萬歷四十四年，與懷寧阮大鋮同中會試。又三年，士英授南京戶部主事。天啟時，遷郎中，歷知嚴州、河南、大同三府。崇禎三年，遷山西陽和道副使。五年，擢右僉都御史，巡撫宣府。到官甫一月，檄取公帑數(shù)千金，饋遺朝貴，為鎮(zhèn)守太監(jiān)王坤所發(fā)，坐遣戍。然而此乃官場慣例，故而當(dāng)時頗有東林復(fù)社集團之人上書稱此為閹黨構(gòu)陷。

尋流寓南京。時大鋮名掛逆案，失職久廢，以避流賊至，與士英相結(jié)甚歡。

當(dāng)時阮大鋮的詩詞“流傳演唱，與東嘉、中朗、漢卿、白、馬并行”，又得“識者推重，謂……實得詞家正宗嫡派”，阮家戲班更是冠絕當(dāng)時，號稱金陵第一；兼且其門庭若市，“南中當(dāng)事多與游，……嗚騶坐輿，偃蹇如故；士大夫繾綣，爭寄腹心”，可見相結(jié)甚歡的并非馬士英一人而已。

然而不久復(fù)社和東林黨人圖謀以周延儒再相，秘密籌集政治資金。大鋮企圖與東林消除敵對，就獻金萬兩佐之。后周大拜，入內(nèi)閣，為首輔，欲報答。因東林同人反對而作罷。大鋮推士英以自代。士英遂再起。

在嘉靖朝的“大禮議”和萬歷朝的“爭國本”事件中，東林朝士們孜孜以爭的就是血統(tǒng)親疏和長嫡，所謂的倫序綱常，按照他們的那套理論，福王朱由崧是當(dāng)然的不二人選。

首先福王朱由崧的父親老福王朱常洵，要比惠王朱常潤、桂王朱常瀛兩藩都居長，而朱由崧又是其長子，和崇禎是同一輩，乃是崇禎的親堂兄，所以無論是論長幼還是依嘉靖繼位的“兄終弟及”先例，他都顯然優(yōu)于惠、桂二王。

至于潞王朱常淓，不但血緣關(guān)系隔了一層，連輩分也要大崇禎一輩，所以怎么看都不太可能輪得到他。

但這個時候相當(dāng)部分的東林黨人閉口不講嘉靖“大議禮”和萬歷“爭國本”時他們那套被奉為“萬世法”的倫序綱常了，卻開始講起“立賢”來了。

諸大臣慮福王立，或追怨“妖書”及“挺擊”、“移宮”等案；潞王立，則無后患。陰主之者，廢籍禮部侍郎錢謙益，力持其議者兵部侍郎呂大器，而右都御史張慎言、詹事姜曰廣皆然之。前山東按察使僉事雷縯祚、禮部員外郎周鑣往來游說。

史可法偷偷約見馬士英，在浦口與之密談。

而馬士英也有心要立個大功，于是兩人很快達成了一致意見，秘密商定出一個兩不得罪的折中方案，即放棄福王和潞王，擁立桂王朱常瀛。史可法遂于到達浦口的第二天，寫信回南京，提出了擁立桂王，同時由潞王仿照古兵馬元帥之制暫時統(tǒng)率兵馬的方案。

而盤踞在南京的東林勢力，其實只要不是福王朱由崧繼位，無論選誰都是不會有意見的，所以他們一接到史可法的方案，禮部就馬上準備了各種儀仗，打算出發(fā)去廣西接桂王到南京繼位。

史可法當(dāng)時心里都是很清楚的，他在與姜曰廣私下商議擁立人選時，先曾對“擁潞”一事表態(tài)道：“此兵端也！”借此否定擁立潞王朱常淓，接著又說：“以齊桓之伯也，聽管仲則治；聽易牙、開方則亂。今吾輩之所立者，豈其不惟是聽，而又何患焉？”此言即明確地表達了他的傾向，同時也表明他心里其實很清楚，哪怕就是擁立福王繼位，亦無足為患。

