阿歷克塞二世為 拜占廷帝國皇帝 曼努埃爾一世之子。在曼努埃爾一世去世后，年僅12歲的阿歷克塞繼承了皇位，由母親安條克的瑪麗（安條克親王 雷蒙的女兒）擔(dān)任攝政。瑪麗由于其 西歐文化背景在 君士坦丁堡非常不受歡迎，為了尋找一個可以倚靠的同盟者，她大肆寵幸曼努埃爾一世的侄子、“上等貴族”阿歷克塞·科穆寧（與皇帝同名）。在瑪麗的支持下，無才無德的阿歷克塞·科穆寧控制了帝國的行政�，旣惷黠@的親西方政策和阿歷克塞的貪婪無能導(dǎo)致國內(nèi)局勢迅速緊張。在他們的統(tǒng)治下， 意大利商人和出身西歐的雇傭軍獲得了宮廷的青睞，而這兩者又由于自身的劣跡和拜占廷民眾的仇外心理變成了可能引發(fā)沖突的導(dǎo)火索。帝國還遭到外來侵略： 匈牙利國王貝拉三世侵占了 波斯尼亞和斯雷姆（ 1181年）， 威尼斯占領(lǐng)了 達爾馬提亞（1181年）， 塞爾柱帝國 蘇丹阿爾斯蘭二世占領(lǐng)了科提埃烏姆（今 屈塔希亞）和索佐波利斯（ 1182年）。

科 穆寧家族內(nèi)部的一些成員乘機試圖推翻瑪麗和阿歷克塞的統(tǒng)治。在多次政變失敗后， 本都 軍區(qū)總督、阿歷克塞二世的堂叔安德洛尼卡·科穆寧在 小亞細(xì)亞發(fā)動武裝叛亂，并向君士坦丁堡進軍。由于民眾對政府的普遍憎惡，安德洛尼卡幾乎沒有遇到任何抵抗就到達了與 君士坦丁堡隔海相望的加爾西頓，受命封鎖 博斯普魯斯海峽的帝國海軍司令隨即叛變投靠了他。于是“上等貴族”阿歷克塞·科 穆寧的統(tǒng)治徹底崩潰。君士坦丁堡爆發(fā)了大規(guī)模暴亂，外國人（主要是來自西歐的拉丁人）遭到狂怒的市民的瘋狂屠殺。安德洛尼卡·科 穆寧隨即掌握了權(quán)力，他進入君士坦丁堡，將前政府成員統(tǒng)統(tǒng)處死。阿歷克塞二世（當(dāng)時只有14歲）被迫親自簽發(fā)將其母 安條克的瑪麗處決的命令。 1183年 9月，安德洛尼卡·科 穆寧被加冕為阿歷克塞二世的共治皇帝（即 安德洛尼卡一世）。阿歷克塞二世本人在兩個月后遭到謀殺，他被安德洛尼卡一世的一名朝臣用弓弦勒死，尸體被拋入大海。

阿歷克塞二世曾與 法國國王 路易七世的女兒法蘭西的阿格尼斯訂婚，但并無確切證據(jù)證明兩人是否舉行過婚姻儀式。在阿歷克塞被殺后，阿格尼斯（13歲）嫁給了安德洛尼卡（65歲）。