1984年7月畢業(yè)于第四軍醫(yī)大學(xué)臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)并獲學(xué)士學(xué)位，同年考入第四軍醫(yī)大學(xué)的國家重點(diǎn)學(xué)科人體解剖學(xué)教研室攻讀神經(jīng)解剖學(xué)專業(yè)的碩士研究生，后經(jīng)導(dǎo)師推薦并通過考試，提前攻讀同專業(yè)的博士研究生，

1990年7月和1993年4月分別被授予第四軍醫(yī)大學(xué)和日本國京都大學(xué)的博士學(xué)位。

1990-1994年歷任第四軍醫(yī)大學(xué)人體解剖學(xué)教研室講師、副教授、副主任，

1996年3月——1997年3月在首都醫(yī)科大學(xué)附屬佑安醫(yī)院研修肝病內(nèi)科，

1996-2014年任同教研室的主任、教授、博士生導(dǎo)師，專業(yè)技術(shù)三級。

中國解剖學(xué)會理事長兼神經(jīng)解剖學(xué)專業(yè)委員會主任委員；

《神經(jīng)解剖學(xué)雜志》主編；

《解剖學(xué)報》副主編；

中國神經(jīng)科學(xué)學(xué)會常務(wù)理事；

第七屆中國科學(xué)技術(shù)協(xié)會委員；

國務(wù)院學(xué)位委員會第五屆學(xué)科評議組成員；

全軍解剖組胚專業(yè)委員會主任委員；

陜西省解剖學(xué)會副理事長；

陜西省醫(yī)學(xué)會疼痛分會副主任委員。

李云慶教授常年堅(jiān)持工作在教學(xué)第一線，始終堅(jiān)持把教書育人貫穿于教學(xué)的全過程。開展以“素質(zhì)教育”為中心的教學(xué)改革，打破傳統(tǒng)的人體解剖學(xué)教學(xué)模式，注重多種教學(xué)手段的綜合利用。

已培養(yǎng)博士生15名、碩士生26名，其中的1名博士研究生和1名碩士研究生的畢業(yè)論文分別被評為“全國優(yōu)秀博士論文”和“全軍優(yōu)秀碩士論文”，為我國的高層次醫(yī)學(xué)人才培養(yǎng)做出了積極的貢獻(xiàn)。

參與制作的47集大型教學(xué)錄像片《人體解剖方法》已正式出版并獲得了全國音像學(xué)界的最高獎勵，并應(yīng)用于國內(nèi)十余所高等醫(yī)學(xué)院校的本科生教學(xué)。李云慶教授主編的《人體解剖學(xué)》被評為總后百部精品教材，教研室承擔(dān)的《人體解剖學(xué)》課程被評為軍隊(duì)優(yōu)質(zhì)課程和國家精品課程。目前，人體解剖教學(xué)有配套的教材和多媒體課件，本科學(xué)生6人解剖一具尸體，達(dá)到國內(nèi)領(lǐng)先水平。2000年底負(fù)責(zé)完成了教育部“高等醫(yī)學(xué)教育面向21世紀(jì)教學(xué)內(nèi)容和課程體系改革計(jì)劃”項(xiàng)目之“神經(jīng)科學(xué)的課程設(shè)置及內(nèi)容改革”課題。率先在全國醫(yī)學(xué)院校開設(shè)了綜合的“神經(jīng)科學(xué)基礎(chǔ)”課，實(shí)現(xiàn)了多學(xué)科的教學(xué)協(xié)作和融合，并主編和副主編了配套的面向二十一世紀(jì)課程教材《神經(jīng)科學(xué)基礎(chǔ)》、《神經(jīng)解剖學(xué)》和《神經(jīng)科學(xué)基礎(chǔ)實(shí)習(xí)指導(dǎo)》。

李云慶教授先后承擔(dān)了國家重點(diǎn)基礎(chǔ)研究發(fā)展規(guī)劃（“973”）項(xiàng)目（部分研究內(nèi)容）、“863”項(xiàng)目（合作）、國家自然科學(xué)基金重點(diǎn)項(xiàng)目（合作）、國家自然科學(xué)杰出青年基金、國家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目、軍隊(duì)醫(yī)藥衛(wèi)生科研基金等研究課題。

科研工作主要集中在痛信息傳遞和調(diào)控機(jī)理的研究。研究工作證實(shí)了“下行抑制系統(tǒng)”的主要起源和終止部位及其神經(jīng)遞質(zhì)種類，系統(tǒng)地完成了“中腦邊緣鎮(zhèn)痛環(huán)路”的形態(tài)學(xué)證實(shí)。在痛信息傳遞和調(diào)控有關(guān)的局部微環(huán)路及其神經(jīng)遞質(zhì)和受體、大腦運(yùn)動皮質(zhì)對腦干面口部運(yùn)動核的間接支配的形態(tài)學(xué)研究方面，取得了突出成績。

1989年至今，已在國內(nèi)外專業(yè)期刊上發(fā)表論文162篇，其中在國際專業(yè)期刊上發(fā)表論文88篇，被他人引用近千次。主編、副主編、參編專著10部。

2004年獲中華醫(yī)學(xué)科技一等獎1項(xiàng)；

2003年、2005年獲陜西省科技進(jìn)步一等獎2項(xiàng)；

1991年、1995年、2000年、2002年獲軍隊(duì)科技進(jìn)步二等獎4項(xiàng)；

2006年獲陜西省科技進(jìn)步二等獎1項(xiàng)；

2009年獲國家科技進(jìn)步一等獎1項(xiàng)。

1996年獲“國家杰出青年科學(xué)基金”資助并被授予“全國中青年醫(yī)學(xué)科技之星”稱號，

1997年享受政府特殊津貼，1898年入選國家“百千萬人才工程”第一、二層次人選，

1999年獲中國科協(xié)“求是獎”，

2003年獲得軍隊(duì)院校“育才獎”金獎。