司馬紹幼年聰明，受到父親 司馬睿特殊的寵愛。 永嘉元年（307年），司馬紹隨父親司馬睿一同移鎮(zhèn)建業(yè)（后改建康，今江蘇南京）。

建興元年（313年），晉愍帝 司馬鄴繼位，升任司馬睿為左丞相 ，司馬紹拜任為東中郎將，鎮(zhèn)守 廣陵。

建武元年（317年）三月初九日，司馬睿即晉王位 。四月初四日，司馬睿立司馬紹為晉王太子。

太興元年（318年）三月初十日，司馬睿即位稱帝，是為 晉元帝。 三月二十四日，晉元帝立司馬紹為皇太子。

司馬紹性情極為孝順，有文才武略，敬賢愛客，喜好文章辭藻。當(dāng)時的名臣，從 王導(dǎo)、 庾亮到 溫嶠、 桓彝、 阮放等，都被親近看重。曾經(jīng)與大臣們辯論圣人真假之意，王導(dǎo)等人的意見也不能使司馬紹屈從。又好習(xí)武藝，善于安撫將士。當(dāng)時江東人才濟(jì)濟(jì)，遠(yuǎn)近都?xì)w心于司馬紹。

王敦之亂時，王室六軍潰敗，司馬紹欲率將士與叛軍決戰(zhàn)，登上車子將要出發(fā)， 中庶子溫嶠堅決諫阻，抽劍斬斷馬套繩，這才作罷。

王敦平素認(rèn)為司馬紹神武有明略，為朝野人氏所欽佩信賴，打算用不孝的罪名廢黜他。于是大會百官，當(dāng)眾問溫嶠：“皇太子有什么功德值得稱道？”聲色俱厲，定要使溫嶠說出廢太子的話。溫嶠回答說：“探討高深的治國之道，使國家長治久安，這不是見識短淺的人所能認(rèn)識的。從禮的角度看，這就是孝�！贝蟪紓兌颊J(rèn)為溫嶠的意見是正確的，王敦的陰謀遂被阻止。

永昌元年（322年）閏十一月初十日，司馬睿去世 ，閏十一月十一日，皇太子司馬紹即皇帝位，大赦天下，是為 晉明帝，尊生母荀氏為建安郡君。 太寧元年（323年）二月，司馬紹將父親晉元帝安葬在 建平陵。 六月初六日，司馬紹立妃 庾文君為皇后。

王敦雖于永昌元年（322年）就回到武昌遙控朝廷，但因為圖謀篡位，于太寧元年（323年）暗示要朝廷征召自己入朝，司馬紹于是以手詔征召王敦。同年， 王允之乘酒宴而知道王敦的圖謀，于是回京告訴其父 王舒，王舒于是與王導(dǎo)一同報告晉明帝，得以早作防備。

及后，司馬紹積極準(zhǔn)備京師 建康的防護(hù) ，最終于當(dāng)年七月成功擊敗王敦派來進(jìn)攻的軍隊，平定了 王敦之亂。王敦之亂被平定后，司馬紹下令不再問罪于王敦一眾官屬，又分別以 應(yīng)詹為 江州刺史、 劉遐為 徐州刺史、 陶侃為荊州刺史、王舒為 湘州刺史，重整各州形勢，消除王敦以王氏宗族各領(lǐng)諸州以凌弱帝室的失衡情形。

太寧三年（325年）三月初二日，司馬紹立長子 司馬衍為皇太子。 閏八月十九日（10月12日），司馬紹健康狀況不佳，召太宰、西陽王 司馬羕，司徒 王導(dǎo)，尚書令 卞壺，車騎將軍 郗鑒，護(hù)軍將軍 庾亮，領(lǐng)軍將軍 陸曄，丹楊尹 溫嶠，一起接受遺詔，輔助皇太子司馬衍。閏八月二十五日（10月18日），司馬紹病逝于東堂，享年二十七歲。閏八月二十六日（10月19日），皇太子司馬衍即皇帝位 ，是為 晉成帝，為父親司馬紹上謚號為明皇帝， 廟號肅祖（《資治通鑒》作肅宗 ）。九月十一日，司馬衍將司馬紹按葬于武平陵。