可惜的是，這位握有擁立大權(quán)的殘明第一重臣史可法史大人，在關(guān)系到社稷安危如此重大的政治問題上，表現(xiàn)極度讓人失望。

在他以上言論泄露之后，“擁潞”諸人氣勢洶洶，輿論大嘩，史可法既不敢表明自己的政治態(tài)度，據(jù)理力爭，坦言福王倫序當(dāng)立、“擁潞”或?qū)㈤_肇兵端，也不敢堅持自己的觀點，站出來闡述自己對這一問題的認識，以打消眾人對“擁嫡”的疑懼之心，而是畏首畏尾至于“引避不言矣”，最后竟搞出了一個試圖兩不得罪，不倫不類的“擁桂”方案。

這個“擁桂”方案，一不合倫序綱常，放著崇禎帝的親堂兄弟不立，卻去立崇禎帝的叔叔，雖然大家都是萬歷皇帝所出，但這樣做置天啟、崇禎二帝于何地？置福王于何地？驅(qū)之亦或殺之焉？因此其本質(zhì)和“擁潞”并無太大的區(qū)別。

二是極度缺乏操作性，比之“擁潞”都不如。潞王朱常淓好歹和福王一樣，都近在淮安，幾天就可以到南京。而桂王卻遠在數(shù)千里之外的廣西，一個來回幾個月總是要的，到時候只怕這位桂王還沒到南京，大順軍或清軍早已兵臨城下了。

在此一事中，史可法自見識和政治手段上看，雖然有所認識，但優(yōu)柔寡斷顧慮重重，毫無一點政治家的決斷和魄力，不敢快刀斬亂麻安定局勢，以至后來不得不出京避禍，空自喪失重整朝廷的大好時機；從氣節(jié)和品格上看，他也沒能做到一心為國或?qū)Τ绲澋鬯蓝�后已，一遇阻力和反對，連仗義執(zhí)言的勇氣都沒有，只求不得罪各方勢力。這比之他老師左光斗，直如陳元龍與許汜之上下床之別，相去何止千里。

在鳳陽“擁嫡”成為定局后，馬士英率軍五萬，擁著福王朱由崧浩浩蕩蕩直奔儀真，福王在那里捎上史可法后往南京而去，馬士英則率大軍駐扎不動。

他起用阮大鋮，與東林黨人和依附東林的前齊黨高弘圖等多有爭執(zhí)。部分東林黨人于是結(jié)交明軍將領(lǐng)左良玉，發(fā)動“清君側(cè)”。而馬士英等也以內(nèi)戰(zhàn)為優(yōu)先考慮。就當(dāng)雙方大戰(zhàn)于弘光元年 (1645)春時，建州偽豫親王多鐸率軍南下，五月初，南京陷落，弘光朝廷滅亡。馬士英南走浙江杭州、紹興等地，奉著他的母親假充皇太后，跑到方國安軍里去，因此又生出來偽太后一案。最后入太湖投長興伯吳日生軍中繼續(xù)抗賊，斗爭失敗后被建州軍于太湖擒殺。一說馬士英遁逃臺州后，入四明山削發(fā)為僧，清兵剝其皮，實之以草，極為慘烈，卻被東林稱為“馬瑤草生懷瑤死懷草”�？梢姾笃诓糠謻|林黨人的意氣之爭已經(jīng)凌駕于民族國家之上。

在南京城破后，清軍統(tǒng)帥多鐸和寧死不降的弘光朝禮部主事黃端伯之間的一段對話頗能反映馬士英的氣節(jié)。黃端伯聽說趙之龍、錢謙益等人獻門率眾投降，在城門大書數(shù)字“大明禮部儀制司主事黃端伯不降”因而被抓捕。在審問中：

多鐸拍案叱喝：“你認為弘光帝是何種人物，想為他一死？”

黃端伯朗言：“皇帝圣明！”

多鐸問：“馬士英，又怎樣呢？”

黃端伯：“馬士英，忠臣也！”

多鐸又可氣又可笑，問：“馬士英乃大奸臣，何得為忠？”

