袁宗第從河南南陽地區(qū)出發(fā)后，于十月十二日進抵陜西商州，十五日攻克該城，處死驅(qū)民頑抗的明朝商洛道黃世清。十七日，占領洛南縣。勝利地同李自成所統(tǒng)主力會師于西安。大順建國，受封綿侯。 占領西安以后，李自成立即部署掃除明政府在西北地區(qū)的各個據(jù)點，自率由李過所部后營和劉芳亮所部左營，向北追擊明總兵高杰部官軍，奪取陜北；田見秀率部南下漢中，追擊明總兵高汝利部；派劉宗敏、 賀錦、袁宗第等西向追擊白廣恩部官軍，攻取寧夏、甘肅、西寧等地。袁宗第部由陜西鳳翔向鞏昌推進。一路上“將吏爭降恐后”。占領鞏昌府后，所屬州縣都不戰(zhàn)而下。次年春，左良玉見大順軍主力已經(jīng)移到西北，并開始了向山西進兵，就企圖奪取湖北的荊州、承天、德安，襄陽四府；河南的地主武裝劉洪起、沈萬登也發(fā)動叛亂，顛覆了汝寧等地的大順地方政權(quán)；負隅于鄖陽的明官軍亦猖獗一時，直接威脅到襄陽的安全。為了保證后方的穩(wěn)定，李自成遂調(diào)袁宗第部經(jīng)商洛地區(qū)馳赴襄陽，協(xié)助當?shù)伛v軍迎頭痛擊左良玉等部來犯之敵。接著又移師河南，粉碎了劉洪起等人的叛亂，打擊了地主階級的判亂活動，穩(wěn)定了大順政權(quán)對湖北四府和河南地區(qū)的統(tǒng)治。

1644年，大順軍于山海關之戰(zhàn)戰(zhàn)敗，袁宗第率部北上，屯于臨汾掛甲莊。懷慶之戰(zhàn)后，退入潼關，潼關之戰(zhàn)后隨李自成主力退入湖廣。順治二年（1645），李自成遇害后，隨劉體純、郝?lián)u旗與 何騰蛟聯(lián)合抗清。荊州之役后他已經(jīng)失去了對右營諸將的領導地位，只擁有為數(shù)不多的軍隊同牛萬財?shù)炔吭诤�南西部與明朝制輔堵胤錫一道繼續(xù)抗清。但在1646年初荊州戰(zhàn)役后，李過、高一功等部退入巴東、建始一帶休整，袁宗第、牛萬財?shù)热瞬�沒有采取一致行動，留在湘西山區(qū)；后來忠貞營奉調(diào)入湘，經(jīng)常德進攻長沙等地，遭到明督師何騰蛟的破壞后，接著是清鄭親王濟爾哈朗統(tǒng)兵南下湖南，李過、高一功等率部經(jīng)湘東、廣東撤入廣西南寧地區(qū)，袁宗第也沒有隨同前往。湖南被清軍占領后，牛萬財于順治八年在溆浦投降清朝，袁宗第已帶領部眾進入夔東，同劉體純、王光興、賀珍等部聯(lián)營，主要活動于湖北房縣、均縣一帶。1650年（順治七年，永歷四年）十二月，忠貞營的主力由南寧北上到達夔東后，原大順軍系統(tǒng)的各支隊伍基本上會合。他們同集結(jié)在這里的其他擁明抗清武裝如在鄖、襄反清的王光興，在陜西反清的賀珍，忠縣以譚文、譚弘、譚詣為首的地方武裝，搖黃的部分武裝互相呼應，被稱為 夔東十三家。1651年（順治八年，永歷五年）永歷帝下詔敕封袁宗第、劉體純等六人為公爵，其中袁宗第受封為“靖國公”。1658年（順治十五年，永歷十二年）清軍大舉向黔、滇進攻，永歷朝廷險象環(huán)生的時候，李定國獨撐危局。袁宗第參與西攻重慶，因譚詣、譚弘叛變無功而返。

