之后若狹武田氏在應仁之亂中從屬于東軍在對丹后的侵攻中十分活躍，獲得 幕府厚信并熱心于文化一度威振丹后、若狹兩國，但是在祖父信豐的時代，先是有丹后的海賊入侵，同時在 河內(nèi)、丹波與三好家的爭斗中區(qū)居下風，后來又出現(xiàn)祖父信豐與父親義統(tǒng)父子爭位的紛亂，促使家臣團分裂，因而在義統(tǒng)繼為當主后，于永祿四年家中有力國人眾國吉城主栗屋勝久及碎導山城主逸見昌經(jīng)掀起叛亂，雖然最后若狹武田氏藉著盟友越前朝倉家的兵力勉強壓下，但昔日的威名已一去難返。

然而在武田元明日益成年后，與父親義統(tǒng)也產(chǎn)生了強烈的爭端，而且叔父信方也武田家內(nèi)亂中以遠敷郡為據(jù)點擴張勢力，武田元明與盟國越前朝倉家聯(lián)合，父親義統(tǒng)則聯(lián)合了重臣逸見氏、栗屋氏。永祿九年，武田元明迎娶近江名家京極高吉的次女龍子為妻，同年武田元明的舅父 足利義昭往依若狹武田氏希冀其幫助 幕府復興，但是眼見若狹武田氏君臣不睦、父子相爭的情況義昭一行人很快便放棄對若狹武田氏的指望，改道投靠了越前朝倉家。

力以大島丸山城為本據(jù)自立。

由于此役朝倉家所高舉的是大義名分是“保護”武田元明，因此在攻下若狹后武田元明夫妻及一子一女也被妥善保護送往朝倉家本城 一乘谷城，同時未順從朝倉家的武 田家家臣則紛紛投向新近 上洛的織田家，若狹完全淪為越前朝倉家的屬國。元龜元年， 織田信長正式和越前朝倉家征戰(zhàn)，武田元明也趁此時派遣侍臣與舊臣協(xié)商，意圖假借織田信長之力脫出越前，以栗屋勝久、逸見昌經(jīng)為首的若狹眾加入了織田信長的若狹平定軍。天正元年八月，織田軍攻入越前， 朝倉義景滅亡，武田元明遂得到回到若狹的機會蟄居于神宮寺，然而舊日的領地已全被 信長劃歸其重臣 丹羽長秀。

武田元明隨同昔日的家臣若狹眾投入了織 田家，于天正三年在栗屋勝久和逸見昌經(jīng)的陪同下上京晉見 信長，在這場會面中 織田信長意思性地給了武田元明三千石的領地，和舊日家臣同樣列為 丹羽長秀的屬下。但是這并不代表織 田家對元明的重視，只是如同羽柴秀吉起用京極家、 信長以三子信孝繼承神戶家一般，用于安撫久為名門武田家臣屬的若狹領民，武田元明不過是被 織田信長、 丹羽長秀當作是招牌來使用的傀儡。

天正九年，信長發(fā)起了由 正親町天皇觀閱下的大軍事演習中，并欽點 丹羽長秀擔任一番手，丹羽長秀也統(tǒng)領以往昔名門出身的武田元明連同本為其麾下家臣的內(nèi)藤、 熊谷、栗屋、逸見、山縣等若狹眾并列前進，這對出身 高第的元明來說，無疑是一種嚴重的尊嚴傷害，加上在織田家中長年遭到的壓抑使武田元明對丹羽長秀多有不滿。

天正十年， 丹羽長秀受命出征四國，武田元明負責留守，同年六月 明智光秀發(fā)動叛亂， 織田信長于 本能寺之變中故世，留守若狹的武田元明意圖恢復舊領遂響應明智光秀的號召，并且加入明智軍參與了對丹羽長秀居城佐和山城的攻擊，但是武田元明復興本家的意圖很快便隨羽柴秀吉的反攻破碎，在明智光秀于山崎之戰(zhàn)中陣亡后，丹羽長秀即在六月十六日親率大軍攻打佐和山城驅(qū)逐了武田元明的部隊，同年七月十九日武田元明在丹羽長秀的追擊下于近江海津法云寺自害，葬于海津?qū)毚痹�，享年四十歲，法名法云寺殿文甫紹昌。

在武田元明死后，其妻 京極龍子被秀吉納為側(cè)室，稱松丸殿。留下的二子一女中女兒早夭，兩個兒子被過繼為秀吉妻兄木下家定的養(yǎng)子，長子木下勝俊于文祿三年領有若狹小濱八萬石，之后勝俊成為著名歌人“長嘯子”，二男利房領若狹高濱三萬石在關原合戰(zhàn)時因從屬于西軍，戰(zhàn)后失去領地，后于元和元年 大阪夏之陣中從屬于 德川方，所以戰(zhàn)后獲得了備中足守二萬五千石的領地，利房的子孫皆為足守籓籓主。

翌永祿十年，元明之父武田義統(tǒng)辭世，繼承了 家督之位的武田元明這才知道當家的困難，在《朝倉文書》中與朝倉家來往的書信里表示“斷絕眼前”深深傳達了對家中紛亂的無力感。然而回應著元明之無奈的，卻是永祿十一年越前 朝倉義景的攻略。是年八月，越前朝倉家以對義統(tǒng)的盟約要展開對“元明的保護”為名義出兵若狹，其并吞若狹之心昭然若揭，由于無法團結(jié)家臣抗敵，朝倉軍輕而易舉地直逼武田元明的居館，為此元明求得丹后一色家的援兵以誓愿寺一帶為防御線抗戰(zhàn)，但是在朝倉家的大舉進犯下這無濟于事的抵擋遭到摧毀，居館轉(zhuǎn)眼被攻克，武田元明轉(zhuǎn)而投向后瀨山城再度組織防衛(wèi)戰(zhàn)，但仍不果而被朝倉軍生擒。同時家臣栗屋勝久倚國吉城力抗朝倉軍、而逸見昌經(jīng)亦結(jié)合了西若狹的水軍勢

觀武田元明一生，足可以“志大才疏”形容，但其生涯也是可悲，武田元明作為若狹武田氏的末代當主，祖父、父親留下了千瘡百孔的家業(yè)，繼位之后內(nèi)有重臣不安于室、外有強敵虎視眈眈，使他真正在若狹當家作主的日子居然連三年都不到，甫繼位便遭到朝倉家攻打，后半生就先后在朝倉、織田兩家強豪的的擺弄中渡過，高傲的家世讓他備受軟禁，連模仿一般小豪族當個墻頭草也沒機會；也使他傾向支持維護舊秩序、擁有高度文化內(nèi)涵的 明智光秀而在 信長死后的大亂中站錯位置遭到淘汰，其禍雖是自取，但也是人之不運。