司馬紹聰明敏捷能隨機斷事，尤其明白事理。在位期間兵亂連年，饑荒不斷，死于饑荒戰(zhàn)亂瘟疫者過人口之半，國家空虛社會凋敝十分嚴(yán)重，國事極端艱難。又值王敦挾兵威而震懾人主，將欲竊奪神器。司馬紹虛與周旋，養(yǎng)成其惡，以弱制強，潛心謀劃，當(dāng)機獨斷，肅清大兇。又調(diào)整荊、湘等四州將領(lǐng)，以分散長江上游地方勢力，撥亂反正，加強根本而削弱枝葉，雖在位時間短暫，但對安定國家大局的影響很是深遠(yuǎn)。

東晉自建國以來，北方僑姓士族與南方 吳姓士族之間的矛盾一直很尖銳，吳姓士族往往受到排擠與壓制。明帝為了穩(wěn)定東晉政權(quán)，臨終前一個月，還下詔說：“吳時將相名賢之胄，有能纂修家訓(xùn)，又忠孝仁義，靜己守真，不聞于時者，州郡中正亟以名聞，勿有所遺�！绷�圖調(diào)解這個矛盾，以期打破宗族界限，為國家選拔人才。在臨終遺言中，他要諸臣為自己治喪時“務(wù)從簡約”，不得奢侈。

司馬紹年幼時，其父晉元帝閑坐，將他放置在膝前，正遇 長安使者來，因問司馬紹說：“你說日與長安哪個遠(yuǎn)？”司馬紹回答說：“長安近，不曾聽說過人從日邊來，由此就可以知道了�！睍x元帝覺得奇異。第二天，群臣宴會時又問他這個問題，回答說：“日近。”晉元帝臉色一變說：“怎么和昨天說的不同呢？”司馬紹回答說：“抬頭就望見日，但卻望不見長安�！庇纱藭x元帝更覺得他是個奇童。

司馬紹想挖池塘，修亭臺，他的父親晉元帝不答應(yīng)。當(dāng)時司馬紹還是太子，喜歡招養(yǎng)武士。有一晚半夜叫這些人挖池塘，到天亮就挖成。這就是當(dāng)時的太子西池。 據(jù)說是 東吳時所挖成的，名叫西苑，后來淤泥積滿，司馬紹時又修復(fù)，故俗稱太子西池。

太寧元年（323年）六月，王敦將舉兵向京師進(jìn)發(fā)，晉明帝暗中得知，于是騎著巴滇駿馬微服出行，到王敦駐地 于湖，沿著王敦的營區(qū)走了一圈就出來了。王敦的士兵發(fā)現(xiàn)了，說：“這不是普通人��！”這天王敦白天睡覺，夢見太陽繞其城，受驚而起，說：“這必定是黃胡須的鮮卑奴來了�！彼抉R紹的母親荀氏是燕代人，司馬紹狀貌類似外族人，胡須黃色，所以王敦這樣說。于是王敦派五個騎兵去尋找追趕晉明帝。晉明帝也策馬奔馳而去，馬拉糞時，就澆上冷水。遇到旅舍賣飯的老婦，送給她一把七寶鞭，對她說：“后面有騎兵來，可把此鞭給他們看�！边^了片刻，追騎來到旅舍，問老婦，老婦說：“人已經(jīng)走遠(yuǎn)了。”并把七寶鞭拿出來給他們看。五個士兵傳遞著玩賞，停留了很久。又見馬糞是冷的，認(rèn)為確實已走遠(yuǎn)，便停止追趕。晉明帝因此得以脫身。

一次，王導(dǎo)和溫嶠一起謁見司馬紹，司馬紹問溫嶠前代統(tǒng)一天下的原因是什么。溫嶠還沒有回答，一會兒，王導(dǎo)說：“溫嶠年輕，還不熟悉這一段的事，請允許臣為陛下說明�！蓖鯇�(dǎo)就一一敘說晉宣帝 司馬懿開始創(chuàng)業(yè)的時候，誅滅有名望的家族，寵幸并栽培贊成自己的人，以及晉文帝 司馬昭晚年殺高貴鄉(xiāng)公 曹髦的事。司馬紹聽后，掩面伏在坐床上，說：“如果像您說的那樣，晉朝天下又怎能長久呢！”