順治十八年（1661），南明永歷帝被俘，次年李定國病死，部將有的犧牲，有的降清，結(jié)束了以大西軍為主體的西南抗清斗爭。除了經(jīng)營臺灣的鄭氏和張煌言部少數(shù)兵力駐于浙江沿海島嶼以外，在中國大地上繼續(xù)堅持武裝抗清的只剩下了四川東部和湖北西部以大順軍余部為主的所謂“夔東十三家”�？滴踉�年（1662）七月，清朝經(jīng)四川總督 李國英建議發(fā)動四川、湖廣、陜西三省會剿，1663年（康熙二年）正月初一日，李國英趁新春佳節(jié)之際，帶領重夔鎮(zhèn)總兵程廷俊、撫剿署總兵梁加琦兩部官兵從夔州（奉節(jié)縣）出發(fā)，順長江北岸“沿岸前進”，于初三日渡過大寧河，占領了大昌縣（今大昌鎮(zhèn)）。駐守在這里的袁宗第部戰(zhàn)敗，被迫將城內(nèi)房屋糧草放火燒毀，撤往茶園坪。據(jù)守大昌北面大寧的賀道寧見袁宗第敗走，清兵迫近營壘，嚇得失魂喪魄，于正月十八日向李國英投降。李國英即于是月下旬分兵兩路夾攻茶園坪，同時派出部分軍隊堵截郝?lián)u旗、劉體純來援之路。袁宗第雖然據(jù)險拼殺，終因寡不敵眾，將士陣亡和跳崖跌死的多達二千五六百人，被俘三百余名，部下新化伯馮啟鳳繳印投降。袁宗第帶著殘兵敗卒乘夜跳崖脫走，同郝?lián)u旗部合營。

在清軍步步進逼、形勢逐漸惡化的情況下，袁宗第，郝?lián)u旗同劉體純商議采取以攻為守的戰(zhàn)術，聯(lián)合以興山縣為基地的 李來亨部對清軍實行反擊，借以變被動為主動，打破清政府的圍剿計劃。這個提議得到了李來亨的積極贊同，決定首先合力迎擊湖廣清軍。七月二十三日，李來亨、劉體純、郝?lián)u旗三部聯(lián)合對湖廣清軍大舉反擊。清“楚師全軍失利”，董學禮指揮的三萬官兵被殺得抱頭鼠竄，“帶傷、死者甚多”，“除殺傷外，擠竄于南陽河（在興山縣境內(nèi)），水為不流”。湖廣清軍一直逃回彝陵（今湖北宜昌市），喘息方定。取得東線重大勝利以后，袁宗第與李來亨、劉體純、郝?lián)u旗、黨守素、塔天保、馬騰云聯(lián)合共計七部約五萬明軍（均為原大順軍）乘勝西上，準備一舉擊破四川清軍清四川總督李國英部，但因組織不力戰(zhàn)敗。這年秋天，清廷接到湖廣清軍嚴重失利的報告，四川當局又一再求援，決定增派滿洲八旗兵參戰(zhàn)。命西安將軍傅喀禪、副都統(tǒng)杜敏帶領駐防西安滿兵由陜?nèi)氪ǎ瑥乃�路抵巫山；另調(diào)京師八旗禁旅一萬名，以都統(tǒng)穆里瑪為靖西將軍、都統(tǒng)圖海為定西將軍率領前往湖廣，加強東路清軍實力。十一月二十九日，傅喀禪、杜敏帶領的西安滿洲兵到達巫山。由于途經(jīng)漢中入川，“棧道崎嶇，馬匹困憊”，李國英奴顏婢膝地下令把自己所統(tǒng)四川綠營兵的馬匹讓給滿兵騎乘，“鼓勵漢兵荷戈步走”。十二月，穆里瑪、圖海帶領的八旗禁旅也進至房縣，從北面向興山推進。清政府重兵的集結(jié)，標志著一場大戰(zhàn)即將開始。明軍內(nèi)部一些意志薄弱者既震懾于清軍的浩大聲勢，又忍受不了窮山僻水的艱苦生活，不斷發(fā)生叛變事件。袁宗第部下的掛印總兵鄧秉志、楊洵、趙云等帶領部眾集體嘩變，叛投清朝。袁宗第、郝?lián)u旗無可奈何，帶著為數(shù)不多的士卒前往巴東投靠劉體純。這時劉體純部的處境也相當困難。從四川方面推進的滿漢清兵在十二月二十三日逼近了劉體純的營壘陳家坡，大舉進攻。劉體純部抵敵不住，退到天池寨，部下總兵鎖彥龍、吳之奇、王加玉、李之翠、劉應昌、胡君貴、田守一、王之禮等先后降清。清軍乘勢攻占了劉部重要據(jù)點老木崆。劉體純見大勢已去，同家屬一道自縊而死。二十六日，清軍追至黃草坪，袁宗第、郝?lián)u旗兩人帶領兵丁拼死抵抗，終因敵勢過大，郝?lián)u旗、袁宗第和永歷帝所委派的部院洪育鰲被俘，長期依附于郝?lián)u旗的明東安王朱盛蒗也被清軍擒獲，永歷帝派出的監(jiān)軍太監(jiān)潘應龍自縊身死。郝?lián)u旗、袁宗第、洪育鰲、朱盛蒗被押解到巫山縣城，后奉清廷旨意于1664年（康熙三年）十月十二日在該地殺害。