取出的臟物被扔到了天花板上，其狀壯絕。

元長遺憾地死去了。他的兒子長慶、義賢、安宅冬康、十河一存都是名將。在他的兒子們的時代，三好氏得到了大的飛躍。20多年后，長慶修建南宗寺為元長祈求冥福。