967年起，先后在杭州市人民中學，杭州市第四中學任教。1978年，考取山東大學數(shù)學系研究生，在著名數(shù)論專家潘承洞院士的指導下攻讀解析數(shù)論。1980年，因成績優(yōu)異，提前畢業(yè)，任教于山東大學數(shù)學系。1981年，去英國劍橋大學，在國際著名超越數(shù)論權(quán)威A. Baker教授的指導下進行超越數(shù)論的研究。1983年5月，獲山東大學理學博士學位。1984年起，歷任山東大學數(shù)學系副主任、副教授、山東省青年聯(lián)合會副主席、山東省數(shù)學會常務理事等職。1987年起任教授，在杭州師范學院工作，曾任杭州師范學院數(shù)學系主任、副院長、副院級巡視員；2002年起，任衢州職業(yè)技術學院院長；曾任中國優(yōu)選法統(tǒng)籌法與經(jīng)濟數(shù)學研究會理事、浙江省應用數(shù)學研究會副理事長、杭州市數(shù)學會理事長等職。1990年與1995年，兩次應邀赴美國南伊利諾大學、內(nèi)華達州立大學（拉斯維加斯）、加利福尼亞州立大學等學校訪問、講學。1986年起擔任 《Mathemat¬ical　 Reviews》雜志評論員。是第五、六、七、八屆全國密碼學會議程序委員會委員，2002年國際數(shù)學家大會數(shù)學教育分會程序委員會委員，1997年與2000年兩屆國際數(shù)學教育學術研討會（杭州）學術委員會主席。 　于秀源教授主要從事解析數(shù)論、超越數(shù)論和密碼學的研究，1994年以來，也從事數(shù)學教育的研究。已在《中國科學》等國內(nèi)外重要學術期刊上發(fā)表論文120余篇，出版專著及教材8部。已五次主持國家自然科學基金會資助的研究項目，五次主持浙江省自然科學基金會資助的研究項目，并多次主持教育部、浙江省教育廳科研和教改項目，取得很好的成果。

于秀源博士一直在教學第一線工作，培養(yǎng)了一批優(yōu)秀的數(shù)學和密碼學人才，許多已成為博士生導師，學術帶頭人，其中有享譽國內(nèi)外的密碼學專家王小云等。

1990年獲“浙江省優(yōu)秀教師”榮譽稱號。1991年獲國家教委、國務院學位辦公室授予的“做出突出貢獻的中國博士學位獲得者”榮譽稱號。1993年獲“國家高師院校教師獎”（曾憲梓獎）二等獎。四次獲浙江省教育廳科技進步獎；二次獲浙江省優(yōu)秀教學成果獎，以及其他獎項。2002年獲中共中央辦公廳“黨政密碼科技進步獎”一等獎。1992年起享受政府特殊津貼