清朝建立后，明末的閹黨馮銓、謝升做了清朝的內院弘文院大學士，執(zhí)掌朝政。順治二年（1645年），御史吳達等人彈劾馮銓收受明朝降將賄賂、放縱子弟為非作歹。順治二年八月李森先也上疏指出：明朝二百多年天下壞于魏忠賢，而魏忠賢當時殺賢臣、通賄賂、謀逆成于馮銓。請求將馮銓棄市以彰大法。森先此疏，詞極冷峻，一時轟動朝野上下。后由于馮銓上下活動，清朝又正在用人之際，此事遂不了了之，李森先卻被罷了官回原籍居住。順治九年（1652年）十二月，因彈劾馮銓而獲罪的大臣全部起用，李森先才官復原職。

　　順治十三年（1656年）李森先以四川道監(jiān)察御史出巡江南。當時，江南的抗清斗爭已煙消云散，但社會極為混亂，地痞流氓橫行不法、豪強劣紳侵欺百姓，嚴重影響江南的穩(wěn)定和發(fā)展。還有一些新任地方官視江南為發(fā)財之地，肆意侵吞貪污，更加劇了江南社會的動蕩。李森先到江南，首先劾罷民憤極大的貪官淮安推官李子燮、蘇州推官楊昌齡。接著清除為害地方的流氓惡棍。當時，蘇州有個優(yōu)人名叫王紫稼，此人風流儇巧，明末遨游于京都公卿和文人雅士之間。江南名宦、名儒如錢謙益、吳梅村等都與其詩酒往還，稱為“王郎”而不名。入清之后，此人棄優(yōu)業(yè)，以其名聲和機巧奔走于官府，關說公事、包攬詞訟。平日花天酒地，淫污良家婦女不可數(shù)計，所受饋遺，成千巨萬，成為蘇州一大害。李森先詳細訪察得實，命人逮捕了王紫稼，一頓痛杖，直打得嬌弱王郎皮開肉爛，隨后立枷死于蘇州閶門之外。蘇州還有一個三遮和尚，居天平山中，宣傳邪教，煽誘良民，奸淫婦女。李森先喬裝打扮親探天平山，盡得三遮劣跡，立即將其逮捕杖打八十，與王紫稼相對枷死。李森先到蘇州時，有一個金姓惡棍正在虎丘搞選美。他與其他紈绔子弟集中全蘇美女，像考進士一樣按照姿色高下分授為狀元、榜眼、探花和二、三甲進士。李森先了解到此人明末曾犯殺人之罪，因國變而逃脫了懲罰，立時將他拘捕，重打八十棍，當場斃命。一時臺省貴人，咸皆喪膽。除掉這三害，蘇州社會秩序大大好轉，人民奔走相告、歡欣鼓舞，稱李森先為“海瑞再世”。但，李森先在蘇州時間并不長，因奏陳一起貪污案就被江南劣紳誣告，被革職問罪下獄。李森先素來廉潔，起解時連路費也沒有。蘇州市民知道這個情況后，自發(fā)地進行捐款。當時，蘇州府衙前放了一個大錢柜，上書“愿救李御史者投金于此�！辈灰粫�兒，柜子便滿了。第二天，蘇州市民哭送李森先，數(shù)十里不絕。當?shù)毓倮艚运偷胶舆�，相視揮涕。時人詩曰：“親見攀轅淚萬行，金昌城下水茫茫�！彼山�知府李正華酌酒相餞說：“我們一生圖的是不愧天日、不愧朝廷、不愧百姓。今日李公被逮，其榮賽過登仙，諸君何必悲愴呢！”李森先聽罷掀髯大笑，連聲道謝。

　　1658年李森先到京后，朝廷經(jīng)過細致調查，宣布案件大白，李森先無罪，恢復了官職。順治十五年（1658年），李森先上疏請朝廷廣開言路，赦免因言獲罪的諫官李呈祥等人。順治帝責其黨比徇情，再次革職。三個月后，順治帝憐其忠直，又寬宥了他，三復原官，命他去河南調查災荒情形。李森先到了河南汝州，其剛正的品質、過人的才干迅即獲得當?shù)厥棵駩鄞�。當時，汝州農(nóng)民開荒墾田，由于丈量土地用的弓不一個標準，常常發(fā)生爭斗、訴訟。李森先了解到這一情況，下令統(tǒng)一了丈量用弓，將標準長度刻在石碑上，從根本上杜絕了爭執(zhí)。促進了開荒發(fā)展。由于勞累過度，李森先到汝州不數(shù)月便一病不起，卒于任上。

　　一生為人剛勁耿直，曾自書"鐵面冰心’匾額，以明心志。雖屢遭坎坷，終以"不愧朝廷，不愧百姓"以自勵，被時人譽為"真御史"，有"海忠介之風"。 李森先仕清之時，正是清朝初立、風云未定、社會動蕩、法紀混亂的時候。他作為掌管風紀的御史，不避鼎鑊、放膽直言、搏擊豪強、興利除弊，于國于民都作出了很大貢獻。為御史16年，他三起三落，坎坎坷坷，但本志不變、初衷不改，當時便被稱為“御史第一人”。清初文壇江左三大家之一的龔芝麓在《送李琳芝侍御還山》一詩中道出了李森先的風骨氣節(jié)。

　　憂時賈傅心誠痛，

　　請劍朱云事獨難。

　　鼎鑊自甘編虎齒，

　　斧柯終擬斫龜山。

　　殿爭氣通千尋上，

　　袖草風吹萬壑寒。

　　睨柱沖冠君不覺，

　　艱危頭與壁懼還。