始建國元年（公元9年）， 漢元帝皇后 王政君的侄兒王莽，代漢建立 新朝，開始了歷史上有名的新莽殘酷統(tǒng)治。他推行“ 王田制”、王田奴婢政策、“ 五均六管”法等一系列所謂“新政”，激化社會矛盾，加重人民負擔(dān)，加上連年征戰(zhàn)、災(zāi)荒頻仍，到 天鳳元年（公元14年），已經(jīng)是“ 緣邊大饑，人相食”了。王莽的暴政加速農(nóng)民起義的爆發(fā)。

天鳳元年（公元14年），瑯邪海曲（今山東日照境內(nèi)）人 呂母起義，聚眾數(shù)萬人。天鳳四年（公元17年），新市（今湖北 京山縣境）人 王匡、 王鳳“ 綠林軍”起義，不久發(fā)展到五萬人。在這種形勢下，天鳳五年（公元18年），樊崇在城陽國的 莒縣（今山東莒縣）聚眾一百多人起義。他自號“三老”，率部轉(zhuǎn)戰(zhàn)泰山，不斷襲擊官軍，隊伍發(fā)展到一萬余人。不久，瑯邪人 逄安、東海人 徐宣等相繼起義，率隊歸附，前后不足一年時間，樊崇領(lǐng)導(dǎo)的起義隊伍就擴大到數(shù)萬人。他們規(guī)定簡單明了的紀律：“殺人者死，傷人者償創(chuàng)”。他們也沒有繁文縟節(jié)，“以言辭為約束，無文書、旌旗、部曲、號令”，所定官位、 爵號也沿用西漢時期最低級的地方小吏的名份，“其中最尊者號三老，次從事，次 卒史，泛相稱曰巨人”。表現(xiàn)農(nóng)民起義的純樸而簡單的目的。

樊崇起義后，先后與王莽探湯侯 田況、太師羲仲景尚等所部多次大戰(zhàn)，殲敵萬余人。地皇二年（21年），王莽派太師 王匡和更始將軍 廉丹等率10多萬官軍圍剿起義軍。樊崇率部在成昌(今山東 東平西)迎戰(zhàn)。因怕起義軍與官軍混在一起不易識別，樊崇下令義軍士兵一律將眉毛染成紅色，從此，便有了“ 赤眉軍”。當時，赤眉軍軍紀嚴明，而王匡、廉丹的官軍卻四處擄掠百姓，關(guān)東地區(qū)民眾都心向著赤眉軍，“寧逢赤眉，不逢太師！太師尚可，更始殺我！”的歌謠到處傳唱。兩軍交戰(zhàn)后，王匡、廉丹的官軍被打得四處潰逃，死傷萬余人。赤眉軍乘勝猛追，于 無鹽（今汶上境）再次激戰(zhàn)，殺死廉丹，趕跑王匡，消滅官軍10多萬。此后，樊崇揮師南下，連攻 彭城（今江蘇徐州）、 沛郡（今安徽 濉溪）、 汝南（今河南上蔡）、陳留（今河南開封）等地，連戰(zhàn)連捷。接著，再向東 下魯城（今山東曲阜），向西破濮陽（今河南今縣）。前后5年，樊崇率赤眉軍艱苦奮戰(zhàn)，基本上消滅了 王莽新朝在華東、中原的主力部隊，為推翻 新莽王朝做出了貢獻。

劉玄更始元年（23年）， 王莽新朝滅亡， 更始皇帝劉玄在 綠林軍的擁立下即位并遷都洛陽。不久，劉玄就派使招降樊崇和 赤眉軍。樊崇表示歸附更始政權(quán)，與20多名赤眉軍領(lǐng)袖在洛陽受封 列侯。赤眉軍也與更始官軍聯(lián)合作戰(zhàn)，連獲大捷，兵力擴大到30營、30多萬人。但是，隨著政權(quán)的穩(wěn)固，劉玄開始背叛擁其為帝的農(nóng)民起義軍，并派兵襲擊赤眉軍后方，樊崇遂與劉玄政權(quán)決裂。他決定立15歲的漢宗室 劉盆子為帝，自號建世。更始三年（建世元年，25年），赤眉軍建立了以劉盆子為皇帝的政權(quán)，樊崇被任為御史大夫。同年九月，赤眉軍攻下長安（今西安），推翻劉玄政權(quán)，處死劉玄，劉盆子入居 長樂宮，樊崇率百萬大軍據(jù)守長安大街小巷。一時間，兵士歡欣，百姓鼓舞，到處都是升平景象。然而，這種狀況只維持了極短的時間。幾乎與 赤眉軍建立政權(quán)同時，漢宗室、南陽豪族 劉秀也建立了東漢王朝，稱 光武帝。他不僅大肆糾合地主、貴族勢力，而且分化、削弱農(nóng)民起義隊伍。光武帝建武二年（26年），在劉秀與地方貴族的封鎖和連年戰(zhàn)爭破壞下，由于 劉玄舊部和關(guān)中豪強武裝夾擊， 長安糧絕，境況困苦。赤眉軍士兵多是山東人，此時思鄉(xiāng)心切，而且紀律也日益渙散，事故迭出。為了擺脫困境，樊崇于東漢建武二年（公元26年）十二月被迫退出長安。

建武二年（公元26年）十二月 ， 赤眉軍在與漢將 鄧禹、漢中延嶺、更始將軍 李寶所部連續(xù)苦戰(zhàn)后，僅以20萬人突出長安東返。

建武三年（公元27年）正月，以佯敗誘敵之計敗鄧禹、 馮異軍于湖縣（今河南 靈寶西北）。三月，樊崇率軍進抵湖（今河南靈寶境）、 崤底（今河南 澠池境），遭到劉秀派遣的大將鄧禹、馮異的接連攻擊，損失慘重。接著，在宜陽又遭到劉秀親自率領(lǐng)的大軍的截擊，大部被殲， 劉盆子、樊崇等被迫投降，赤眉軍的反抗斗爭，也因此而告失敗。同年，樊崇和赤眉軍首領(lǐng) 逄安等再度起義，結(jié)果失敗被劉秀殺害。

《后漢書·卷十一·劉玄劉盆子列傳第一》