吳耀宗祖籍廣東順德。1893年11月4日生于廣州一個(gè)非基督徒木材商人家庭。1913年進(jìn)入北京稅務(wù)學(xué)堂。（所以能講一口標(biāo)準(zhǔn)國語）。畢業(yè)后在海關(guān)供職。1918年受洗加入北京公理會(huì)，1920年任北京基督教青年會(huì)學(xué)校部干事,組織唯愛社。1924年去美國紐約協(xié)和神學(xué)院(屬于現(xiàn)代派)及哥倫比亞大學(xué)攻讀神學(xué)、哲學(xué)，獲哲學(xué)碩士學(xué)位。1927年返國，任職于基督教青年會(huì)全國協(xié)會(huì)出版部。

　　吳耀宗熱心于抗日愛國運(yùn)動(dòng)�？箲�(zhàn)期間就常與重慶之周恩來有所往還。傾向于反蔣、反美。

　　1949年9月，吳耀宗代表宗教界參加中國人民政治協(xié)商會(huì)議（雖然并非著名的教會(huì)領(lǐng)袖，）。1950年9月參與起草、發(fā)表題為《中國基督教在新中國建設(shè)中努力的途徑》的宣言。要求實(shí)現(xiàn)自治、自養(yǎng)、自傳，斷絕與海外教會(huì)的一切聯(lián)系，建設(shè)“新中國下的基督教”。1951年，在基督教內(nèi)開展控訴運(yùn)動(dòng)，批判親美人士。這時(shí)，原來主要由西方傳教差會(huì)支持的各大教派大體上都加入了三自運(yùn)動(dòng)，只有一些本土人士建立的教派未加入，如王明道在北京史家胡同建立的基督徒會(huì)堂。1952年倪柝聲被捕后，本來贊同三自的各地地方教會(huì)又紛紛退出。

　　1954年，基督教三自愛國運(yùn)動(dòng)委員會(huì)正式成立，吳耀宗出任主席。未參加三自運(yùn)動(dòng)的基督教活動(dòng)則陸續(xù)被禁止。

　　1966年，文化大革命爆發(fā)，“三自愛國教會(huì)”也未能幸免，吳耀宗被斗，接受勞動(dòng)改造。1979年9月17日在北京去世。