康熙決定起用施瑯，授福建水師提督。福建總督姚啟圣只管后勤供應(yīng)，與施瑯和衷共濟(jì)，保證了施瑯出征的糧食和物資供應(yīng)。

康熙二十二年六月十四日（1683年7月8日）施瑯率兵兩萬(wàn)余人，乘戰(zhàn)船二百余艘出征。鄭克則派勇敢善戰(zhàn)的劉國(guó)軒守澎湖，所率兵將戰(zhàn)船與施瑯相當(dāng)。兩軍展開(kāi)激戰(zhàn)，歷時(shí)七晝夜。施瑯右眼負(fù)傷，游擊蘭理中炮“腹破腸流出，為掬而納諸腹，持匹練縛其創(chuàng)。理呼殺賊，麾兵進(jìn)”（《清史稿》）卷二百六十一?蘭理傳）。澎湖大戰(zhàn)，鄭軍大敗。清軍擊沉敵船159艘，鄭軍死傷12000人，浮尸遍海，劉國(guó)軒僅率31艘船逃回臺(tái)灣。

澎湖戰(zhàn)敗，鄭克等極為恐慌。施瑯進(jìn)行政治爭(zhēng)取工作，對(duì)被俘的臺(tái)灣兵將，優(yōu)禮相待，賞給銀米。800名傷殘者醫(yī)治之后，釋放回臺(tái)，令他們宣示招撫之意，臺(tái)灣民眾“莫不解體歸心，唯恐（編者注：今作惟恐）王師之不早來(lái)”（阮錫《海上見(jiàn)聞錄》）。鄭氏已無(wú)抵抗能力，于7月27日向清軍奉表納降，呈交延平王金印和戶口土地冊(cè)籍�？滴踅邮芡督担瑑�(yōu)待鄭氏，稱：“爾等從前抗違之罪，全行赦免。仍從優(yōu)敘錄�！保ā肚迨プ鎸�(shí)錄》卷一百一十一）。鄭氏人眾俱得妥善安置。臺(tái)灣遂告統(tǒng)一。

康熙二十三年（1684年），清廷始設(shè)臺(tái)灣府與臺(tái)灣、鳳山、諸羅三縣，隸屬福建省，在臺(tái)澎分別駐兵1萬(wàn)人，設(shè)官治理、筑城戍守，臺(tái)灣寶島得以統(tǒng)一于清朝政府之下。

毫無(wú)疑問(wèn)，施瑯不能和吳三桂等人相提并論，他是反分裂的英雄。吳三桂第一次叛明，導(dǎo)致李自成和明朝的覆滅，第二次叛順，導(dǎo)致清軍入關(guān)，民族矛盾加劇，第三次叛清，導(dǎo)致內(nèi)戰(zhàn)再起，生靈涂炭。是一個(gè)徹頭徹尾的歷史小丑。