《 世說新語·假譎》記載，王敦稱司馬紹為：“黃須鮮卑奴”，并稱其相貌特征是“黃須”。注引《 異苑》所載，王敦語作：“黃頭鮮卑奴”，并加以解釋：“帝所生母荀氏， 燕國人，故貌類焉”。黃頭指的是金發(fā)，黃須指的是黃胡子，可見司馬紹的相貌特征就是金發(fā)黃胡子，具有白種人的相貌特征。

《晉書·卷六·帝紀(jì)第六》亦載，王敦稱司馬紹為“黃須鮮卑奴”，并稱“帝狀類外氏，須黃，敦故謂帝云”，明確指出司馬紹的相貌與其母族相近，說明其母族的相貌具有白種人的特征。既然司馬紹被稱為“黃頭鮮卑奴”或“黃須鮮卑奴”，其生母荀氏應(yīng)為 鮮卑人。

司馬紹生母荀氏的身份是宮人，《晉書·后妃傳》未載其出身，《晉書·卷六·帝紀(jì)第六》稱其為“燕代人”，據(jù)《晉書·地理志上》：“起 雁門以東，盡遼陽，為 燕代”，則“燕代”一詞顯然指的是地理范疇。但《晉書·劉聰載記》稱“鮮卑之眾星布燕代”，足見燕代地區(qū)是鮮卑人的主要分布區(qū)，《 晉書》之所以稱荀氏為燕代人，是本著為尊者諱的原則，不直書荀氏為鮮卑人，而以與鮮卑人關(guān)系至為密切的燕代地區(qū)代指。《 異苑》稱荀氏為“燕國人”，此燕國是指鮮卑人建立的前燕政權(quán)，也是以此暗示荀氏是鮮卑人。

東晉人認(rèn)為，司馬紹因母親是 鮮卑人而相貌類似于鮮卑人，所以才被稱為“黃頭鮮卑奴”或“黃須鮮卑奴”，證明“黃頭”或“黃須”正是鮮卑人的相貌特征。金發(fā)是白種人的顯著特征之一，可見鮮卑人、至少是東部鮮卑人中，存在相當(dāng)數(shù)量的白種人。不僅東晉人把“黃頭”或“黃須”看成是鮮卑人的相貌特征，在唐朝人的觀念中，鮮卑人的相貌特征仍具有金發(fā)碧眼等白種人的特點。

曹毗《晉江左宗廟歌》之六：“明明肅祖，闡弘帝胙。英風(fēng)夙發(fā)，清暉載路。奸逆縱忒，罔式皇度。躬振朱旗，遂豁天步。宏猷淵塞，高羅云布。品物咸寧，洪基永固�！�

南朝齊· 謝赫《 古畫品錄》：“雖略于形色，頗得神氣。筆跡超越，亦有奇觀。”

唐· 房玄齡等《 晉書》：“帝聰明有機斷，尤精物理。于時兵兇歲饑，死疫過半，虛弊既甚，事極艱虞。屬王敦挾震主之威，將移神器。帝騎驅(qū)遵養(yǎng)，以弱制強，潛謀獨斷，廓清大昆。改授荊、湘等四州，以分上流之勢，撥亂反正，強本弱枝。雖享國日淺，而規(guī)模弘遠(yuǎn)矣�！�

清· 王夫之《 讀通鑒論》：“明帝不夭，中原其復(fù)矣乎！天假五胡以亂中夏，氣數(shù)之窮也，帝乃早世！王敦之橫，元帝惴惴而崩，帝以幼沖當(dāng)多難，舉動偉然出人意表，可不謂神武哉？”

父親：晉元帝 司馬睿

母親：宮人荀氏，死后追贈豫章郡君

弟弟

二弟：瑯邪孝王 司馬裒，司馬紹同母弟

三弟：東海哀王 司馬沖

四弟：武陵威王 司馬晞

五弟：瑯邪悼王 司馬煥

六弟：晉簡文帝 司馬昱

姐妹

尋陽公主，嫁 荀羨

明穆皇后 庾文君， 庾琛之女， 庾亮妹，生 晉成帝、 晉康帝

兒子

晉成帝 司馬衍

晉康帝 司馬岳

女兒

南康公主 司馬興男，下嫁 桓溫

廬陵公主司馬南弟，下嫁 劉惔

南郡悼公主，下嫁 羊曼之子 羊賁

2016年電視劇《 書圣王羲之》： 張子文飾演司馬紹。