（1596年6月29日－1680年9月11日），是 后陽成天皇第三皇子，母親為女御近衛(wèi)前子。名叫政仁，于1611年接受后陽成天皇的讓位。原本后陽成天皇有意將位置讓給他自己的弟弟 八條宮智仁親王，因此后水尾天皇與其父之間關(guān)系并不和睦。 　　后陽成天皇的讓位是出于 德川家康的意思，由于幕府初建，需要朝廷的權(quán)威做為后盾，而朝廷則需要幕府的金錢援助，只好屈從幕府威勢下。1619年，后水尾天皇因?yàn)閷檺鄣呐�官已生下一子一女的事被傳到�?dāng)時(shí)將軍 德川秀忠那里，引起秀忠強(qiáng)烈不滿。1620年，由于朝廷迫于對德川家金援的需要，天皇不得不迎娶秀忠之女 德川和子入宮。 　　寬永四年(1627年)，發(fā)生 紫衣事件，朝廷為了財(cái)政，事先未同幕府商量，允許 大德寺和 妙心寺僧侶數(shù)十人穿紫衣。但是幕府制定僧侶之諸出世法度、京都大德寺及妙心寺之紫衣敕許無效。讓朝廷很沒面子； 寬永六年(1629年)，將軍 德川家光竟然派他的乳母 春日局前往面見 天皇，由于春日局無官無位卻前往面見天皇（春日局的義兄是朝廷公卿三條西實(shí)條，而且春日局的父親是 明智光秀的部下 齋藤利三，前任丈夫是大名 稻葉正成），被天皇認(rèn)為是 奇恥大辱，覺得幕府沒有把他的權(quán)威放在眼里。于是在同一年，憤怒的天皇無預(yù)警讓位給才只有七歲不到的皇女興子內(nèi)親王，是為 明正天皇。這是為了顯示幕府想以自己的外孫繼承皇位的野心。

　　后水尾天皇退位后，仍以太上天皇身份攝政，另外也致力于 和歌與 佛道。于1680年過世，葬于 月輪陵。