1984年7月畢業(yè)于第四軍醫(yī)大學臨床醫(yī)學專業(yè)并獲學士學位，同年考入第四軍醫(yī)大學的國家重點學科人體解剖學教研室攻讀神經(jīng)解剖學專業(yè)的碩士研究生，后經(jīng)導師推薦并通過考試，提前攻讀同專業(yè)的博士研究生，

1990年7月和1993年4月分別被授予第四軍醫(yī)大學和日本國京都大學的博士學位。

1990-1994年歷任第四軍醫(yī)大學人體解剖學教研室講師、副教授、副主任，

1996年3月——1997年3月在首都醫(yī)科大學附屬佑安醫(yī)院研修肝病內(nèi)科，

1996-2014年任同教研室的主任、教授、博士生導師，專業(yè)技術(shù)三級。

中國解剖學會理事長兼神經(jīng)解剖學專業(yè)委員會主任委員；

《神經(jīng)解剖學雜志》主編；

《解剖學報》副主編；

中國神經(jīng)科學學會常務理事；

第七屆中國科學技術(shù)協(xié)會委員；

國務院學位委員會第五屆學科評議組成員；

全軍解剖組胚專業(yè)委員會主任委員；

陜西省解剖學會副理事長；

陜西省醫(yī)學會疼痛分會副主任委員。

李云慶教授常年堅持工作在教學第一線，始終堅持把教書育人貫穿于教學的全過程。開展以“素質(zhì)教育”為中心的教學改革，打破傳統(tǒng)的人體解剖學教學模式，注重多種教學手段的綜合利用。

已培養(yǎng)博士生15名、碩士生26名，其中的1名博士研究生和1名碩士研究生的畢業(yè)論文分別被評為“全國優(yōu)秀博士論文”和“全軍優(yōu)秀碩士論文”，為我國的高層次醫(yī)學人才培養(yǎng)做出了積極的貢獻。

參與制作的47集大型教學錄像片《人體解剖方法》已正式出版并獲得了全國音像學界的最高獎勵，并應用于國內(nèi)十余所高等醫(yī)學院校的本科生教學。李云慶教授主編的《人體解剖學》被評為總后百部精品教材，教研室承擔的《人體解剖學》課程被評為軍隊優(yōu)質(zhì)課程和國家精品課程。目前，人體解剖教學有配套的教材和多媒體課件，本科學生6人解剖一具尸體，達到國內(nèi)領先水平。2000年底負責完成了教育部“高等醫(yī)學教育面向21世紀教學內(nèi)容和課程體系改革計劃”項目之“神經(jīng)科學的課程設置及內(nèi)容改革”課題。率先在全國醫(yī)學院校開設了綜合的“神經(jīng)科學基礎”課，實現(xiàn)了多學科的教學協(xié)作和融合，并主編和副主編了配套的面向二十一世紀課程教材《神經(jīng)科學基礎》、《神經(jīng)解剖學》和《神經(jīng)科學基礎實習指導》。

李云慶教授先后承擔了國家重點基礎研究發(fā)展規(guī)劃（“973”）項目（部分研究內(nèi)容）、“863”項目（合作）、國家自然科學基金重點項目（合作）、國家自然科學杰出青年基金、國家自然科學基金面上項目、軍隊醫(yī)藥衛(wèi)生科研基金等研究課題。

科研工作主要集中在痛信息傳遞和調(diào)控機理的研究。研究工作證實了“下行抑制系統(tǒng)”的主要起源和終止部位及其神經(jīng)遞質(zhì)種類，系統(tǒng)地完成了“中腦邊緣鎮(zhèn)痛環(huán)路”的形態(tài)學證實。在痛信息傳遞和調(diào)控有關(guān)的局部微環(huán)路及其神經(jīng)遞質(zhì)和受體、大腦運動皮質(zhì)對腦干面口部運動核的間接支配的形態(tài)學研究方面，取得了突出成績。

1989年至今，已在國內(nèi)外專業(yè)期刊上發(fā)表論文162篇，其中在國際專業(yè)期刊上發(fā)表論文88篇，被他人引用近千次。主編、副主編、參編專著10部。

2004年獲中華醫(yī)學科技一等獎1項；

2003年、2005年獲陜西省科技進步一等獎2項；

1991年、1995年、2000年、2002年獲軍隊科技進步二等獎4項；

2006年獲陜西省科技進步二等獎1項；

2009年獲國家科技進步一等獎1項。

1996年獲“國家杰出青年科學基金”資助并被授予“全國中青年醫(yī)學科技之星”稱號，

1997年享受政府特殊津貼，1898年入選國家“百千萬人才工程”第一、二層次人選，

1999年獲中國科協(xié)“求是獎”，

2003年獲得軍隊院�！坝�才獎”金獎。