曾和黃乃裳創(chuàng)辦《福報(bào)》，鼓吹革命。

清光緒二十九年(1903年)，林森等在上海創(chuàng)立“旅滬福建學(xué)生會”，祖蔭為主要骨干。后在福州與林澤人、鄭權(quán)、蔡毅等設(shè)“益聞社”、“藤山文明社”，創(chuàng)“橋南公益社”，作為聯(lián)絡(luò)革命志士和各山堂首領(lǐng)的場所。

光緒三十一年(1905年)，秘密組織“漢族獨(dú)立會”，被舉為會長。次年夏，同盟會福建支會成立，祖蔭任會長，同林澤人又創(chuàng)立“丙午俱樂部”、“閩南救火會”等革命組織。

宣統(tǒng)三年(1911年)春，林覺民、李恢先后奉同盟會命令回閩召集同志赴粵發(fā)難，祖蔭在閩籌劃響應(yīng)。起義失敗后，祖蔭做分化、瓦解清軍工作，爭取新軍標(biāo)統(tǒng)許崇智、統(tǒng)制孫道仁加入同盟會。武昌起義，全國響應(yīng)。

九月十八日(11月9日)晚上，福州發(fā)動武裝起義。次日，獲得成功。祖蔭被推為參事員，組成全省最高議事機(jī)關(guān)參事會。

民國元年(1912年)，建立福建政務(wù)院，祖蔭任副院長。隨后，祖蔭以民國成立，初志已成，通電辭職。臨時(shí)大總統(tǒng)孫中山復(fù)電慰留。同年10月，改任中央?yún)⒆h院參議員。當(dāng)時(shí)發(fā)生新議員反對舊議員之爭，祖蔭憤而辭職，致函京、津、滬各報(bào)，切勸議員風(fēng)雨同舟，和衷共濟(jì)。次年4月，任閩都督府秘書長。袁世凱竊國，祖蔭于10月被捕，不久獲釋，遂致力于地方教育及禁煙事業(yè)。

民國6年8月，軍閥李厚基任閩督軍，祖蔭被迫出走廣東。次年，任靖國軍方聲濤總指揮部秘書，轉(zhuǎn)戰(zhàn)潮、汕、詔安一帶。

民國9年12月，受林森之請，參加廣州國會非常會議，任秘書廳秘書。民國11年，被聘為福建省長公署秘書。北伐勝利后，就任福建省建設(shè)廳秘書，歷任國民黨福建省黨部設(shè)計(jì)委員、執(zhí)行委員、監(jiān)察委員等職。

民國26年，兼任福建省社會軍事訓(xùn)練委員會指導(dǎo)員、福建省臨時(shí)參議會參議長。后病逝于永泰。