黃端伯說：“馬士英不降，擁送太后入浙江，當(dāng)然是忠臣�！彼�指著已經(jīng)剃發(fā)易服的趙之龍等人說：“這些人才是不忠不孝之人�！�

馬士英曾言：“若輩講聲氣耶？雖然，孰予若？予吊張?zhí)烊纾◤堜撸�，走千里一月，為�?jīng)紀其后事也，人誰問死天如也？”就頗有江湖豪氣，他說你們不是講同氣連聲嗎，你們誰能和我比？我為張溥經(jīng)營后事，一月奔波千里，那會又有誰和我一樣，去這么吊問一個死張溥？盡管張溥是東林巨子、復(fù)社創(chuàng)始人，當(dāng)時東林諸人大多卻都急著和周延儒討論官位，最后一個關(guān)系隔了一層的人為他操辦后事。

馬士英與張溥的關(guān)系：原因是阮大鋮與張溥交情頗好，崇禎時動用了自己與馮銓的關(guān)系，和張溥一起為周延儒復(fù)起而奔走，周延儒復(fù)出后，阮大鋮要求他舉薦自己，但周延儒迫于和東林——復(fù)社一脈有君子協(xié)議，不敢起用“逆案”中人，于是和阮大鋮協(xié)商，最后阮提出起用好友馬士英，于是馬士英才被起用。馬士英被起用時，尚在戍籍，也就是說他還是個帶罪流放者，當(dāng)時茫然不知這任命是怎么回事，至事后才知此乃阮大鋮所為，故對阮感激涕零。而他與張溥的關(guān)系就此而起，也因此在張溥死后，為了替其經(jīng)營后事而一月奔波千里，其為人脾性中的豪杰信義，在此事上可略見一斑。

他對隔了一層的張溥尚且如此盡心，對一手造就了他今日富貴的阮大鋮之舉薦恩義，當(dāng)然無論怎么都必定要報的，所以南明時才會努力使阮大鋮復(fù)出。

有人言：“士英一庸才，不過大鋮之傀儡耳！以為執(zhí)政，猶沐猴而冠也”，這并非事實。

馬士英遍歷封疆，對實務(wù)頗有才干。雖然不是什么奇才，但在明末士大夫們普遍無能的情況下，還是相當(dāng)優(yōu)異的。

事實上，正是因為馬士英的合格盡職，所以江南一直是未受農(nóng)民起義軍威脅過的世外桃源。

明崇禎十七年(1644年) 三月，李自成進北京，明毅宗朱由檢自縊。南京諸臣倉卒議立新君。馬士英內(nèi)結(jié)宦官韓贊周、勛臣劉孔昭，外約總兵黃得功、劉良佐、高杰、劉澤清等，擁立福王朱由崧于南京，成立了第一個南明政權(quán)，即安宗朝廷或弘光朝。大抵為各黨之救國聯(lián)合政府、統(tǒng)一戰(zhàn)線。但以馬士英、阮大鋮等操實權(quán)。馬士英任東閣大學(xué)士兼都察院右都御史，仍督鳳陽等處軍務(wù)。

