繼任時大友家正處于顛峰時期，是九州最大的勢力。

義統(tǒng)于天正元年十二月二十八日得承家督，天正六年在宗麟監(jiān)護(hù)下進(jìn)軍日向，受命駐在大野郡野津地方。這時義統(tǒng)正熱中天主教，野津一帶信徒日日劇增，并且強(qiáng)烈否定佛教及神道，佛寺神社領(lǐng)地，往往奪以賜家臣。但是，大友軍與島津軍的決戰(zhàn)，最后慘敗而終，自此以往，部下叛亂連連，義統(tǒng)也經(jīng)歷危機(jī)，一改故轍，于信仰大不謂然，后來對天主教始施鎮(zhèn)壓。

宗麟晚年，繼室得子，威脅到義統(tǒng)的地位，義統(tǒng)暗起殺心，與父親生隔閡，重臣多懷不滿。天正八年田原親貫作亂，將迫義統(tǒng)引退，使宗麟出山。宗麟不欲傾覆愛子，與義統(tǒng)約，合力彈壓，旋得平定。一萬田宗慶因進(jìn)諫于義統(tǒng)，說他無節(jié)制地賜下領(lǐng)地，賞罰一由己意，輕視宿老，意見至十八條之多。

在日向、耳川之戰(zhàn)中，四萬大軍被薩摩島津家數(shù)千兵擊潰。使大友家威望頓減，家臣離散。在以后幾年內(nèi)，更被島津家打的無還手之力，所領(lǐng)從豐、筑、肥六國銳減至豐后一國還不足。不得不受秀吉的庇護(hù)。

宗麟為了解救自家的危機(jī)，上洛求援于豐臣秀吉，秀吉對九州素懷野心，果然發(fā)動遠(yuǎn)征，將島津鎮(zhèn)服，大友家得以保有豐后一國，義統(tǒng)也在天正十六年（1586）受豐臣秀吉一字，改名吉統(tǒng)。豐臣秀吉禁教令一出，義統(tǒng)脫離天主教，逐傳教士，并強(qiáng)令志賀親善棄教，多所殺害，在領(lǐng)地內(nèi)名聲漸落。佛洛伊斯《日本史》說：“（黑田）官兵衛(wèi)得人望，有權(quán)威，義統(tǒng)當(dāng)國而不敗事，多得其助�！�

文祿元年三月，侵朝事起，吉統(tǒng)（義統(tǒng)）奉豐臣秀吉命，自引六千兵出陣，在黑田長政麾下。四月渡海，十一月得豐臣秀吉稱賞，賜朱印狀（《大友家文書錄》）。第二年正月，李如松急攻平壤，小西行長求援于大友吉統(tǒng)、黑田長政、小早川秀包，然而長政、秀包都以為不能救。吉統(tǒng)軍中議論不定，志賀親善以為當(dāng)退，吉弘統(tǒng)幸以為當(dāng)援，吉統(tǒng)于是擅自逃亡（《大友家文書錄》）。豐臣秀吉下《大友勘當(dāng)狀》，痛責(zé)吉統(tǒng)，予以撤藩處分，領(lǐng)地收公，吉統(tǒng)發(fā)毛利輝元看管（《豐公遺文》）。文祿二年五月，吉統(tǒng)被送至周防國山口本國寺囚禁，剃發(fā)為僧，號宗巖，此后又號中庵。第二年九月由山口被押送水戶，交佐竹義宣監(jiān)管。

秀吉死后，因石田三成、福原直高關(guān)說，慶長四年（1599）獲得赦免。慶長五年九月，關(guān)原戰(zhàn)事起，吉統(tǒng)屬西軍，與黑田如水（官兵衛(wèi)）戰(zhàn)于速見郡石垣原，敗走，戰(zhàn)后德川家為割斷吉統(tǒng)與舊臣的聯(lián)系，將他流放出羽國，后來改流常陸，慶長十年（1605）七月十九日死在常陸國流放地（一說在江戶牛込），得年四十八歲。法名豐鐘院殿中庵宗嚴(yán)大禪定門。長子宗五郎（又名義宣、義乘、能乘）利發(fā)，吉統(tǒng)得禍后投托加藤清正，后來仕于德川家康，享有五百人扶持的俸祿。