馬士英在弘光朝覆滅后，被南明唐、魯兩王勢力拒之門外，馬士英于是盤桓于浙江一帶，期間多次參與反清戰(zhàn)役，直到在江浙一帶最強大的抗清勢力吳日生的部隊兵敗后，馬士英亦遁入空門躲避清廷緝拿，后因叛徒出賣，被清廷抓獲，最終不屈就義。顧誠先生在《南明史》也對馬士英之死有詳盡的記錄描寫：　　清實錄記載，順治三年六月二十日，：浙閩總督張存任疏報：副將張國勛等進剿太湖逆賊，擒獲偽大學(xué)士馬士英、長興伯吳日生、主事倪曼青。捷聞，令斬士英，其有功將士，所司察敘”。蔣良騏《東華錄》卷五，“（順治三年）六月，浙閩總督張存仁疏報：副將張國勛進剿太湖逆賊，長興伯吳日生、主事倪曼青俱被獲，偽大學(xué)士馬士英潛遁新昌縣山內(nèi)，都統(tǒng)漢岱追至臺州，馬士英屬下總兵葉承恩等降，并報稱馬士英批剃為僧，即至寺拘獲，并總兵趙體元，令斬之”。······ 馬士英在唐、魯兩政權(quán)中幾乎成了過街老鼠，他并沒有因此就轉(zhuǎn)投清方，而是盡力以抗清的實際行動改變自己過去的不佳形象。清方檔案證明，馬士英曾經(jīng)多次參加渡錢塘江攻余杭、富陽以及會攻杭州之役。1646年六月浙東兵敗，馬士英逃入四明山削發(fā)為僧，被俘就義，實屬難能可貴。相形之下，黃宗羲、張岱在魯監(jiān)國政權(quán)處境困難時，轉(zhuǎn)入清方統(tǒng)治區(qū)遵制剃頭，以明朝“遺民”自居，既不能見危授命，也大可不必那樣義形于色的痛斥“奸臣”馬士英以顯示自己才是正人君子。其實顧誠先生說的是參與《明史》實際上總纂的萬斯同，對馬士英之死的不實、甚至污蔑之詞。而萬斯同其實是黃宗羲在康熙十八年清廷下令由黃宗羲“入局主持”，黃宗羲實際派自己高足萬斯同、萬言叔侄編纂，也就是說對馬士英之死的污蔑，是黃宗羲授意的�！　∩厦嫖艺f了，各種檔案資料，和當(dāng)世之人都很清楚知道馬士英被俘就義而死，黃宗羲等人不敢直接污蔑馬士英之死，而是在《明史》馬士英傳中這樣寫：　　“士英與長興伯吳日生俱擒獲，詔俱斬之。事具國史······而野乘載士英遁至臺州山寺為僧，為我兵搜獲，大鋮、國安父子先后降。尋唐王走順昌。我大兵至，搜龍扛，得士英、大鋮、國安父子請王出關(guān)為內(nèi)應(yīng)疏，遂斬士英、國安于延平城下龘�！薄　∽⒁猓�馬士英之死明明沒有任何疑問，東林黨人也承認是“事具國史”，卻偏偏加一段“野史”，故意寫馬士英被俘后，大鋮、國安父子投降，暗示馬士英也同時投降了，隨后清廷發(fā)現(xiàn)馬士英、阮大鋮、國安父子有通敵文書，于是才將已經(jīng)投降的馬士英等人殺害。殺害的地點居然是福建延平城（事實上馬士英始終在浙江北部，和福建根本風(fēng)牛馬不相及）�！　�東林黨人故意將根本經(jīng)不起推敲的史料故意放在正史之后，其目的不言而喻，就是要搞臭為國就義的馬士英，把他說成投降不忠后，才被殺�！　�東林黨人的流毒也確實有不少人中招，后世一些沒有認真研究南明史的人，就由此認為馬士英確實是投降被殺，如謝國楨先生在《明清之際黨社運動考》一書直接沿襲投降說，道：“后來士英投降清朝，也被害了�！� 這段文字的用意之毒，當(dāng)真是其心可誅！��！ 且不論馬士英生前到底是不是大奸臣，但是他已經(jīng)以自己行動為大明朝英勇就義，我們至少連這一點不能否認，就算馬士英再不濟，也不能讓他在殺身成仁做了烈士后仍讓他蒙受不白之冤�！　∠啾戎�下，黃宗羲、張岱等人就是眼見南明勢力不成事了，于是趕緊棄主而去，從己方地盤跑到敵占區(qū)剃了頭做順民以求活命，拖著根辮子稱自己是“明朝遺民”。更可惡的是，他們反而繼續(xù)污蔑真正為大明朝效忠死節(jié)的烈士是“投降被殺”，其品德到底如何，大家真有目共睹了！　　其實為人冤枉的，當(dāng)時又何止馬士英一人。弘光朝覆滅，大臣殉難的有高卓、張捷、楊維桓等，其中張捷、楊維桓是東林黨人口中所謂逆黨分子，然而二人均在南京城破時自殺殉國。尤其楊維桓，是全家老小一起死節(jié)，但是他和馬士英一樣，在闔家死難殉國后竟然被人污蔑為殺妾潛逃而遭亂兵毆打致死。造這種惡毒謠言的人，真可謂“舌可犁也”！ 東林黨人，嘿，正所謂不怕不識貨，就怕貨比貨�。�！

《明史》謂馬士英“為人貪鄙無遠略，復(fù)引用大鋮，日事報復(fù)，招權(quán)罔利，以迄于亡”。顧誠的《南明史》評價馬士英固然不是救時之相，但把他列入《明史》奸臣傳似乎過重。至于把他同阮大鋮掛在一起稱之為“閹禍”更是無中生有。注:圖為明代馬士英罕見的珍稀畫作